然而，肯定我国的行政机关主管模式，并不是要容忍我国现行公司登记机关在构置上存在的问题。相反，这些问题必须加以改进。具体方式就是，在基本肯定由工商行政管理机关主管的前提下，重新构置我国公司登记机关内部体系，要实现的目标是：保持公司登记机关体系的独立性，淡化其行政管理色彩，凸显其公共服务功能。笔者的基本设想是：第一，在国家工商行政管理总局下设国家企业登记中心，在各省（自治区、直辖市）工商局下设省（自治区、直辖市）企业登记中心，各省（自治区、直辖市）企业登记中心在其辖区内的省会城市、地级市、直管市（或同级的盟、林区、开发区、农场、兵团等）设办事处，办公地点可以设在相应的工商局内。县及县级市一般不再设办事处，但确有必要者由省企业登记中心设办事处。第二，国家企业登记中心业务上独立，但接受国家工商行政管理总局监管。省（自治区、直辖市）企业登记中心在国家企业登记中心统一领导下，相对独立从事企业登记事务。省（自治区、直辖市）企业登记中心同时接受同级工商行政管理局监管。各省会城市、地级市或直管市或必要的县和县级市的企业登记办事处只是省级企业登记中心的派出办事机构，以省级企业登记中心的名义开展企业登记工作，不受同级工商行政管理局的管理。第三，国家企业登记中心只进行业务培训、业务指导、政策协调、省级企业登记中心关系协调以及根据委托进行有关规范性文件的起草，不负责具体企业登记事务。登记管辖的原则是以公司住所地为根据的属地管辖，以省（自治区、直辖市）行政区划为确定住所地的标准。在各省（自治区、直辖市）范围内，全部以各省（自治区、直辖市）企业登记中心的名义进行登记工作。根据登记申请人自愿的原则，各省（自治区、直辖市）企业登记中心可以具体从事部分登记事务。但省级企业登记中心的主要职责是负责培训、指导、协调、检查、考核各派出办事处的登记工作。第四，各级企业登记中心的费用，基本部分由国家财政拨付，主要用于基本建设和基本办公支出。其余部分通过登记费和查询费收入，但该两项收入的部分应当上交。在适当的时候，可以采取由企业登记中心自收自支，不再财政拨款。第四，鉴于我国目前除公司登记之外，还有合伙企业登记、独资企业登记及传统国有企业登记，为了保持我国企业主体登记的统一性和实现登记事务的效率，故登记中心沿用企业登记之名，企业登记中心除公司登记之外，还主管其它企业登记事务，但其中公司登记是其最主要事务。但个体工商登记不应置于其内。由于个体工商登记额小、分散，可将其职能置于基层工商行政管理机关内。或者不进行工商登记，而只进行税务登记。第五，重新界定企业登记中心的职责范围，以提供登记程序服务、企业信息公共服务为主，适度赋予其行政监管职能，但行政监管职能只能限制在与公司登记有关，如年检、证照管理、对违反公司登记及其它企业登记法律、法规的行为进行监控和处理。企业登记中心不再履行与企业登记无关的对企业经营行为的监管职责。
