在诉讼案件中，证据间矛盾是普遍存在同时又是千差万别的。为了辨析矛盾性质与特点并寻找解决矛盾的方法，我们还需要从不同角度对证据矛盾进行分类。根据证据矛盾的性质可以将其分为冲突性矛盾与差异性矛盾。冲突性矛盾，是指矛盾的各方处于一种十分对立的关系中，其不相容性非常突出。例如，被告留下作案痕迹，但证据表明缺乏作案时间。两种信息根本冲突，并无相通性，显得十分对立。而差异性矛盾，是指不同证据所含信息具有一定的一致性，同时又有某些不一致性，形成同中之异。冲突性矛盾，是我们分析证据矛盾时关注的主要对象，因为这种矛盾的存在会影响我们对该事实或事实情节的认定。而证据信息间的差异，因为差异性矛盾十分普遍，甚至构成证据间关系的一种常态，且由于以基础信息一致性、印证性为前提，对事实认定的构造通常不致于产生大的冲击。但这种差异性矛盾也有相当的认识意义，尤其在某些特定情况下，容后分析。
根据证据矛盾的意义可以将其分为根本性矛盾与非根本性矛盾。前者是指影响基本事实认定的重大矛盾；后者是指不影响或基本不影响基本事实认定的非重大矛盾。所谓基本事实，即构成要件事实。在刑事案件中，是指什么人犯了什么罪的事实；在民事诉讼中，是指构成请求权基础的民事要件事实。根本性矛盾不仅是针对基本事实即要件事实，而且其构成的矛盾必须是冲突性矛盾，即信息的基本内容相冲突。而非根本性矛盾，是指不影响基本事实的矛盾以及虽然针对基本事实，但其不同证据载体所携信息之间只有某些差异，并无根本冲突，如二被告均承认作案，但各自叙述的具体时间与某些情节有差异。根本性矛盾，是证据间矛盾分析所要关注的主要对象，因为不解决这类矛盾甚至无法确认基本事实。但非根本性矛盾一方面影响案件事实情节，另一方面，有时可以转化为根本性矛盾，成为影响基本事实认定的重大问题。例如，云南杜培武冤案，被告在侦查过程中虽然承认杀人，但其多次供述的不同的杀人枪支丢弃地点，经公安人员反复搜寻均未找到。在此案中，供述与其他证据的这种矛盾，似乎是在杀人基本事实能够确认基础上的某些事实情节的矛盾，即非根本性矛盾。但因该案中存在侦查人员违法取证，被告供述是违法审讯所产生的，而不能找到杀人凶器，正是暴露了案件中的重点疑点，被告人杜培武关于凶器的供述与搜寻证据之间的矛盾，反映了杜没有作案因此无法确定凶器所在这一本质，因此，这一矛盾实际上成为影响案件事实认定的根本性矛盾。根据证据矛盾的来源可以将其分为自相矛盾与相互矛盾。自相矛盾，是指单一证据来源或证据载体提供出相互矛盾的不同信息。狭义的自相矛盾是单一证据载体内部出现的矛盾。如单一口供、证词、鉴定结论的内部矛盾。广义的自相矛盾是指证据来源同一，但证据载体不同形成的矛盾。如被告两次口供不一致。不同证据来源及不同证据载体之间的矛盾，是证据间的相互矛盾。通过发现与分析证据的自相矛盾，可以为我们判断该证据是否虚假提供依据；而通过证据间相互矛盾的分析，则可能发现其中某一证据的虚假性。根据证据矛盾的内部构成数量，可以将证据矛盾分为二元矛盾和多元矛盾。二元矛盾是矛盾的基本形态，即矛盾由相互对立的两个方面构成；多元矛盾，指矛盾构成不限于两个方面，而由多个方面构成。
其他还可以根据需要作出不同的分类。如根据证明的直接或间接性，将证据间的矛盾分为直接证据间的矛盾、间接证据间的矛盾以及直接证据与间接证据间的矛盾等。
二、证据矛盾产生的原因及意义
要准确地把握矛盾，有效地解决矛盾，需要把握矛盾产生的原因。证据矛盾是多类型多形态的，而产生矛盾的原因也是多方面的。证据矛盾产生的根本原因，是事物的多样性。正是由于这种多样性。形成世间万事万物之间的差异。这种差异表现于物本体的差异，即没有两件绝对相同的物体。表现于过程的差异，即“人不能踏进同一条河流”所蕴含的动态不可重复性。事物差异性形成的原因，一是事物内在构成的多样化。即形成某一事物的构成要素，与另一事物的构成要素存在差异；二是事物外在反映的多样化。内在特质的不同，导致事物外部反映形态的差异性，因此而形成我们所获信息的差异。事物的千差万别，构成物的丰富性，不同的物按不同的标准与要求各自发挥其功用。然而，一旦不同事物因其在人的认识与评价系统中由共同的信息指向而具有了相关性，就形成了依赖于主体的认识从而具有主观意义的矛盾统一体。将不同事物纳入证据认识与评价体系，证据矛盾就形成了。如某人经过某地看到车祸发生，然后离开去办自己的事。本来他与车祸涉及的人与事并无关联，但因其目击现场情况，被办案人员征集为证人，其提供的证言就可能与案中的其他证据形成一个认识上的矛盾统一体。证据矛盾产生的直接原因，是信息不对称，即信息的来源、信息的反映以及信息的性质与内容不一致、不协调。当事者应当最清楚事情发生的真实情况，而局外者未必了解实情，如果共同作证，就形成不对称。但另一方面当事者有时会出现“当事者迷”，即因参与事件而受认识局限包括感情影响等而出现“认识遮蔽”的情况，而旁观者反而具有客观的观察事物的条件，因此能对事件叙述比较清楚，这也是一种不对称。在信息反映方面，不同证据形式，反映证据信息的方式与程度是不同的，如物证能够以其物质与痕迹的物理特性反映案件情况，而鉴定结论则可能鉴别物证的内在特性，从而开掘其深层的信息。同一证据形式反映的证据信息仍然不对称，如同为证言，因人的观察能力、记忆能力、认识能力等主观特质有区别，以及观察事物的条件有差异而形成不对称的信息。这种不对称，是证据矛盾的反映和重要来源。
