2．起诉书一本主义与我国的宪政体制相矛盾
起诉书一本主义必须实行“全面当事人主义化”。而在我国现行宪政体制下，检察机关不可能成为普通的当事人。宪法是检察机关行使职权与进行活动的权力来源和基本出发点，也是分析检察机关性质与地位的基本依据。中国检察制度的特色，既源自中国自己的社会主义政治制度，也源自中国特殊的文化传统和社会环境。我国的根本政治制度是人民代表大会制度。人民代表大会制与“三权分立”的宪政制度的根本区别在于国家权力统一由人民代表大会行使。在人民代表大会下，设立国家的行政机关、审判机关和检察机关，分别行使部分国家权力。这些行政机关、审判机关和检察机关，都由人民代表大会产生，向人民代表大会负责。在这种国家权力结构中，检察机关作为与行政机关和审判机关平行的国家机关，在宪政制度中具有独立的法律地位。人民检察院是国家的法律监督机关，通过履行检察职能保障国家法律的统一正确实施，维护公平正义。正是基于检察机关享有的法律监督权，在诉讼中可能难以与辩护人保持完全平等的地位，所以我国刑事诉讼法才没有将检察机关确立为一方当事人，而是要求其保持客观公正的立场。这种法律设置，可以避免检察机关为追求胜诉而置犯罪嫌疑人和被告人于不顾的当事人化倾向。赞同和支起诉书一本主义的学者也认为，要实行起诉书一本主义，就应当建立刑事预审程序，而建立刑事预审程序的前提条件之一就是检察权重新定位为公诉权。[]而这种重新定位是对检察机关的“法律监督权”的否定，是违背宪法精神的。除非要改造中国的宪政体制，甚至变革中国的政治、社会、经济和法律制度，清除中国历史传统、文化习俗才能。否则这种重新定位是不切实际的幻想。
3．我国的诉讼环境不适合选择起诉状一本主义
实行起诉状一本主义，由于法官庭前无法接触案卷材料，那么庭审过程中只能由控辩双方平等对抗、裁判者居中听审，案件事实由控辩双方主导而呈现。这种庭审方式构建的前提一是实现繁简分流，大量的案件通过简易程序处理；二是具有高素质的法官、辩护律师对被告人的协助以及证人(鉴定人)的高度参与。不管是英美法系国家，还是大陆法系国家，在设置普通程序的同时，都要设置相应的简易程序，如刑事处罚令程序、简易审判程序、辩诉交易程序，等等，以最大限度的实现繁简分流，有效地配置司法资源。起诉书一本主义只有与简易程序、法官独立、律师辩护、证据开示、证据裁判主义、严格证明规则、起诉审查制等制度相配套，才能发挥其应有功效。如果任何一项前提不完备，起诉状一本主义将很难取得预期的效果。在相关制度不配套的情形下，引入起诉书一本主义只会导致控辩不平等的进一步加剧。由于起诉书一本主义建立在当事人主义诉讼模式的基础上，与属于大陆法系传统的我国在法律文化、民众意识、司法环境乃至职业阶层发育上存在很大差异，盲目移植不仅将耗费巨大的成本，而且未必有助于问题的解决。
4．我国目前司法人员的素质不适合实行起诉书一本主义
起诉书一本主义需要高素质法律人才的参与。由于采行起诉书一本主义，法官在庭前无法阅卷，对案情和相关证据不了解，庭审中的证据调查只能依赖当事人进行，法官不得介入。这样必须实行交叉询问制度，证人和鉴定人要由当事人来询问。但交叉询问制度是一种法律技巧，不是单纯以法律解释的方式就可以解决的。这种交叉询问制度对办案人员的职业素质要求非常高，要求检察官、法官、律师能在有限的庭审时间内做出正确的判断、敏捷的反应，并充分调动各种知识、经验和技能。在司法对抗主义诉讼中，“诉讼的胜负，不是取决于案件原先就存在的证据，而是取决于庭审中，经过双方出示和激烈争辩，并且经陪审官们裁决认可的证据，而后者常常又决定于律师以什么样的方式和态度进行交叉询问。”然而在目前甚至今后相当长时间内，我国刑事司法人员的素质还难以达到这种要求。
