西方医学以希腊学术思想为基础，这种西方知识传统“强调知识的思辨性、逻辑性、真理性”，[18] 导致西医学以“‘人是机器’观念，把人作为形下的器为研究对象，主要来研究构成器的原质的结构与功能”[19]，没有药食同源的传统。从哲学体系上说，西医理论属于机械唯物论，强调“对症下药”，具备希腊学术开放性的特征，创新意识很强，更容易接受和吸收不同学科的成就。13世纪后，西方医学逐渐广泛采用实验方法。到了近代，它把原子论思想进一步演化成生物还原论，把宏观的机体活动还原为低级的理化过程，并以后者阐释前者。西医注重形态结构，始终把研究动物和人体的形态结构作为主要任务，遵循“分析—归纳”的还原性方法，优势在于微观精确性，但却缺乏宏观准确性。[19]
2006年以来，经历了新一轮的“中医存废”之争的洗礼，更多的人接受了这样的观点，中西医从各自的出发点、研究对象、思维观念、研究方法,到各自的概念(范畴) 体系,是两种不同的范式。[20]我们认为，这决定了中医药传统知识保护制度设计时对于中医药传统知识的评价标准问题。详言之，“强调用西方近代以来的科学、进步、发展、统一性等观念”的西方中心主义看待中医药，是错误的，正如李约瑟所言，“欧洲中心主义的根本错误是那样一种心照不宣的假设，即事实上在文艺复兴的欧洲才扎下根来的现代科学和技术是普遍的——随之而来的则是，凡是欧洲的就同样是普遍的。”[21]那些废除中医论者盲目坚持“西方中心主义”科学观或科学主义，[22]造成了对中医药文化认同的差异、曲解甚至误读，这势必加剧医药文化传承的弱化。面对西医的不足，一些有识之士指出“由于医生们越来越多地依赖于高科技诊疗手段，似乎很多病人正在期待着更系统化的治疗，并开始抛弃那种完全医学化的治疗方案。医生们得时刻提醒自己：他们最终的治疗是要针对每个具体的人，每位患者的要求必须得到重视。”[23]总之，中医药传统知识并非十全十美，其保护制度意在扬长避短，而非保护落后。
4.中国传统医药学的人文科学属性[24]与中医药传统知识保护制度设计
近代科学演进中“地域学科”的逐渐消失是一个趋势，“科学无国界”已经成为一个常识，这一点不同于人文学科，例如不同国家的文学与绘画风格各异。医学作为自然科学的一个分支，本不该有国别之分，但医学领域里却偏偏有一个顽强的“中国医学”概念的存在，实在是一个特例，它说明中西医学的整合程度尚有一定难度，也说明中国医学具有较浓的人文特征。[25]
中医药传统知识的该特征决定了其保护对象不能仅限于其中技术性的内容，还应当包括体现其人文科学特色的中医药文化，例如，确保处已经处于公有领域的中医药传统知识的共享性，防止其被不被歪曲使用；对道地药材做出保持其人文特征的质量要求。
