倘若控制权收购期限届满，目标公司股权分布不符合上市条件，该上市公司的股票应由证券交易所依法终止上市交易，以落实上市公司的股权分散化和公众化要求。至于仍持有该公司股票的其他股东有权向收购人以收购要约的同等条件出售股票，收购人应当收购，以保护未能在前一阶段出售股权的股东得以抽身而去，取回投资。倘若目标公司的股权结构由于控制权收购而发生巨大变化，致使目标公司不再具备股份有限公司的条件，该公司应依法变更企业形式。倘若股份有限公司股东由于控制权收购而缩减为1人，则该公司应当变更为1人有限责任公司。控制权收购往往是公司合并的前奏。倘若收购行为完成后，收购公司又与目标公司合并、并将该公司解散，则被解散公司的原有股票应由收购公司依法更换（《证券法》第99条）。如此以来，被解散公司的股东就转变为收购公司或者新设公司的股东。
为预防收购公司短期逐利的机会主义行为，在上市公司收购中，收购人持有的被收购的上市公司的股票，在收购行为完成后的12个月内不得转让（《证券法》第98条）。
三、小股东参与公司合并决策程序的权利保护
（一）公司合并类型
公司合并指两家以上的公司不经过清算程序，直接合并成为一家公司的法律行为。公司合并的主要动因包括但不限于：1.取得规模经济效益，扩大市场占有率，增强公司竞争力，提升公司的社会形象和知名度；2.利用公司合并机会，将劣势公司的亏损充抵强势公司的营利，以实现节税目的；3.避免公司在激烈的市场竞争中被淘汰出局等。当然，具体到公司合并中的一方当事人而言，动机会有所不同。对于强者公司来说，公司合并旨在愈并愈强；而对于弱者公司而言，公司合并则可躲过破产一劫。在经济全球化的时代，一些民族企业为与跨国公司抗衡，也会选择公司合并。
以合并前后公司的组织形态变化为准，公司合并分为吸收合并（Merger）与新设合并（Consolidation）。以合并各方公司的组织形式是否相同为准，公司合并可以分为同类公司合并与不同类公司合并。
（二）简易兼并的特别程序
公司兼并以其是否需要获得各方公司股东会同意为准，可以区分为普通公司兼并与简易兼并。所谓普通公司兼并，是指履行股东会决议程序的公司兼并。而简易兼并指仅需履行董事会决议程序的公司兼并。我国《公司法》并未确认简易兼并制度。《美国模范商事公司法》及受其影响下的立法例（包括我国台湾地区《企业并购法》第19条）确认简易兼并。简易兼并仅适用于对子公司持有90％以上有表决权股份的控制公司兼并其子公司的情形而言。鉴于母公司已经保持对其子公司的高度控制力和影响力，公司兼并只不过将此种借助股权纽带的间接高度控制关系转化为法人资格内部的直接高度控制关系而已；又鉴于母公司已经拥有子公司股东会上90％以上的表决权，即使履行股东会决议程序，子公司的反对派小股东也无力推翻股东会决议，立法者遂决定分别以母子公司的董事会决议程序取代母公司（兼并公司）与子公司（被兼并公司）各自本应履行的股东会决议程序，以提高公司兼并效率。但立法者对公司合并中反对股东的退股权以及债权人保护程序的规定依然适用于简易兼并的情况。可见，简易兼并制度只是简化了公司内部的决策程序而已，而不能忽略对子公司反对股东和债权人的权利保护条款。我国《公司法》尚不允许简易兼并程序。
（三）小股东有权积极参与股东大会决议，并作出公司合并的特别决议
董事会起草的公司合并协议草案并非已经成立和生效的合同。只有当合并各方公司的股东会分别作出同意合并的特别决议后，公司才能依法成立。
股东会有权对公司合并、分立、解散、清算或者变更公司形式作出决议（《公司法》第38条第1款第9项）。但是，在股东会作出决策之前，董事会负责拟订公司重大收购、收购本公司股票或者合并、分立、解散及变更公司形式的方案（《上市公司章程指引》第107条第7项）。鉴于公司合并对公司及其股东来说关系重大，公司合并属于资本绝对多数决事项、而非资本简单多数决事项，公司合并决议属特别决议，而非普通决议。因此，股东会作出公司合并的决议时，必须经代表2／3以上有限责任公司表决权的股东通过（《公司法》第44条第2款），或者必须经出席会议的股东所持股份有限公司表决权的2／3以上通过（《公司法》第104条第2款）。倘若公司发行了不同类别的股份，那么公司合并决议还需得到各类股份股东以绝对资本多数决规则表示同意。
在合并各方公司的股东会上，董事会应当解释合并协议草案的内容，说明合并协议草案诸条款，尤其是股份转换比例的法律和经济理由。报告还应当说明报告起草中遇到的所有特殊的评估困难。在必要的情况下，董事会应当聘请会计师事务所审查合并协议草案，并向股东提交书面报告，对公司合并的对价尤其是股份转换比例是否公平合理发表意见。
