其一，是关于合同成立的形式要件。按照现行《合同法》第10条的规定：{29}当事人在订立合同时，可采用书面形式、口头形式或其他形式。这说明法律对一般合同形式的要求并不以书面形式为限。由于排污权转让合同具有特定的目的性和复杂的技术性，因此如无特定“书面形式”的保障，要想探寻合同双方当事人的“真实意志”并便利相关行政机关对排污权转让行为的监督和管理是十分困难的。据此，法律应严格限定排污权转让合同应以书面形式为限，并应采用格式合同文本。
其二，是当国家作为一方当事人时合同的生效问题。在民事合同理论中，合同生效之所以具有与合同成立不同的法律意义，主要源于合同成立一般以当事人双方的意思合致为基础，仅受双方当事人意志的影响{30}，而合同的生效体现的却是法律对合同效力的许可与否，只能由立法者的意志决定并由国家作出评价{31}。对于一般的民事合同而言，由于缔约双方均为普通的私法主体，因此践行上述合同成立与生效规则并无大碍。但在排污权转让合同中，由于国家可以成为合同的主体，因此对此种场合合同的效力状况应具体问题具体分析。当国家是以自然资源公共所有权代表的身份进入排污权转让合同法律关系时，其法律地位与普通私法主体并无差别，此时国家所担负的自然资源公共所有权代表和社会事务管理者这两种政治职能是相互分离且互不干扰的。这样其以社会事务管理者身份所从事的对排污权转让合同效力的审查和评价可以正常进行，亦即此时排污权转让合同的成立与生效仍彼此独立，分别适用各自的规则处理。当国家是以社会事务管理者身份进入排污权转让合同法律关系时，其所具有的便是公法主体的地位，此时国家因对排污权进行宏观调控而具有的社会事务管理者的身份和因对排污权转让合同效力进行评价而具有的社会事务管理者的身份便发生了具有公法意义的混同。这便使国家的宏观调控行为和基于该行为而发生的合同效力评价行为同时发生了，亦即国家在缔结排污权转让合同的同时，已完成了对该合同效力的评价。此时，应认为合同的成立和生效系同时发生。
（三）转让合同的履行
排污权转让合同与传统的民事合同在履行方面的重大不同在于，排污权转让合同对合同相对性理论有较大的突破。通说认为合同相对性原则是基于意思自治理念及作为其具体化的合同自由原则的指引而确立{32}，并长期作为合同法中的基本理论准则而存在的。由于排污权转让合同所具有的浓重的社会公益色彩，使此类合同在履行过程中，对合同相对性原则多有突破，主要表现在：一方面，此类合同在履行的过程中应充分尊重社会公众或第三人的实际利益，承认合同当事人对第三人的义务，保证第三人利益不因排污权转让合同的履行而受有不测。如当事人对移转的排污权在行使过程中可能给其他民事主体带来的损害，不能以合同具有相对性为由主张免责。另一方面，为维护社会公共利益，践行可持续发展的战略，国家作为合同外的第三人享有对合同的监督权{33}，合同双方当事人同样不得以合同相对性原则为据，拒绝接受国家依法实施的监督行为。
（四）转让合同中的瑕疵担保责任
