4.诉后程序。诉后程序主要是指检察机关对行政公诉案件裁判结果的承受问题。如果法院不支持检察机关的诉讼请求，对于一审裁判，检察机关认为确有错误的，可以向上一级人民法院提出抗诉，同时将抗诉书抄送上一级人民检察院。上级人民检察院如果认为抗诉不当，可以向同级人民法院撤回抗诉，并且通知下级人民检察院。对于生效的裁判，法院不支持检察机关的诉讼请求，一般表现为对行政行为的维持，换言之，原有的行政法律关系并没有变更，没有相关的利害关系人的实体利益因为检察机关的行政公诉及其随后的“败诉”而受到影响。因而并不存在“不利”后果需要承担的问题。同时，由于检察机关是代表国家利益或公共利益起诉的，根据检察监督权的性质，其提请法院启动行政审判程序，对可能存在问题的行政行为进行审查的目的已经实现，可以认为已经履行了法律赋予的法律监督职责，自应尊重和接受人民法院的终审判决。
如果人民法院的裁判支持检察机关的诉讼请求，撤销或变更了行政行为，则其判决的“不利”后果主要由行政机关承担。在这种情况下，检察机关还可以根据行政公诉过程中了解和掌握的情况，就完善相关的行政管理、追究有关责任人的行政或法律责任以及防范类似情况的发生，向作出行政行为的行政机关或其上级行政机关或其他有权机关，提出检察建议。
总之，行政公诉不同于行政相对人为维护自己利益而进行的“主观诉讼”，而是一种以维护国家和公共利益、监督行政违法行为为目标的“客观诉讼”。在中国建立行政公诉制度，实际上引入了一种新的诉讼类型，它与中国现有的行政诉讼类型在目的、主体和结构上都有很大的不同，因此需要研究和设计有利于实现其独特诉讼目的的程序，单独规定在行政诉讼法中。
(四)与行政公诉制度密切相关的问题
1.关于在立法上增加法院“禁令判决”问题。所谓“禁令判决”，就是法院判令行政主体停止即将侵害或者正在持续侵害国家利益、社会公共利益及相对人权利的行政行为的判决形。
这种判决形式的优点在于，有助于克服目前行政诉讼无法救济那些即将侵害或者持续侵害国家利益、社会公共利益及相对人权利的情况。中国现行行政诉讼法强调事后性，即只能对已经现实发生的行政行为提起行政诉讼，而把即将侵害国家利益、社会利益及相对人权利的行政行为排除于行政诉讼的受案范围。事实上，有些行政行为如果得到实施或进一步实施，将给国家利益、社会公共利益及相对人的权利造成无法挽回的重大损失。借鉴国外特别是英美法系国家“禁止令”等形式，增加“禁令判决”，与行政公诉相衔接，在检察机关、行政相对人等发现正在进行行政违法行为时，不迟延地请求法院作出“禁令判决”，对于避免或减轻违法行政行为的损害是十分必要的。
2.关于保障审判权、检察权依法独立行使的问题。行政行为进入司法审查的视野之后，行政机关就成为司法审查的对象。从理论上说，行政机关从行政主体身份向行政诉讼被告身份转换应当具有自觉性，这种自觉性观念将为行政诉讼排除行政权力干涉提供重要的基础。法院审查的是行政机关作为行政主体时实施的具体行政行为，行政主体身份一旦转化为被告身份，被诉行政行为就已经固定化。即在行政诉讼“立体三角形”结构中，禁止行政权在行政诉讼阶段对特定事项的作为资格成为必然。行政诉讼结构中，只有行政被告而没有行政机关，法院借口行政干预而放弃司法监督权的事实也不复存在。[45]这种理想状态同样适用于检察机关。然而，作为行政公诉程序的启动者之一，检察机关面临的实际压力可能比法院更大。由于社会结构关系的互动性，行政公诉制度是否能够实现其预设功能，与外部环境密切相关，甚至在某种程度上及某些场合下具有决定性的意义。如果该制度的原理、程序规则不能抵御外来的不当影响，那么，美好的法律原则和制度都将是一纸空文。因此，研究如何更好地保障检察权和审判权依法独立行使，是一个不可回避的重大问题。
3.关于妥善处理行政公诉与民事诉求之间关系的问题。在很多的群体性行政诉讼中，相对人针对具体行政行为提起诉讼，寻求公平与正义，实际上其深层次诉求可能与表面上的诉讼请求存在距离。例如，在因征收土地引起的土地登记群体性行政诉讼中，表面上，相对人是请求法院撤销被诉的土地登记行为，而实质上是想通过行政诉讼的方式，尽快足额地获得土地补偿款。此等情况下，如果由检察机关提起行政公诉，如何理顺检察机关提起的行政公诉与民事诉求之间的逻辑关系，如何妥善处理司法的有限性与涉诉相对人深层次诉求之间的矛盾，是一个重大的现实问题。此外，就纯粹的民事公益诉讼而言，民事督促起诉的方式在社会上有此需求，实践效果较好，一定程度上显示出检察机关是位于“监督”的主体；而在还没有从理论和实践上完全厘清检察机关在民事诉讼过程中的性质地位之前，对检察机关提起民事公益诉讼，不宜盲目探索。[46]笔者赞同这种观点。
行政公诉从理论研究和完善，到制度设计和建构，再到司法探索和实践，有不少困难和阻力。其中，最大的问题在于传统的思维方式和行为模式。虽然已经把依法治国、建设社会主义法治国家作为治国的基本方略写进了宪法，但是依法治国、依法执政、依法行政的法治理念并没有普遍地、牢固地确立起来。对于行政纠纷，通过行政手段、其他非法律的手段甚至运动的方式进行解决，依然具有普遍性。建立行政公诉并通过司法审查的手段来解决行政纠纷，对行政权力进行监督，在观念上还有一定的阻碍。同时，如何理解在社会主义制度下法律监督体系的建构，检察机关在其中的职能、定位和范围，公诉职能与法律监督职能的协调一致等问题，都需要进行理论和制度的创新、完善。人民检察院如何恪守“理性、平和、文明、规范”的执法理念，防止将行政公诉理解为根治行政违法行为的根本途径，秉持司法谦抑的原则，客观理性地认识行政公诉在促进依法行政中的作用，避免出现行政公诉的滥用，都是司法改革实践中必须解决的理论和实践命题。在中国，设置行政公诉制度任重而道远，对于行政公诉的研究和探索需要更多的法学家、社会学家和法律工作者共同推进。
