首先，根据国内交易体系排放目标不同分为：第一种，总量控制交易制度，其中为整体排放设定一个水平；第二种是相对总量（relative cap）制度，以基准为基础的体系（the rate-base system），该体系为每一个排放来源设定一个排放标准。在总量控制交易制度中，政府确定温室气体排放的最高限额，通常以物理单位计算（例如公吨），其规定排放来源可在具体的时间框架内进行排放。为达成减排的目标，这个最高排放上限的最大数额通常比过去排放量更低，并且这个上限通常随着时间的推移而下降。政府随即创设了许多涉及排放的“许可配额”，数量等于这个上限的规模。相反，以基准为基础的体系，也称相对总量制度，是由政府决定每个来源的排放标准，通常以单位产量允许的排放量，或排放密集度来表述。
总量控制交易制度（cap-and-trade）和以基准为基础的体系（rate-based system）之间有两个主要差异。第一，基准为基础的体系模式并没有对排放设定一个总体上限，因此对可能达到的总体排放水平目标增加了不确定性。第二，基准为基础的体系比总量控制交易制度赋予管理的负担更重。与一项环境税一样，监管当局需要定期重新评估和调整这个基准标准以达到特定的排放目标，并且为来自增加产量的额外排放作出修正。
排放交易制度参与者的数量也是决定任何上述交易制度减排潜在影响的重要因素。但事实上，现有的和拟定的交易制度通常都规定了二氧化碳（CO2）排放的最低门槛，从而排除了小型排放设施（installations）。例如，在欧盟温室气体排放交易体系（EU-ETS）的第三阶段，每年CO2排放量在25,000以下的设施，允许选择退出EU-ETS，只要其实施了替代的减排措施。
第二，排放交易体系因行业范围不同而不同。有些制度涉及众多行业，或者允许逐步纳入更多的行业。例如，在2012年后，欧盟温室气体排放交易体系的范围将拓展至新行业，包括石化、氨水和铝业等，目前其涉及电力、钢铁、玻璃、水泥、陶瓷、砖等。加拿大提出的计划也将涉及广泛行业领域：燃烧发电、石油和天然气、森林产品、冶炼和精炼、钢铁、矿业、水泥、石灰和化学品。
第三，排放交易体系因有关气体的种类不同而不同。大多数制度只纳入CO2，如欧盟温室气体排放交易体系、美国区域温室气体动议以及瑞士的交易体系。相反，澳大利亚新南威尔士州的温室气体减排体系以及加拿大提出的计划则涉及其他的温室气体。欧盟的温室气体交易排放体系2012年后的阶段，可预见地包含了两种新的温室气体：一氧化二氮（N2O）和全氟碳化物（PFCS）。
