目前，部长会议每两年举行一届会议的间隔太长，这与其他主要的国际组织在步伐上显得不大合拍。部长们应每年举行一届会议，并应要求总干事以书面形式每六个月向其提交报告。此外，应每五年举行一次WTO首脑会议。[32]
另外，为了使各成员的高级决策者能经常地在日内瓦，咨询小组还建议：应建立一个高级官员咨询机构，由总干事牵头和主持，每季度或每半年举行一次会议；其成员资格应有限定，由部分成员代表构成，实行轮流制；应设立基金保证发展中国家首都的高级官员能够与会；如有必要，该咨询机构可以完全或部分地在部长级层面上运作。[33]咨询小组进一步建议，总干事应在部长会议全会期间的谈判中发挥更大的作用，在不同区域集团和不同利益集团之间进行协调。[34]
在咨询小组的报告之外，不乏旨在增强WTO民主、透明度或效率的专家或学者的建议。有一种大胆的建议就是在WTO中设立议会机构，以弥补其民主缺陷。[35]有一些专家赞成设立一个仅由部分WTO成员组成的管理理事会或其他小型的委员会。还有些专家建议WTO的职权应延伸到国际经济的一般性调整，并担忧WTO缺乏足够的组织能力在未来有效地发挥作用。虽然这些建议无意将WTO变成一个“世界政府”，但是强调：目前，一端是强硬和具有法律约束力的争端解决机制，另一端是相对软弱、笨拙、政治性的规则制定和谈判机器，二者之间的不平衡显而易见。[36]
另有学者进一步建议注入加权表决制度作为协商一致规则的补充，即在不能取得协商一致的情况下，采用加权表决方式。他们认为，虽然目前的决策方式显示了成员之间的形式平等，但实际上是不平等的，因为这种方式没有考虑到WTO成员的真正的政治和经济实力。他们还提出了加权表决的几种可选择的模式，包括按照对WTO的贡献、国内生产总值、市场开放度、人口，等等。他们认为这种新注入的方式或许能帮助克服贸易谈判和WTO日常事务中遇到的主要困难。[37]
加权表决模式得到了一些学者的支持。例如，有的学者辩称，如果不对WTO的表决程序进行外科手术，多边贸易谈判就难有机会获得成功；并且警告：由占世界贸易不到10％的成员阻碍决策是危险的。[38]
《首次沃维克报告》支持基于两种门槛的加权表决设想：国家的规模（确立世界贸易或全球范围的国内收入）和投票支持一项决定所需成员的最低数量。尽管该报告宣称这种结合的门槛方式可以保护大国和小国的利益，但还是放弃建议加权表决制度，而是决定支持临界量的想法。[39]
上述各种有关WTO组织和运作改革的建议，各有利弊，关键是如何作出适当的选择。无论采用何种具体措施，首要的前提是，改革必须在“成员驱动”下进行，即确保WTO和多边贸易谈判的整体运作由所有成员国来驱动，而不只是由部分或所谓“关键成员”来驱使。其次，改革应以规则为取向。最为紧迫的事项之一是研究修订《建立WTO协定》有关条款的可能性，旨在缩短部长会议举行全会的间歇期和增加全会的次数；建立贸易和与贸易有关的高级官员咨询委员会；增强总干事在部长会议全会和多边贸易谈判中的介入和不同利益和区域集团的协调；注入有关总干事定期向部长会议提交书面报告的条款；将决策事项分为两类，即实质性事项和程序性事项，对于后者的决定，实行简单多数通过制度，排除适用协商一致；要求意欲阻止通过一项本可以协商一致的成员提交书面声明，说明有关事项关系其“重大国家利益”的理由，等等。再次，WTO的主要机构应制定或完善各自的程序规则，旨在保证部长会议、总理事会、各分理事会和各委员会的会议之最大程度的透明度。又次，WTO应继续增强和扩大其对公众、非政府组织和私立部门的开放。最后，对于建立议会机构慎重对待。WTO是一个多边贸易体制，而不是一个综合性的国际组织或国际人权组织或国际环境保护组织。因此，似乎没有必要专门设立一个议会机构，以避免为促进WTO的民主给各成员带来额外的人力资源和财政负担。国际贸易调整的民主与正当性可以通过如下途径实现：各成员国内议会对各自贸易政策和谈判立场的民主监督和影响，从而最终影响多边贸易体制的整体治理。
五、争端解决机制的进一步完善
如前所述，WTO的争端解决机制一般被认为是相当成功的，尤其是从解决大量的争端和日趋增多的案件和当事成员遵守裁决的相当正面印象的角度来看，更为重要的是它“提供了贸易商和其他市场参与者所需的‘安全和可预见性’的必不可少的要素”。[40]但是，考虑到（与GATT时期相比）WTO争端解决机制在许多方面作出了重要改革，诸如每一程序都规定了明确的时限、改革了专家组组成的方式、创立了上诉机构和反向协商一致通过裁决等等，1994年乌拉圭回合的部长会议决定在1999年1月1日前完成对争端解决规则和程序的审查。此等审查于1997年在争端解决机构中开始启动，此后截止日期延迟到1999年7月，但届时并没有达成协议。在2001年11月举行的多哈部长会议上，各成员同意谈判改进和澄清《争端解决程序与规则谅解书》，谈判以争端解决机构的特别会议方式进行，并计划最迟于2003年5月完成谈判。[41]由于各成员对于修改建议存在分歧，当时只是就主席的建议文本达成了共识。2008年1月，主席通知贸易谈判委员会各成员同意合并的法律文本草案作为特别会议进一步工作的基础。[42]目前，正式的讨论和非正式的磋商仍在继续。
