就拍卖而言，公司必须对其所需购买的一定数量的许可配额进行出价，这与其最初获得一定数量免费配额不同。赞成拍卖的人认为，许可配额市场可能提供了一种即时的价格信号，这将提高排放交易制度的整体有效性，因为CO2密集型产品的消费者可以据此调整其需求；此外，价格信号为尽早采取行动减少排放提供了更多刺激；并且可能缓解额外受益的问题，也因此更符合“污染者付费（polluter pays）”原则。
在实践中，许可配额经常被免费分配，主要是为了解决能源密集型产业的竞争力问题。例如，瑞士免费分配百分之百的许可配额。此外，澳大利亚交易排放制度中免费分配给排放密集型以及贸易开放度高的产业的比重也很大。不过，在欧盟温室气体排放交易体系的第三阶段，拍卖的数量发生了实质性的增长，从第二阶段的不到4%，到第三阶段超过50%。在美国区域温室气体动议中，参与的美国东北部几个州已决定拍卖其所有年度限额。
（三）现有排放交易制度的联动方式
许多排放交易制度已经建立或正在计划于不久的将来推出。尽管涉及不同排放交易制度可能非常具有挑战性，这种现有排放交易制度的联动的优势是很明显的。例如，排放交易制度的联动可能发生更大市场的诞生，因此可能会降低整个温室气体减排的成本，流动性增加并且减少了许可配额价格的波动。
可区分两种类型的联动。第一，建立直接联系，即排许可配额在几个不同的排放交易体系中进行交叉交易。例如，在欧盟温室气体排放交易体系的第三阶段，联动和互相承认许可配额将会发生在欧盟温室气体排放交易体系、任何其他国家或次国家层面的总量控制交易制度，以及不破坏欧盟温室气体排放交易体系“环境整体性（environmental integrity）”的其他排放交易制度之间。第二，建立间接联系，这是十分常见的做法，即排放交易制度与基于项目的抵消（project-based offsets）之间进行联系。“碳补偿（Carbon offsetting）”是指，在一个地方采取减少或避免温室气体排放的行动，以抵消在另一个地方的温室气体排放。抵消通常在减排计划这规定，例如植树，或投资可再生能源、节约能源或是甲烷捕捉。
基于项目的抵消的碳信用额（credit）可能发生在境外。例如通过清洁发展机制（Clean Development Mechanism，CDM）。举例而言，在欧盟温室气体排放交易体系下，允许经营者在一定限度内，通过购买其他国家承担的排放节约项目（emission-saving projects）的碳信用额（credit）来支付其EU-ETS下的排放许可配额。这些项目应当在《京都议定书》的联合履约机制（Joint Implementation mechanism）或是清洁发展机制（CDM）下得到官方认可。清洁发展机制项目作为抵消，被挪威、日本、芝加哥气候交易所、瑞士接受，澳大利亚排放交易制度的提案中也涉及了这方面内容。
