6、对税务违法行为的处理难度加大。电子商务的交易手段是高科技的，结果是隐蔽的，在互联网上交易实体是无形的。加密技术的发展和应用使确定纳税人身份或交易的细节极为困难，没有明确的纳税人或交易数字，税务检查部门对可能存在的税收违法行为很难作出准确的定性处理。
随着网上贸易中有形产品和信息服务的区别变得日渐模糊，税务机关对网上知识产权的销售活动及有偿咨询束手无策。许多贸易对象均被转化为“数字化资讯”在国际互联网中传送，使得税务机关很难确定一项收人所得为销售所得、劳务所得还是特许权使用费。
由于所得的分类直接关系到税务方面的处理，上述问题导致了税务处理的混乱。
7、税收征管体制问题。现行的税收征管体制是建立在对卖方、买方监管的基础上的。而在电子商务的税收征管中，税务机关无法追踪、掌握、识别买卖双方巨额的电子商务交易数据并以此为计税依据。对此，欧美等国提出建立以监管支付体系（金融机构）为主的电子商务税收征管体制的设想。电子商务交易中的双方，必须通过银行结算支付，其参与交易的人不可能完全隐匿姓名，交易的订购单、收据、支付等全部数据均存在银行的计算器中。以支付体系为监管重点，可使税务机关较为便利地从银行储存的数据中掌握电子商务交易的数据并以此确定纳税额。欧美国家为此还设计了监控支付体系，并由银行扣税的电子商务税收征管模型。
四、电子商务发展对税务稽查的影响
(一)电子商务对税务稽查带来的积极影响
1、利于实现全方位税务稽查。实现电子商务后，可以通过互联网获取该企业所属行业信息、货物交易情况、银行支付情况、发票稽核情况、与它关联企业情况等全面信息来实施稽查。同时，稽查人员可以随时获取法律、法规、条例等信息，甚至可以网上取证。
2、推动税务稽查手段和方法的现代化。税务部门与银行联网，通过“网上银行”、“电子货币”、“电子支票”来缴纳查补税款，极大地加快了税款入库时间。传统的查账将被“网上查账”所代替，这就加强了依法治税的手段和力度。通过电子商务可以在网络上对偷、漏、逃税的企业曝光，甚至可以在网上通缉。借助认证中心、公安、工商和网上银行，可以取消违法企业的网上贸易资格。
3、降低稽查成本，促进税务部门的廉政建设。电子商务促进了纳税人实行电脑化、网络化管理，稽查部门可以要求纳税人以电子邮件形式，把电子账册、电子票据等信息发送到稽查部门，实行网上稽查，避免了目前劳民伤财的实地稽查和调账稽查，也避免了与纳税人直接接触，更加符合税收的简便原则和最小征收成本原则，促进了廉政建设。
(二)电子商务对税务稽查带来的不利影响
1、稽查难度加大。传统的税收征管都离不开对账薄资料的审查，而网上贸易是通过大量无纸化操作达成交易，帐簿、发票均可在计算机中以电子形式填制，而电子凭证容易修改，且不留痕迹，使税收审计稽查失去了最直接的纸质凭据，无法对其追踪。企业如不主动申报，税务机关一般不易察觉其贸易运作情况，从而助长了偷逃骗税活动。另外，随着计算机加密技术的发展，纳税人可以用超级密码和用户名双重手段来掩藏有关信息，使税务机关收集资料十分困难。
2、对税务稽查手段的要求提高
现代的电子商务，需要税务稽查的电子信息手段。在网络时代，税务稽查必须采取现代电子手段。针对和根据电子商务所运用的电子形式，选择现代信息工具，开发、研制相应的程序、软件，实现税务稽查的电子化、网络化是时代的要求。
电子信息技术的运用，使得交易记录以电子形式出现，电子凭证可以轻易地被修改，而且不留下任何痕迹、线索，税收审计稽查因而失去了最直接的纸质凭证，这就使传统的凭证追踪审计失去了基础，税务部门就得不到真实、可靠的信息。另外，无纸化操作产生的电子合同、交易票据实际上就是数据记录，电子帐本本身就是数据库，如果对它们继续征收印花税在法律上将不再适用，而且很难区分这些数据及数据库，哪些是用来交易的，哪些是用于单纯的企业内部管理目的的。在税法判定标准确定、交易过程可审计的前提下，纳税人的经营活动实现了会计电算化、交易过程和支付的电子化，税务机关在进行税收征管检查时，必须能够对纳税人的电子商务过程进行审计。电子审计应包括对纳税人的商务软件、支付系统、电子会计系统的审计，以及会计系统的设计和数据管理是否符合要求、电子凭证管理是否符合规定、电子数据有无修改等。电子审计是一门专门的学问，将来随电子商务的发展，必将有新的内容。要对网上交易实行监控。网上交易的公司和个人通常会有网站主页公司产品销售服务的详细情况，大型公司还有投资情况会计年报。税务机关可以通过网络收集纳税人的经营资料，与纳税人申报纳税资料对照、分析判断偷漏税情况。
五、对课税要素的影响
（一）对纳税主体带来的深刻变化。
纳税人是指具有纳税义务的特定的人，包括自然人和法人。只有明确了纳税人，才能将特定纳税义务对应的人与其他经济实体区别开来，才能保证税负公平，从而保证税收工作的正常开展。然而在网络经济中，纳税人呈现出一些新的特点，对税收征管工作造成了前所未有的影响。
1、纳税人之间的界限日益模糊。
刷卡消费、电子汇款、异地通存通兑、网上证券业务、网络代理越来越多，企业之间边界越来越模糊，越来越体现出一种相互依赖、难分你我的整合关系；企业内部任何一个部门再也难以封闭起来独立经营了，而是同外界有着千丝万缕的关系，因而越来越多的经济事项很难明确判定究竟属于哪一个或哪几个企业的活动。
在电子商务环境下，经营者和消费者都可以隐匿其名称、住所及交易过程，因此很难确认交易双方的身份，也就无法确定纳税主体。再者电子商务跨国界和地域，交易快捷、直接免去了传统交易中的中介环节，这不但影响了对纳税主体的确认，而且使纳税主体国际化、边缘化，具有不确定性。
在商品交易无形化的同时，纳税人也正向无形化方向发展。现在，税务机构征税的依据在于能实实在在确定纳税对象，随着互联网上匿名电子货币和高超密码技术的发展，纳税对象的确认将越来越难，谁是纳税人说不清楚。
2、纳税人的稳定性受到了一定程度的挑战。
税收稳定性一方面建立在税法的“固定性”上，另一方面建立在纳税人的“持续经营”会计假设基础上，即在可预见的将来，企业不会停业，也不会大规模增加或削减业务。然而，在互联网经济中，越来越多的临时性结盟企业（尤其虚拟公司）之间的兼并和分立更为常见；另外，随着竞争的加剧和技术的进步，企业更多地执行顾客导向型战略，企业内部长期稳定的生产活动和存货储备大大减少，而更多地采用“零存货”和“适时生产”制度，根据定单即时进行生产，业务量波动较大，企业时而膨胀、时而缩小甚至解散，呈现出即时性和短期性的特点。比如，增值税一般纳税人和小规模纳税人等性质的稳定性大大减小，这对于税收征管的标准和手段都提出了挑战。
（二）对征税对象的影响
征税客体又称课税对象，是指税法规定对什么进行征税，是区分各税种的根本标志。根据课税对象的性质不同，可将税收分为流转税、所得税、资源税、财产税和行为税五大类。
电子商务改变了产品的固有存在形式，使贸易不再以物流为主，而多以信息流为主，它将一部分原来以有形货物提供的商品转变为数字形式提供，因而使课税对象的性质变得模糊不清。税务机关在对某一课税对象征税时，会因为不知其适用何种税种而无从下手。国外公司或个人在中国境内的货物销售所得和劳务所得的税务政策不一样，所以认定一笔交易到底是货物销售还是劳务，才能决定该笔交易是否须征税。区分所得是属于劳务所得还是属于其它所得并不是一件容易的事。在很多商务交易中往往既包含有形物的供给，又包含劳务的提供，这些交易通常是根据主要属性来界定的。
1、课税对象的确认问题。现行的税法对商品销售收入、劳务提供收入及特许权使用收入等税种和税率均有不同规定。但电子商务的出现改变了这一观念，将交易对象均转换为“数字化信息”在Internet上传递，税务部门将难以确认这种以数字形式提供的数据和信息究竟是商品、劳务还是特许权等，所以无法确认课税对象及相关适用税率。
2、课税对象多元化
现行税制设计着眼于有形产品的交易，互联网使得有形产品和服务的界限变得模糊，将原来以有形财产形式提供的商品转变为以数字形式提供。互联网中发展最快的领域就是网上信息和数据的销售业务，原来购买书籍、画册、报纸和CD的客户，现在可以通过互联网直接取得所需的信息。随着计算机广泛的应用，计算机软件产品在市场上的销售额日益增大，而互联网使得软件销售可以在网上完成。因此，互联网使得税收对象多元化，并使以数字形式提供的数据、信息应视为提供服务所得还是销售商品所得难以判定。
（三）征税范围不明确。是否要对互联网上全部经营活动都征税，是当前国内外业内人士争议的一个热点问题。以美国为例，主要有征税派和免税派两种观点。免税派认为，在电子商务涉及的许多问题尚未解决的情况下，贸然全部征税弊多利少。主张对网络交易经营行为按常规应征收的税，可根据实际情况部分免除。征税派则认为，电子商务毕竟是一种贸易形式，网上交易同其他形式的交易一样，仍然属于一种商业行为，因此，全部电子商务经营行为都应依法纳税。
