（二）专利授权后的审查程序改革
1836年联邦专利局成立以来（后变更为美国专利商标局），其对专利权的管辖限定于专利授权之前。专利一旦授权，其效力争议将由法院在专利侵权诉讼或其他法律诉讼中予以确认。[14]鉴于诉讼程序耗时长、费用高，为了能更为快速、高效的解决专利效力问题，1980年专利法创设“单方面再审程序（Ex parteReexamination）”，[15]美国专利法建立了专利无效司法诉讼和行政程序双轨并行的审查机制。但该程序在实践过程中暴露出一系列问题：一是再审程序的启动，其依据只能是专利和公开出版物提供的现有技术，公开使用或是公开销售等行为不能作为提出再审的依据；二是在“单方面再审程序”中，第三方申请人仅能对专利权人第一次的陈述提出意见，后续的程序中无法进一步表达自己的意见；三是在“单方面再审程序”中，对于专利权利要求无效的决定，只有专利权人享有上诉权，第三方申请人没有提出上诉的权利。针对上述问题，1999年《发明人保护法》中又设置了“双方再审程序（Inter partes Reexamination）”[16]，但该程序的启动仍然建立在专利和公开出版物提供的现有技术基础上。且专利再审程序中，从USPTO做出再审决定[17]到上诉至“专利上诉及抵触委员会”，历经两轮行政裁决，导致整个再审程序耗时较长，无法高效、快速地解决专利有效性问题。USPTO统计数据表明，1999年到2004年5年期间，USPTO仅收到有53件“双方再审程序”申请，而同期USPTO专利授权量则超过90万件。[18]这也从一个侧面反映出专利再审程序实施效果并不尽如人意。
本次专利改革法案对原有的再审程序（Reexamination）予以保留。对于单方面再审程序，规定USPTO局长可自行决定启动，不需要其他人同意。改革重点则是打造了全新的专利重审程序。
1. 专利重审程序
专利改革法案中，建立了全新的“专利授权后的重审（Post-grant review）”和“双方重审程序（Inter partes review）”。
（1）授权后的重审程序
在专利改革法案签署颁布1年后，启动全新的专利授权后的重审程序。该程序规定：除专利权人以外的任何第三人，在专利授权后1年内，可以基于任何专利无效理由，向USPTO申请该专利中的一项或多项权利要求无效。该程序保证第三方在专利授权初期，就可以对专利的有效性进行挑战。同时规定授权后重审程序的申请和实施，不得影响和限制专利权人运用专利技术获取经济收益的行为，且该程序只适用于专利改革法案签署颁布之后申请的专利。
（2）双方重审程序
在专利改革法案签署颁布1年后，废止“双方再审程序”，由全新的“双方重审程序”所取代。两者在提出申请、程序启动、具体审理和事后救济等方面均不同，而最大差异体现在申请上：“双方重审程序”申请人，需在专利授权1年后或是针对该专利的“授权后重审程序”完结后提出申请，申请的理由只能是基于现有专利或公开出版物提供的现有技术所引发的授权专利的新颖性和非显而易见性问题，且申请人必须提供充足可靠的证据，用以证明专利权利要求无效。而在旧的“双方再审程序”中，申请理由是基于现有专利或公开出版物提供的现有技术所引发的已授权的权利要求的有效性问题，并不局限于新颖性和非显而易见性。而且申请人只需要提供对比文献，并不需要指出权利要求中存在的任何错误。此外，原有的“双方再审程序”适用范围仅限于1999年11月29日（双方再审程序生效日）前已授权的专利；新的“双方重审程序”适用于所有已授权专利。
（3）专利重审理程序具体实施
专利重审程序申请：在专利授权之后的1年内，申请人可以基于专利无效的任何理由，提出“授权后重审”申请；但在专利授权1年后，申请人只能基于新颖性或非显而易见性提出“双方重审”申请。两种程序下，申请人都必须提交书面申请书，提供充足、可信的证据支持其主张。在重审程序未启动前，专利权人可以就重审申请中所提出的专利无效理由，提交书面答复及证据。
专利重审程序启动： 两种重审程序的启动均由USPTO局长决定，对于局长否决专利重审程序的决定，当事人不得提出上诉。对于“授权后的重审程序”，必须是在USPTO局长认为申请人提出的证据确实可信，指控的专利中至少有一项权利要求有极大的可能性不具有可专利性，同时该重审申请引发法律领域全新的实质性问题、对于其他专利或专利申请也具有重要意义时，才做出批准决定。“双方重审程序”则是局长在审查双方理由和提供的相关证据材料后，认为申请人指控该专利中一项或多项权利要求无效，确有合理的可能性，做出批准决定。专利改革法案对两种重审程序启动均设置了较高的门槛，申请人承担举证责任，且必须出具充足、可信的证据，才有希望开启重审程序。这也防止申请人出于商业竞争或是其他目的，提出 “恶意”专利重审申请，给专利权人正常的研发和产业化活动造成损失。
