我国公司登记机关的选择与设置所存在的问题，引起了学者的非议。有人提出改采法院主管模式，由法院主管公司登记事务。甚至也有人提出可以考虑由商会主管公司登记事务。笔者的基本观点是：虽然我国现行公司登记机关的构置及其实践存在若干弊端，但我国选择行政机关主管模式是相对较为适合的，法院主管模式和商会主管模式均不太适合我国。
法院主管模式也存在其相应的弊端，主要表现为：第一，我国各级法院目前承担着繁重的审判任务，如果再将公司登记甚至其它商事登记都交给法院主管，则法院将不堪重负，法院很难胜任，特别是在坚持实质审查主义原则下，很难要求法院保证实质审查的质量。不仅如此，还可能影响法院其他审判工作的质量。在德国商事登记管辖权之争中，这是要将商事登记主管权移交给工商行会的重要理由之一。第二，法院是国家司法权的行使者，担负着裁决是非、处理纠纷的定纷止争的重任。如果由法院主管公司登记，假若登记申请人或第三人对公司登记存在异议，则尚需法院裁决是非。如是，就可能形成悖论：法院自己裁决自己的是非。这是不符合司法权独立和公正、客观原则的。第三，由法院作为公司登记主管机关，如果其登记人员因故意或过失造成登记不实，则法院及其登记人员依法应承担相应法律责任。如此，又存在两个问题：一个是由法院追究法院的责任是困难的；另一个是即使追究了登记法院的责任，势必影响法院的权威性，从而影响法律的权威性。这是得不偿失的。第四，虽然我们一再强调公司登记的公共服务功能，但客观地说，公司登记难免要负载登记管理的功能，即使在西方国家也是如此。这一功能的体现和实施，法院显然不及行政机关。第五，法院和工商行政管理机关都是国家机关。将公司登记主管权转交法院，也不能解决“苗条国家”的问题。
由商会组织主管公司登记事务，虽然有其优势，如它符合“苗条国家”的需要，它有利于克服行政公权对私权的侵蚀。但是，商会主管也存在其致命的弱点，主要缘于商会不是国家机关，不能保障公司登记机关选择和设置的权威和统一的原则要求，势必影响商会组织进行公司登记的效率和质量。正如前文所析，在世界上很少有国家采行会主管模式。即使在德国发生了工商行会与法院的管辖权之争，但也并不能充分说明行会主管的合理性、科学性。
比较而言，我国选择行政机关主管模式，由工商行政管理机关作为公司登记机关，是较为合适的。这一方面是因为在我国由行政机关主管，最为符合公司登记机关选择和设置的原则。在我国，工商行政管理机关被国家授权主管工商业，主管市场交易，较为切近公司登记事务，较为符合专业化原则；工商行政管理机关具有全国统一的独立的组织体系，符合统一的原则和方便的原则；工商行政管理机关作为行政机关，在我国具有较为优越的地位，基本符合权威原则；作为行政机关，工商行政机关具有提供公共服务的能力，基本符合服务的原则。另一方面，经过多年的实践，由工商行政管理机关主管公司登记事务具有一定的经验基础。
