四是由我国检察机关以外的主体行使行政公诉权有着不可克服的弊端。在我国，不仅前述“多元公诉模式说”和“二元公诉模式说”均不可行，而且由行政机关、人大常委会或审判机关独立或分别行使行政公诉权的设想，则既不符合我国的宪政体制，也与权力分立和权力制约的基本原理相悖，而且存在一些难以克服的弊端：
第一，行政机关行使行政公诉权的弊端。行政机关在其行政行为侵害国家利益和社会公共利益的情况下，它不可能既作原告又作被告参加行政诉讼。即使由另一个行政部门行使行政公诉权，也避免不了“部门利益化”的嫌疑，因而这种诉讼缺乏社会公正性。因为“政府也有自身利益，并不见得在任何时候都能够维护公共利益”。布坎南的“公共选择理论”就是一个明证。我国设立了诸多的公共利益主管机关（例如国有资产管理机关），但事实上这些主管部门的失职渎职等违法行为屡见不鲜。如果立法再赋予这些部门行使行政公诉权，岂不是放纵行政违法行为的发生？不仅如此，在我国的政府部门中，有的部门之间职权不清，容易造成多头执法，甚至有的行政部门本身就有可能成为行政公诉的被告，显然行政机关不宜成为行政公诉权的行使主体。需要说明的是，行政机关在西方国家行使行政公诉权确实有不少立法例，而且大多数国家的检察机关本身就是行政机关。这些国家行政公诉权的生成背景是“三权分立”，这与我国实行的“议行合一”的人民代表大会制是有根本区别的。因此，我国不能照搬西方国家设置行政公诉权的模式。相反，立足我国的实际，由检察机关行使行政公诉权则较为妥当。
第二，国家权力机关行使行政公诉权的弊端。人大常委会是国家权力机关的常设机关，它们在享有立法权的同时，如果再享有行政公诉权，显然与权力制衡和现代法治理念相冲突。人民代表大会作为国家权力机关，其地位在同级审判机关之上，由人民代表大会提起诉讼，不利于审判机关依法行使审判权。权力机关的立法者地位决定了它不可以享有行政公诉权。人大及其常委会作为权力机关，其遵循的是议行合一的程序和原则，其之监督应当是宏观的、指导性的。面对行政权的日益扩张以及行政事务的日益复杂化、专业化，其现有的监督力量亦难以胜任。实际上，由其行使行政公诉权与其自身的性质和法律地位均不相适应，也与设立人民代表大会制度的立法初衷不相符合。[18]
第三，审判机关行使行政公诉权的弊端。从诉权与审判权的关系来说，诉权是审判权启动的条件，审判权则是诉权行使的结果，两者具有内在的联系。可以说，没有诉权，就没有审判权。国家之所以设置审判权并交由人民法院行使，其目的就是为了保障当事人诉权的充分行使。“不告不理”原则意味着国家审判机关应当在原告行使诉权之后才能启动司法程序并公正裁判。显然，人民法院作为审判机关，居于裁判者地位，它不可能主动地行使公诉权来启动行政诉讼程序。
