第三，建立特设国际刑事司法机构的宗旨在于追究发生在特定国家或者地区的严重侵犯人权和违反国际人道法的行为，这些当事国主要为小国（如南斯拉夫）或者弱国（如卢旺达），不涉及大国利益，因此相对而言阻力较小，障碍较少。但在建立国际刑事法院的问题上，就遇到来自某些大国一定程度的阻力。国际刑事法院潜在的、对大国的管辖权实际上又受到联合国安全理事会特权的制约，各主要大国都是安全理事会常任理事国，他们不用担心国际刑事法院的管辖权会损害其利益，但美国、俄罗斯等大国仍对加入《国际刑事法院规约》表现得颇为审慎、消极。
还必须注意到的是，目前国际社会中存在大量的国际司法机构，然而受制于其基本文件，每个国际司法机构在宗旨和职权范围方面都不尽相同。从理论上讲，国际刑事司法机构的合法性更多地体现在其保护的客体的极端重要性和惩治的对象方面，即防止和惩治从根本上侵害和动摇国际社会基本价值和福祉的战争罪等核心罪行。
在此，又提出了另一个问题：因“打击犯罪”之名就使国际刑事司法机构具有合法性吗？为此，我们必须从更高的政治伦理层次寻求答案。国际社会在结构方面固然与国内社会不同，但是国际法追求的终极目标却是与国内法相同的——和平秩序。奥地利国际法教授菲德罗斯认为：“法律（秩序）与和平之间这种不可分解的连结引起了奥古斯廷作出这一著名的定义：和平是有秩序的和合。和平是在秩序中的和合，因为秩序导致和平。”[11]教皇保罗六世也指出：“如果需要和平，那就从实现正义开始努力。”[12]在这个问题上，德国学者韦勒教授也主张：“国际刑法是各国社会的刑法，功能是保护这个社会的最高法律价值。国际刑法保护‘世界的和平、安全和福祉（well—being）’，这些是国际社会的基础性价值。世界的和平、安全和福祉这三种受保护的价值，是不能严格地相互区分开的。世界和平和国际安全，这两个处于国际刑法心脏中的国际社会的价值，同时也是联合国的主要目标。”[13]有学者指出：在第二次世界大战后成立的纽伦堡的美国军事法庭，曾在re List and Others案里将国际犯罪定义为：“一项国际犯罪是被普遍认为具有犯罪（criminal）性质的行为，它关乎国际社会的利益，并被认为不能完全属于国家在正常情况下能行使排他性的管辖权（exclusive jurisdiction）”[14]的行为。
除了从保护利益的层次和最终目标考察国际刑法以及国际刑事司法机构的合法性，从全球各国法律层面分析其合法性恐怕也是一种有益的思路。1998年7月17日罗马外交大会通过的《国际刑事法院罗马规约》第22—24条明确规定了“法无明文不为罪”（Nullum crimen sine lege）、“法无明文者不罚”（Nulla poena sine lege）和“对人不溯及既往”（Non—retroactivity ratione personae）等“刑法的一般原则”（General Principles of Criminal Law），德国学者认为“这些规范是与习惯性国际法相一致的。”[15]由于各国刑法所包含的大部分原则、规则都可以互相通约，所以国际刑事司法机构在处理疑难案件时能够摆脱“无法可依”（non liquet）的困境。例如，在前南斯拉夫问题国际刑事法庭审理的“检察官诉埃尔戴莫维奇案”中，法官们为了准确把握被告人提出的“由于胁迫和上级命令引起的紧急避险”能否成为完全免除被告人刑事责任理由的问题，仔细查考了包括中国刑法在内的各国刑法中关于“紧急避险”的规定，阐释了各自对这个问题的法律意见。这一个案从法律内在发展的角度表明，国际刑法和国际刑事司法机构的兴起和发展实际上还植根于全人类法律文明的沃土。
