法国政府此前的态度是相当明朗的。提交议会表决的最初法律草案明确规定，“在现行犯侦查程序、预先侦查程序或预审侦查程序结束后，或在法院庭审程序时，‘有组织犯罪’这一加重情节未能构成的，并不构成此前特殊侦查程序的无效事由”。此一建议引发了法国理论界的激烈批评。因为从理论上讲，该规定将特殊侦查程序一般化。此后，侦查机关对任何刑事案件均可以涉嫌有组织犯罪而适用更具威慑力及杀伤力的侦查举措。因程序无效制度缺位，法官对此一做法并无约束力，公民的个人安全将受到极大威胁。所幸，宪法委员会及时介入，在判决中重申，“（特殊的侦查手段）本质上严重损害了宪法所保护的权利和自由，如个人人身自由、住宅不可侵犯以及私生活秘密不可侵犯的权利”，因此适用这些特殊的侦查手段“应严格局限于查找特别严重及复杂之案件的罪犯”。故贝尔本二号法律增加了一个规定，即“仅当存在一个或数个合理理由怀疑犯罪嫌疑人实施了刑事诉讼法典第706-73条所规定之犯罪，司法机关方有权决定适用特别的侦查程序”。
但问题依然存在。如果此前“存在一个或数个合理理由怀疑犯罪嫌疑人实施了刑事诉讼法典第706一？3条所规定之犯罪”，但在侦查程序结束后或在庭审程序进行中发现原先的认定有误，则此前的程序并不因此而必然无效。司法实务中可分两种情况：第一种情况，经查明，犯罪嫌疑人非但不构成有组织犯罪，亦不构成犯罪，则法官直接判决释放被告，而无须撤消此前所进行的侦查行为或预审行为。这是最简单的一种情况，但很少出现；第二种情况，经查明，犯罪嫌疑人虽未构成有组织犯罪，但构成其它犯罪，则法官应客观审查，侦查机关在适用特殊侦查程序时是否掌握“有组织犯罪”这一加重情节的相关证据。如果答案是肯定的，则此前的侦查程序有效，所获得的证据亦可作为定罪的依据。如果答案是否定的，则此前的侦查程序无效，所获得的证据应予以排除。但不管何种情况，法官在有组织犯罪案件中对程序合法性的审查力度依然被极大削弱。
第二个重要问题是，依贝尔本二号法律的改革，共和国检察官在有组织犯罪许多侦查举措的审查上取代了预审法官的地位，但身份的双重性是否影响其独立、公允地履行职责？2000年的乌特罗案件后，预审法官在法国的地位日趋衰微，勒吉尔（Didier Léiger）所主持的自由与人权委员会（la Commission Libertés et droits de l''homme）正筹划将其撤销，法国总统萨科齐甚至将此项改革作为其任期内的一项重要政纲。贝尔本二号法律亦秉承这一基本思路，将预审法官的权力逐步让渡于检察官。例如，在现行犯侦查程序中或者在预先侦查程序中，检察官有权批准对第706-73条所列明之犯罪使用卧底侦查（第706-81条）；在现行犯侦查程序中，检察官有权批准对第706-73条所列明之犯罪进行不在场搜查；检察官有权批准扣押或存放交通犯罪案件中的肇事车辆（《道路交通法典》第L325-1-1条）；等等。由此引发一个问题：检察官在批准适用各种特殊的侦查手段时是否可保持与预审法官一样的独立性？众所周知，检察官在法国刑事司法体制中具有特殊的双重属性：一方面，它是“站着的司法官”，具有司法属性，可部分行使司法审查之职责，另一方面，它又是侦检一体化体制下侦查程序的主导者和指挥者，具有行政属性。在有组织犯罪案件的侦查中，如何保证检察官公允、客观地审查各种实体、程序要件是否具备，这是众多学者及实务人员尤其是律师所普遍质疑和担心的问题。
第三个问题是，司法警官在侦查程序中的裁量权并不在法官的审查范围之列，引发了对有组织犯罪案件警力滥用的担忧。法国最高法院一贯以来对司法警官的侦查行为采用较为严格的形式审查标准。例如，司法警官在预先侦查程序中进行科学检查的，应获共和国检察官批准，否则构成公共秩序无效；[10]如无不可克服之事由延迟告知被拘留者的权利的，构成程序无效事由；[11]检察官或预审法官在司法警官采取拘留措施后未能第一时间获悉情况的，构成程序无效事由；[12]等等。但最高法院迄今为止都未有相关判例确立对司法警官裁量行为的监督，这可能导致司法警官在有组织犯罪案件中滥用警力，尤其是特殊侦查手段。例如，司法警官可自行决定是否传唤或拘留某人；[13]在必要情况下，司法警官还可诉诸武力而无须解释原因；[14]法官甚至无法审查司法警官所采取的强制措施是否合乎比例原则；等等。当然，此一质疑并不局限于有组织犯罪案件。但贝尔本二号法律在极大强化有组织犯罪案件中侦查机关力量的同时，却未能构建与之强度相配套的审查机制，加剧了此一担忧。
