当发生争议时，争议当事人可遵循协议中的仲裁条款或者事后达成的仲裁条款选择约定的仲裁庭。根据当事人意思自治原则，争议当事人可协商选择中国境内、东盟国家境内的仲裁机构或者国际性的专门知识产权仲裁中心，如WIPO的仲裁中心。当事人在做出此种选择时，可考虑以下因素：首先，仲裁机构是否拥有一批高专业素质、高道德水平的仲裁员队伍；其次，仲裁机构是否有一套先进的仲裁规则；再次，仲裁机构的服务情况、社会评价以及裁决执行情况；然后，仲裁机构有无行政干预色彩和地方保护主义；最后，该仲裁机构的地理位置（即是否便于当事人参与仲裁程序）以及仲裁机构所属国的法治水平。考虑这些因素可帮助争议当事人选择合适的仲裁机构。
（三）完善我国有关仲裁的法律制度我国属于大陆法系国家，法律制度基本上奉行的是大陆法系法律制度，采用大陆法系的法律理论，我国法的渊源主要有立法、司法判例、法律解释、国际法、习惯等，就国际私法意义上的仲裁而言，其法律渊源包括国际条约和国内立法，以下就国际条约和国内立法中关于仲裁的法律规定的不完善之处进行分析。
在国际条约方面，建议使私人参与者成为争端解决机制的限制性主体。《中国－东盟自由贸易区争端解决机制协议》属于仲裁法律渊源中的国际条约，作为中国与东盟双方签署的处理有关贸易争端的法律文件，其确立仲裁程序作为解决中国－东盟内争端的主要程序。[7]然而，如前所述，中国－东盟自由贸易区争端解决机制的主体仅限于国家，主要是为了防止私人滥用诉权，影响政府间特色原则。因此为了鼓励私人积极参加仲裁，建议考虑将私人参与者纳入争端解决机制，在了解争端的性质或需要的基础上，国家可以为私人主体创造启动争端的衔接程序，设置相关的申诉机制，以便及时解决知识产权争议。[8]
在我国立法方面，进一步明确知识产权的可仲裁性。我国在加入《纽约公约》时指出，所谓“契约性和非契约性商事法律关系”，具体是指由于合同、侵权或者根据有关法律规定而产生的经济上的权利义务关系。我国《仲裁法》规定平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷可以仲裁，但对于“其他财产权益纠纷”，并没有具体解释。此外，最高人民法院在《关于执行＜纽约公约＞的通知》中也将侵权争议界定为属于“非契约性的商事争议”。可见，对于知识产权争议是否具有可仲裁性，法律的规定模糊不清，语焉不详。这也直接导致了企业、法院、仲裁机构在此问题上的怀疑态度，因此，必须对知识产权合同性争议、侵权性争议、有效性争议的可仲裁性，在即将修订的《仲裁法》中进一步明确，由此给当事人利用国际商事仲裁制度解决中国—东盟知识产权争议扫清立法上的障碍。
