加强应用研究，应当着重于加强调研，采用实证研究方法。调研方法，是我们比较熟悉的一种应用研究方法。从广义上讲，这也是一种实证研究方法。运用调研方法，就是要调查制度的实际运行，从实践中发现问题、基于实践分析问题，考虑实际条件和实际需要提出应对方略，从而成为一种“务实的”研究。调研方法的运用，既要注意面上的实际情况，又要注意点上的资料。尤其是注意选好具有代表性与典型性的“点”，进行深入地剖析，才可能产生有分量的调研成果。应用研究是针对实际问题的研究，因此调研方法运用的关键，在于有敏锐和准确的问题意识。调研题目的确定，主题思想与研究框架的形成，以及研究工作的展开，均取决于问题意识的强弱和优劣。而这种问题意识，来源于长期的实践观察与理论训练。
法律研究中调研方法的专业化发展，就是对严格意义上的法律实证分析方法的运用。“所谓法律实证分析，是指按照一定程序规范对一切可进行标准化处理的法律信息进行经验研究、量化分析的研究方法。”[30]法律实证分析方法，是在法律研究中借鉴社会学、人类学等学科的研究方法而发展起来的。它与一般调研方法的区别，一是经验研究的前提、意义与功能不同。调研方法是目的在先，主题在先，实证研究服从于主题思想。而实证分析方法，则是坚持一种“半知假定”[31]，虽有一定研究框架，但主题思想与结论总是产生于分析之后。因此更强调由经验中获得真知。二是经验研究的深度不同。一般调研方法，主要适用于基本实践情况的把握，了解实践走向、把握主要问题、尤其是解决有倾向性的、值得注意的问题，虽然也有个别性、具体问题的调研，但由于重在面上问题的研究，具体问题往往展开不够。而实证分析方法，十分强调经验研究的深度与细致。要求具体人微的研究个案，分析方方面面因素的作用，从而使个案具有一种“鲜活性”与“立体感”。三是定量分析的必要与否。调研方法，虽然也使用一些统计数据，但它以社会科学本身的非精确性和数理分析手段的局限性为学理前提，着重于定性分析。而实证分析，则强调“有理无数慎谈学术”，认为“法律现象是质的规定性和量的规定性的统一。”[32]因此，在肯定定性分析的同时，重视数据的获取以及定量分析。
在检察理论研究中，加强实证分析方法的运用十分必要。因为中国转型时期的法治是一种“有限法治”，法律的功能有限，而且由于法律实施的条件不充分，“纸面上的法”与“实践中的法”常常存在较大的差异，显在与潜在的双重规则系统同时运行，如果不充分进行经验研究，将无法把握法律的实际运行状态，也不能提出有效的改进办法。如我国宪法与法律对检察制度作为法律监督制度的定位及其运行要求，与制度实践中检察制度的运行状态存在较大的差异。而加强监督的某些法律措施，又可能产生新的矛盾，造成法律制度系统的某种不协调与不平衡。这些问题的认识和应对，仅靠法理分析是十分不足的，而必须进行调研，尤其是运用实证分析方法，进行经验研究。
在强调应用研究实践性的同时，也需要重视检察制度的基础理论研究。因为基础理论研究才能为检察制度的存在提供依据，为其改革发展指出方向。同时，基础理论也是学科建立的根基，是学术发展的前提。针对检察理论研究的现状，加强基础理论研究，一是要处理好公理与特色的关系。公理是基础，特色也重要，二者应当统一而不应相互矛盾。检察官在一个分权制衡的司法构架中发挥功能，检察官的职能处于警察职能与法院职能之间，担当以公诉为中心诉讼职能，这是检察制度设置的共性。因此，制度建设必然有一些共同的规律和特点。如任何检察机关的基本职责是“将违反法制的人送上法庭”（列宁语），检察机关内部具有一种领导关系以保障工作效能，同时检察官应当是有职有权的检察活动主体等。这些都反映了检察建设的共同规律。当然，东西方国家的检察制度建设又采取了具有不同特色的制度模式。我们不能以特色否定普遍的规律，而只能是要求普遍规律在具体实现时应当采用符合实际的方式。基础理论研究，更需要注意公理，包括检察规律的研究。而当前检察建设的问题，也主要是对检察规律缺乏把握及不予尊重的问题。二是要注意基础理论研究深度。检察制度恢复重建以后的三十多年，中国检察制度的基础理论已经有了相当研究成果，问题在于一般化的成果，同义反复的理论解说很多，但结合中国国情的有深度、有创新的理论研究严重不足。因此，基础理论研究需要重点解决深度问题。而要实现深度的研究，重要的一点，是敢于直面问题，善于发现矛盾，并做出合理与有深度的理论解析。中国社会的转型时期，社会的不平衡问题突出，各方面的矛盾突出，检察制度建设亦同。回避矛盾、粉饰太平，理论研究就丧失了意义，基础理论研究也不能深入。
（三）拓宽视野形成有深度更大气的检察理论
相对于其他的行业体系，检察体系的组织、工作以及视野上的封闭性更为明显。公安机关工作，涉及刑事司法、行政执法甚至部分民事问题的处理，其工作内容十分广泛。而法院处理一切成为诉讼的涉法事项，更容易具有法律的“全景思维”。而检察机关职能以刑事司法为主，而且职能定位上偏于控诉。而违法犯罪毕竟是社会的异常现象，比较之下，检察机关的工作范围比较窄，受此影响，研究视野也容易受到限制，因此，要使检察理论不成为“自说自话”、“孤芳自赏”，而获得社会的认可以及实现与学术界和实务界的有效交流，就需要拓宽视野，打通学术，使检察研究具有国际眼光、历史厚度、交叉知识及充分的学术底蕴。
一是要注意理论研究的系统性与相关性。储怀植教授提出的“刑事一体化”思想，要求“在刑法之上研究刑法、在刑法之外研究刑法、在刑法之中研究刑法”，[33]这一思想对于检察制度研究也是很有意义的。例如，在检察制度之外研究检察制度，就要求将检察制度放在中国法治的背景之下、放在中国政治体制的构造与运行和发展的背景之下，放在中国经济社会转型时期的背景之下进行观察和分析，这种宏观分析方式，对于认识检察制度的政治、社会和法治意义，认识检察制度与国家政治、经济与社会发展“大局”的关系，认识检察制度的发展方向，是很有意义的。这种研究，除了考虑检察如何适应社会发展的一面外，也应当考虑，在中国的社会发展出现多种趋向与可能性的时候，检察制度能否或者怎样能够促进国家管治方式的改善与社会运作机制的合理化发展。
