（二）排放许可配额的分配是温室气体减排体系的基础
在一个排放交易体系中，许可配额就是共同货币。一般，一个许可配额给权利持有人排放一吨的CO2的权利，就如欧盟的温室气体交易排放体系；或是允许排放一吨CO2当量（CO2-eq）的权利，例如澳大利亚新南威尔士州的温室气体减排体系。维持在其许可配额水平之下排放的公司，可以出售其多出部分的许可配额。另一方面，超过其许可配额水平排放的公司，通常有两种，或两种的混合办法：采取措施减少其排放量，如投资更多环境友好技术；或是在市场上购买其所需的额外许可配额。
分配许可配额的方式在区分各公司成本以及如何将成本转嫁于消费者等问题上起着重要作用，因此可能导致特定行业发生潜在损失或赋予一定的竞争力。在这方面，制度的应用（或设计）以及许可配额如何分配都是需要重点考量的。
一般来说，制度的应用有两个关键点，这两个关键点也可能共同起作用。第一个关键点是针对“上游”的设计。其中所有排放限制都适用于化石燃料生产者和进口商以及其他能源来源的生产者。排放成本通常通过提高市场价格转嫁给了消费者。有人指出，上游体系的一个主要优势是其相对较低的管理成本，因为其对有限数量实体的排放作了规制。但是，由于化石燃料供应商无法真正选择其提供的产品，从而减少这些燃料的含碳量，所以有人提出，这就将排放的上限简单等同于燃料数量上限了，从而对化石燃料生产者和进口商的利润造成不利影响。此外，这种针对上游的设计可能不足以鼓励终端用户提高能源效率和减排。
在针对“下游”的设计中，排放限制适用于排放来源，例如化石燃料的终端用户，他们是CO2的实际排放者。下游体系的优点在于为排放交易提供了潜在的广泛有效的市场。其主要的缺陷是管理成本较高，因为其适用于潜在大量的参与者。
大多数现有的计划方案都设计成针对下游的模式，如欧盟的温室气体交易排放体系，它适用于目标行业的单一设施。但是根据行业的不同，采取设计模式的适当性也会不同。例如，有关运输行业的排放被认为采取下游模式是难以实施的，因为这涉及所有车辆的所有权人和经营者。因此在该行业中人们倾向于上游模式。
目前，对现有的排放设施，监管者有两种主要的许可配额分配方式，即免费分配和/或拍卖。免费许可配额可基于历史排放水平，或基于行业排放量的预估，或其他方式，如基于每单位产量的排放来发放。免费许可配额的优点在于，其降低了能源密集型和贸易开放度高的行业失去竞争力的风险。
