1、税收管辖权的问题
税收管辖权，是指国家或地区间税收管理和税收收入归属的权限问题，涉及到国家或地区间的主权和税收分配关系，既有主权，又关系到经济利益的划分。关于税收管辖权，有收入来源地管辖权、居民管辖权和两者结合的管辖权三种。所谓收入来源地税收管辖权，是指按照属地原则确定的税收管辖权；居民税收管辖权，是指按照属人原则确定的税收管辖权；收入来源地管辖权和居民管辖权相结合的税收管辖权，是指按照属地原则和属人原则并行而确定的税收管辖权。目前大多数国家采用的是收入来源地管辖权和居民管辖权相结合的税收管辖权。
对税收的收入来源地管辖权而言，由于网上交易，其服务器地点的设立不一定在其收入实现地或结算地，而网上销售无形商品或提供服务却不受地域和时间的限制，收入来源地的确定绝非易事。就税收的居民管辖权而言，由于电子网络的发展，在常设机构确定问题上，难以做出准确的判断，所以，法人的居民身份不容易划定，而自然人由于网络的发展，在世界任何一个互联网的终端都能实现与其他人或机构的交易、服务或工作，以及收入或工作报酬的支付，因此，自然人的居民身份也难以准确划定。
但是，电子商务的发展必将弱化来源地税收管辖权，这方面的例子很多，比如，通过互相合作的网址来提供修理或维修服务：甚至医疗诊断服务也可以通过因特网由千里以外的医生来提供。电子商务活动使得各国对所得来源地的判定发生了争议。这促使美国财政部在有关报告中认为居住地税收管辖权较来源地税收管辖权为优，倾向于加强居民(公民)税收管辖权而不是来源地税收管辖权。但是，居民(公民)税收管辖权也面临自身独特的挑战。虽然居民身份通常以公司的注册地标准判定，但是许多国家还坚持以管理和控制地标准来判定居民身份。大多数国家的公司法都已允许外国公民担任本国公司的董事，还允许董事会在居住国以外的国家召开。
电子商务易引起国际间的税收利益分配关系发生分歧。就目前情况而言，世界上大多数国家征税都同时采用居民税收管辖权和收入来源地税收管辖权，即国家同时对其居民在全世界范围内的所得和对于本国来说的非居民来源于本国的所得征税。这样对于一个跨国纳税人而言，就要面对两种税收管辖权的制约，由此引发的国际重复征税问题直接关系到税收利益在国与国之间的分配关系。
2、税收竞争
在互联网时代降临之际，税收部门也面临全球化带来的烦恼即“税收竞争”。针对一些国家采取低税率政策吸引国际资本和业务的做法，欧盟最近表示税收竞争已经影响到政府的收入并将在今后几年内反映出来，对此应予“宣战”。而互联网具有增加税收竞争的潜力，轻击鼠标就可以使跨国公司轻而易举地将其业务转向低税收地区。今后许多公司都会象默多克的新闻媒体公司那样，自1987年以来在英国获利14亿英镑却不交一便士的公司税。
3、对转让定价的影响
转移定价是指股权控制达到一定程度的母子公司之间，或同一母公司控制的子公司之间人为地抬高或压低交易价格，达到将利润从高税率国转移到低税率国的目的。从本世纪初开始，转移定价问题就已成为国际社会重点关注的税收法律问题之一，由此形成了目前以“正常交易原则”为核心的转移定价规则体系。而电子商务的发展，又对转移定价法律制度提出了新的研究课题。
随着电子商务的迅速发展，电子商务交易转让商品更为容易，更易于跨国公司将利润从一国转移到另一国，因而，各国对电子商务交易中的转让定价问题日益关注。欧美等国和OECD对此进行研究，指出，电子商务并未改变转让定价的性质或带来全新的问题，现行的国际、国内的转让定价准则基本适用于电子商务。但是，由于电子商务不受空间地域的限制，使得税务机关对跨国界交易的追踪、识别、确认的难度明显增加。
4、增加了避税的可能性。在传统贸易方式下，利用转让定价规避税负的情形已屡见不鲜，而在网络贸易中却成为一件轻而易举的事。各大跨国公司通过因特网，可以轻松地与其设在国外的子公司或分支机构进行内部关联交易，通过转移定价方法转让原材料和商品价格。其内部交易价格的确定具有很强的隐蔽性，税务人员难以查实，因而造成国家税款的大量流失。
由于网络传输的快捷，关联企业的各成员在对待特定商品的生产和销售上拥有更充裕的筹措时间。关联企业可以快速地在各成员之间有目的的调整国际收入，分摊成本费用，轻而易举的转让定价，逃避巨额税款，以达到整个集团的利益最大化。
同时，银行的网络化及电子货币和加密技术的广泛应用，使交易定价更为灵活、隐蔽，对税收管辖权的选择更加方便。
5、国内税收管辖权的协调问题。增值税收入的共享性为解决国内税收管辖权的冲突增加了困难。这一困难无法依靠增值税税制自身来解决，但从降低课税成本的角度看可参照企业所得税的课税办法，按核算地标准来确认增值税的纳税人，同时强化各地税务机关的法律责任，由于电子商务交易的跨地域性，要求各地的税务机关必须通力协作，如纳税人情报资料的交换、询证等，当然可借助网络工具降低合作的成本，提高工作效率。但现行法律上仍未明确在税收征管协作方面各地税务部门所应承担的法律义务和责任。随着电子商务的迅速发展这一问题将会日益突出。
（二）对税收征管模式和征管体制造成的影响
1、纳税人的地点、身份难以确定。通过互联网销售计算机软件产品，销售者的地点、身份确定，只能根据其网站和服务器及电子信箱来确认，而网站的进一步确认需要根据IP地址，单独以IP地址来确定销售者的地点，是不充分、不科学的；服务器和电子信箱是可以免费或租用的，销售者的身份，大多数情况是虚假的，也没有人进行真实性的审核，特别是在免费的情况下。
现行税务登记的基础是工商登记，但信息网络交易的经营范围是无限的，不需事先经过工商部门的批准。
2、交易的性质难以确定。这样的交易，是销售货物，还是提供劳务；是转让无形资产，还是提供（销售）特许权。因此，是按照销售货物收入、劳务报酬，还是按照转让无形资产收入、提供特许权收入，确定实行的税收法规，以此来征税，这是相当困难的。
（1）收入来源地的确定变得十分不易。收入来源地是指取得该项收入的经济活动所在地，不同类型的收入，其来源地的确定原则也往往不同。但通过电子商务进行的交易，可能会涉及到四个地方：买方的基地在一处，卖方的基地在另一处，服务器在第三处，买方在第四处点击服务器获得货物。这在传统的贸易方式中是很难看到的，但在电子商务交易中十分普遍，究竟如何确定收入来源地变得十分困难。
（2）劳务活动发生地的认定。如今，因特网的普及使人们可以坐在家中的电脑前，为另一国（地）的消费者提供诸如会计、法律、医疗、设计等劳务，而不需要象传统劳务活动那样，在另一国（地）设立从事劳务活动的“固定基地”，也不需在另一国（地）停留多少天。因而，现行税法有关劳务活动的“固定基地”、“停留时限”的规定，已不适用于电子商务交易中的劳务活动。因此，对独立个人和非独立个人，在电子商务交易中的劳务活动发生地的认定，则需重新予以确定。
3、销售收入难以确定。通过互联网销售计算机软件产品，不仅交易是无形的，通过下载在很短的时间内可以完成，而且结算方式电子化、复杂化，很难控制。在现实的实物交易中，收入的实现要真实的记录在纸介质上，会计记录“有账可查”，不容易被人为的修改、删除，但是，在电子商务中，交易的记录是在磁介质上，而且多样化的交易结算方式，原始记录的更改、删除非常容易，尽管纳税者也可以输出一份记录在纸介质上，但其真实性将大大降低。
4、影响传统的征税方法。电子货币的存在使供求双方的交易无需经过众多的中介环节，而是直接通过网络进行转帐结算。以往税务机关通常通过查阅银行帐目得到纳税人的有关信息，判断其申报的情况是否属实，这样客观上为税收提供了一种监督机制，电子货币的使用使这种监督机制几乎失去了作用。
电子货币的发行影响了传统的税收扣缴办法。电子货币系统是电子商务活动的基础。信用卡、电子支票和数字化货币将是电子商务中常用的电子货币形式。这就意味着在未来的电子商务活动环境中，产销双方无须通过中介机构就可直接进行交易。而传统的税收征管很大一部分是通过代扣代缴来进行的。网上交易不需要中介机构，因而扣缴税款无法实现。
5、税收信息难以掌握。对于通过互联网销售计算机软件产品，销售的地点、数量、金额、环节、纳税者的身份、销售者的收入、销售的性质、销售实现的具体时间等诸多信息，税务征管机关难以控制。税收信息的掌握不能及时、准确、有效，将必然造成税收征管的漏洞。
加密措施为税收征管增加了难度。数据信息加密技术在维护电子商务交易安全的同时，也成为企业偷漏税行为的天然屏障，使得税收征管部门很难获得企业交易状况的有关资料。纳税人可以使用加密、授权等多种保护方式掩藏交易信息。如何对网上交易进行监管以确保税收收入及时、足额入库是网上征税的又一难题。
