证据矛盾产生的具体原因，是客观情况与主观因素上的双重局限性。客观情况的局限，是指客观事物所反映出来的情况及所提供的信息的限制。有的事物因其发展不足或被某些现象遮蔽，其内在本质未能适当显现，就使人们难以通过其各种外部表征把握该事物。例如人们常会看到一种情况，某贪污受贿的干部，平时给人印象廉洁正派，其实际作为与其表像大相径庭。另一方面，是主观因素包括人的认识能力的局限性。证据虽然可以分为人证、物证、书证等不同的类型，但任何一种非人证都需经过人的鉴别、提取以及提供，因此，法庭调查总是以人证为中心，物证或其他证据的调查也需要从调查提取者、提供者开始，而对这些证据的质证也是围绕相关提取人、提供人、鉴定人等进行，在这个意义上，全部证据都是“人证”。而人的认识与作为是有局限的，这种局限包括两种类型：一是观察能力、记忆能力以及认知能力等主观特质的局限性[5]；二是情感的影响，利益的计较等主观因素对证据形成与使用的影响。
前者，即人的认识能力的局限性，既包括个体的认识局限，也包括主要受科学技术发展水平限制的社会总体的认识能力的局限性。认识能力的这种局限性必然会影响证据信息的内容并促成矛盾的产生。例如，随着记忆的变化，同一证人的证言可能发生前后矛盾。案件中经常出现的不同的鉴定结论相互矛盾，甚至出现所谓“鉴定大战”现象，应当说主要就是由于鉴定人认识局限性影响所致。而后一种局限，则包括情感与利益等因素潜在地影响提供证据人员的意识，使其非故意地提供了不准确的证据，以及这些因素影响相关主体使其故意提供虚假信息以达到一定的诉讼目的。如嫌疑人家属提供嫌疑人的不在场证据，造成了与案件其他证据的矛盾等。以上是证据矛盾的一般原因分析，就不同案件中不同的矛盾，还需分析其具体的原因，才能合理地解释矛盾并有效地解决矛盾。
认识到证据矛盾产生的必然性，我们就需进一步认识证据矛盾的意义和作用。证据出现矛盾固然损害印证性证明结构，但正是在解决矛盾的过程中，判断者建立和加强心证，最终使案件事实获得证明。同时，矛盾的出现也反映了案件本身存在的问题。因此，矛盾的出现与对于矛盾的分析和解决在诉讼证明中具有重要的意义。
认识矛盾的意义，首先需要明确矛盾判断的性质。矛盾判断，是一种“真值”判断。而“真值”即真假的判断，其标准是主观符合客观。即“事物的观念”与“事物自身”相一致[6]。在证据分析中的矛盾判断，包括判断某一或某些证据信息本身是否准确地反映了客观事实情况，也包括判断在一定的证据信息基础上所建立的案件事实叙述是否能够成立。存在逻辑矛盾的情况下，至少有某一方面的证据信息必假。同时可能使矛盾信息影响之下建立的事实判定真实性受到质疑。这里的“真值”判断，既包括或真或假的选择性判断，也包括成立真假可能性及其程度的或然判断。就真值判断问题，证据矛盾最突出的意义，是形成“疑点”，即产生对于某一信息真实性或某一事实认定真实性的“合理怀疑”。因为，同一指向的相互否定判断至少其中之一是假的，也可能均为虚假。如被告自称1953年5月出生，而户口簿记载是1954年5月，必然其中有一项不真实，也可能这两项都不真实。因此，发现证据间的矛盾，是发现证据的不真实性以及事实认定的不可靠性的最有效的渠道和方法之一。湖北佘祥林杀妻冤案，湖北省高院在案件审查中发现五个方面的主要问题，即五个方面的突出矛盾。如凶器上的矛盾，佘祥林在被审讯时，分别供述了三种作案方式，即用棍棒打、用绳索勒、用石头砸，最后公安局采信用石头砸的说法。然而，当公安人员带佘指认现场时，发现现场并无石头。又如，一审法院最重要的定罪依据是作案工具的提取，即根据佘祥林的交代在沉尸处提取蛇皮袋一个，内装四块石头。但从卷内材料看，被告人佘祥林供述这一情节是在警方提取蛇皮袋等物证之后。这一重要矛盾使高院对该杀人情节产生怀疑。此外，案件中被告口供的自相矛盾十分突出，而且有重要人证证实被告没有作案时间。由于存在一系列重大疑点，湖北省高院认定该案事实不清、证据不足，决定发回重审。但在重审过程中，发案地政法机关“内部协调”，决定案件降格处理，最后佘被判处十五年有期徒刑，直至其妻被发现并未死亡，冤案才得以昭雪。[7]
