（一）法律不完善和立法矛盾导致的政策冲突。我国处于探索阶段的法律体系仍需完善，譬如界定政府间关系的法律空白，对地方政府的独立地位并未明确，政策制定权限和范围也不清晰，政策冲突的隐患重重。法律规章不兼容会导致政策冲突，可关于法律条文冲突的协调凤毛麟角，仅有立法法第86条规定“地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照规定的权限作出裁决；地方性法规与部门规章之间、部门规章之间、部门规章与地方政府规章之间对同一事项的规定不一致时”，根据权限由全国人大常委会或国务院裁决，明显缺乏事前预防的机制，由此导致法律冲突比比皆是，披上民意外衣的法律方面尚且如此，在法治框架下制定和执行的政策更难以避免冲突。立法、司法与政策间的关系微妙，需要实现制衡监督，以减少行政的无限扩张和政策的错误制定执行。借鉴英国“政府的政策着眼于减少政策制定的弱点，避免遭到法院通过的司法审查程序的挑战”[2]。相形之下，我国多元政策执行缺乏法律体系保障而刚性有余，缺乏缓冲地带和对话机制而柔韧不足。我国政策执行基本依靠本级行政机关，或是强势部门的强力推动，或是弱势部门的难以执行；两个以上强势行政主体狭路相逢则是政策冲突；弱势行政主体执行则是有心无力或彼此推诿，这导致了政策冲突的频发或形成政府、社团和个人间矛盾的隐患。
（二）外部环境引发的政策冲突。我国历来关注国界线变化，却忽视对民众影响更大的省际界限，缺乏对地方独立地位的关注。历时态的行政区划处于动态变革中，若未尊重民意则存有隐患。受历史变迁、经济文化、区域调整等因素影响，政策冲突在跨省级区域屡屡发生。犬牙交错的跨省区域自古即有，行政区域受战乱、河道变迁、围湖造田、行政改革等因素影响几经变迁，“贵州、河南、江苏等地都存在过嵌入其他行政区域的飞地”，[3]行政机构对插花地、侨郡进行跨域管理，政策制定和政策执行存在冲突的可能。再如飞地管理，大兴安岭地区首府加格达奇区在行政区域上划归内蒙古，但行政管辖权却在黑龙江，实则利益难以协调；满洲里地区地缘上与黑龙江亲近，却得受内蒙古的管辖。跨省市办学和位于其他省份的省属高校，都涉及到不同省市的政策协调，譬如中国地质大学两地办学、河北工业大学位于天津，这些都是政策冲突的风险点。外部环境的变迁难以避免，应在动态中政策定位、持续优化、均衡发展，征求民意和平等协商，建构多元行政主体、社团及个人的协调机制以弥合政策冲突。
（三）政策制定主体间矛盾引发的政策冲突。不同行政主体之间的冲突，导致兼容性政策体系难以建构，跨区域和跨部门合作在摩擦中发展。“政府形式最大的危险之一在于掌权者有害的利益，意图实现统治阶级的眼前利益而损害全体。”[4]各级政府及行政部门由于利益不同、价值迥异及行政官员个人原因等，制定出基于本位和彼此矛盾的政策，违背社会发展规律。以长江流域为例，重庆四川等上游区域希望利用长江水源发展工业等，环境污染对其影响不大；但江苏上海等下游地区则受环境污染影响甚大。长江流域各省市往往制定利于自身而损害他者的政策，在环境保护、资源争夺方面的政策冲突并不鲜见。故需建立流域协调管理机制，通过援助合作整合各方利益，事前预防政策冲突发生。有的地方政府制定盲目开发政策，甚至在土地拆迁中明目张胆违反法律和人权，明显与国家保护耕地政策及有关法律相悖，这是“公用地悲剧”的政策矛盾显现。从消解政策冲突而言，需要行政区域和部门间沟通信任和制定多方互惠政策，拓展到跨国区域合作，我国协调湄公河区域各方利益和共谋发展即为范例。
