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如前所述，信息公开制度的基本结构之一是公开对象文件的无限性。《信息公开法》所确立的法律原则也是要求可以公开的信息均应公开。因此，即使行政文件中载有部分不公开信息的，行政机关的首长也不能以此为理由作出该行政文件全部不得公开的决定，总之，行政机关的首长负有公开相应信息的义务，只有在具备一定的法定要件的前提下，该公开义务才可以得以免除。
这样，在面临公开相应可公开部分信息时，如何区分同一个行政文件中可以公开的信息和不能公开的信息，即何为不能公开信息的构成要件便成为问题的关键。《信息公开法》第六条第一款本文规定：“被请求公开的行政文件中记录有不公开信息时，记录有该不公开信息的部分容易被区分和除去的，行政机关的首长应将已除去该部分内容后的其他部分向公开请求人公开”。显然，是否“容易被区分和除去”是判断信息是否能够被免除公开义务的要件。
所谓“容易被区分和除去”包含了信息的内容、技术和程度三个方面的要件。其中“区分”意味着该部分信息内容可以与区别与其他部分的信息内容，“除去”意味着在技术方面两种信息可以相互分离，而“容易”则意味着上述分离和除去的技术性难易程度。其中，不具有“容易”“除去”性质的主要是指以电磁记录方式保存的信息，如果以电磁记录方式保存的应公开的信息和不得公开的信息尽管在内容上容易区分，但两者在技术方面难以分离时，或者与此相反，如是以纸张为记录材料的信息，在除去不得公开信息方面需要耗费大量的人力或时间时，这类情况则不属于可以免除部分公开义务的理由。
《信息公开法》第六条第一款除本文外，还设定了但书规定：“除去该部分内容后的其他部分中未记录有有意义的信息的，不受此限制”。这是又一项可以免除部分公开义务的规定。依照立法者的理解，所谓“未记录有有意义的信息”是指在除去不得公开的信息之后，行政文件中所剩余的只是无意义的文字、数字或已经公开了的信息等等情况。该部分信息即使公开对请求人而言不具有利益性，对行政机关方面而言则会增加不必要的负担。但是在适用该条款时，必然地会产生什么是“有意义的信息”的问题。对此，有学者认为，在公开请求人与行政机关就某项信息是否属于“有意义的信息”持不同意见时，在运用层面上有必要对是否实施部分公开，或者在听取请求人的意见之后实施部分公开进行具体的判断。
⑵以公益为理由的裁量公开决定
如前所述，行政机关的首长可以依据《信息公开法》第五、六条等条款的规定决定全部不公开或部分不公开某项信息，但根据第七条的规定公开请求的行政文件中即使记录有不公开信息的，行政机关的首长认为在公益上存在特别的必要性时，可以向公开请求人公开该行政文件。
⑶拒绝作出是否存在相关信息的回答
从上述各部分的内容可以看出，针对信息公开请求，作为一般规则，《信息公开法》要求相应行政机关的首长作出是否予以公开的决定。因此，无论是作出予以公开的决定还是不得公开的决定，自然是以相应的信息存在为前提的。但是，在一定情况下，回答行政文件是否存在本身就会导致由不公开信息制度所保护的利益受到侵害。例如，请求公开某人在特定的国立医院接受治疗的病历时，行政机关的首长如回答该医院有该人的病历，但依照《信息公开法》第五条第一款的规定该病历不得公开，这样的回答事实上公开了该人在该医院接受治疗的事实，由此侵犯了该人的隐私权。同样，请求公开某企业的新产品生产许可申请书时，存在该申请书这一事实被其他企业知晓就可能会影响其竞争地位和企业发展战略。以此类推，回答相应行政文件是否存在本身就可能会侵害第五条所规定各项不公开信息所要保护的利益。如上述的个人隐私权以及国家安全、刑事侦查的进行、对最先进科学技术的探索等等。
因此，《信息公开法》第八条在上述的一般规则之外，设定了一项例外，即“针对公开请求，仅回答该请求的行政文书是否存在就会导致不公开信息公开的后果时，行政机关的首长可以用不确定该行政文件是否存在的方式拒绝该公开请求”。
与其他不公开决定一样，拒绝作出是否存在相关信息的回答也属于拒绝处分的一种，因此在作出该处分时也同样接受《行政程序法》第八条的拘束，负有说明理由的义务。
（三）信息公开的实施方式
《信息公开法》第十四条第一款本文规定了行政文件公开的实施方法。具体而言，如果信息的记录方式是文书或图画的，则公开的方法为查阅和交付复印件（有学者认为，交付复印件也包括将行政文件的复印件邮送至请求人指定的地方两种。由于究竟以何种方式公开是由请求人申请的方式进行的（第十四条第二款），因此可以说是以查阅方式还是以交付复印件方式公开是应请求人的选择而定的。如果公开的对象文件为电磁性记录的，则根据这种记录方式的种类、信息化的发展程度等状况以政令规定的方式公开。
在申请查阅行政文件时，由于行政文件原本的性质不同，有些会因查阅而造成污损或破损等后果，因此，第十四条第一款但书规定：“行政机关的首长认为行政文件的公开方法可能影响该行政文件的保存以及有其他正当理由的，可以以复印件的方式公开”。
在当今时代，随着信息技术的进步和发展，以电磁方式记录的行政文件正日益增多。由于电磁性记录文件在记录方式上与文书等一般的行政文件不同，因此其公开的方式不同，所导致的行政成本也大不相同。例如就时间而言，磁带记录的文件如以复制后交付请求人的方式（电磁记录方式）公开可能只需要数小时，但如将其内容打印后以打印件的方式交付请求人，则可能需要耗费几个月的时间。在这种情况下，自然是以电磁的记录的方式公开成本最低。但是，信息技术的普及和发展程度又同时会产生对这种实施方式的制约。例如请求人本身不会适用电脑等可以阅读电磁性记录文件设备时，这种公开方式则难以达到公开的目的；再如，因行政机关相互之间以及请求人使用的电脑操作系统并不当然属于同一种类，由此不能对相应信息进行解读，而以实现信息公开为目的进行开发通用特别程序又受到费用和技术的制约。诸如此类的因素都制约着现阶段在《信息公开法》中明确电磁性记录文件的公开方式，由此也对内阁在《信息公开法》施行之后如何通过政令将电磁记录方式具体化提出了一系列的行政立法课题。
五、救济：复议、咨询和诉讼
针对信息公开制度中的权利救济问题，日本信息公开制度在以下两个方面设置了相应的制度。其一，公开请求人对拒绝公开决定（包括部分公开决定，即部分不公开决定）请求的救济；其二，因公开决定（包括部分公开决定）权益受侵害者请求的救济。
（一） 对拒绝公开决定的救济
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