与TRIPS协议相比，我国现行商标确权机制的主要缺陷是终审程序不健全，存在一审终审现象。这主要体现在商标评审委员会对争议案件和注册不当案件的裁定方面。根据《
商标法》第
27条第一款的规定，商标局和商标评审委员会都有权撤销注册不当商标。在实践中，商标局的撤销被理解为依职权主动撤销，而商标评审委员会的撤销被理解为被动撤销。这种做法意味着，同一种性质的案件可能出现两种不同的处理程序：对商标局依职权主动撤销的注册不当案件实行“二审终审制”，因为这种案件的当事人对商标局的撤销决定不服的，可以向商标评审委员会申请复审；而对直接向商标评审委员会请求撤销的注册不当案件实行的是“一审终审制”，因为商标评审委员会是商标确权的终局裁定机构，当事人即使对其裁定不服，也无处上诉或申诉。实际上，商标局依职权主动撤销的注册不当案件为数并不多，因此，大量撤销注册不当案件都是在“一审终审”的体制下裁决的。此外，第27条第二款又规定，“除前款规定的情形外，对已经注册的商标有争议的，可以自该商标经核准注册之日起一年内，向商标评审委员会申请裁定。”这意味着我国所有争议案件的裁定都是实行“一审终审制”。
商标确权关系到有关当事人的切身利益，在进行程序设计时，至少应该为当事人提供一次复审或上诉机会，一审终审显然是与现代法治原则和精神相背离的，在一定意义上也不符合TRIPS协议的规定。TRIPS协议第62条规定，经知识产权确权的任何程序作出的终局行政决定，均应接受司法或准司法当局的审查。
近年来，不断有人呼吁，我国现行商标确权机制实行的是行政终局裁定，缺乏必要的监督和制约，主张对之实行严格的司法审查，分阶段实现商标确权司法终审制，即先实现部分确权程序司法终审制，直到最后完全实现司法终审制，以满足TRIPS协议的要求。这种观点可以概括为“司法审查论”。另有一些人则主张，应合理界定商标评审委员会的性质，把它视为一种准司法机构，而不是作为行政机关。如果对目前的有关程序进行完善，消除一审终审现象，则即使不把商标确权终审权交给法院，也同样可以达到TRIPS协议的要求。这种观点可以称之为“准司法化论”。
“司法审查论”与“准司法化论”之争触及了我国包括商标和专利在内的知识产权确权制度及其理论的一个重要问题，即商标评审委员会和专利复审委员会究竟是纯行政机构，还是准司法机构。从
商标法及其实施细则的规定来看，商标评审委员会并没有行政管理职能，似应视为一种准司法机构。1995年国家工商行政管理局发布的《
商标评审规则》第
7条规定：“商标评审委员会处理商标评审事宜，采取委员投票表决制，遵循少数服从多数的原则。”这种原则与单纯行政机关实行的长官负责制原则显然是不同的。但该规则第2条同时又规定：“国家工商行政管理局商标评审委员会是国家工商行政管理局设定的负责商标确权评审的行政机构，依法对商标评审事宜行使终局裁决权。”这与第7条的规定是有矛盾的。专利复审委员会也存在类似情况，所不同的是，其一部分决定是终局性的，另有一部分则可以向法院起诉，并且在诉讼中处于被告的地位。在这次
专利法的修改过程中，专利复审委员会是作为一般行政复议机构来对待，还是作为不同于一般行政复议机构的准司法机构来对待，是最具争议性的问题之一。如果是前者，则专利复审委员会将继续充当专利确权诉讼中的被告；如果是后者，则对专利复审委员会的决定可适用上诉程序，而不必适用行政诉讼程序，从而使专利复审委员会避免充当被告之累。
