在《日内瓦手稿》中，卢梭说道，“人们进入政治社会之后，就要靠宗教来维持。没有宗教一个民族就不会、也不可能长久存在”。值得注意的是，在论述公民宗教时，卢梭并没有直接阐明公意构成的政治社会需要何种宗教，而是勾画了一组关于宗教与政治之关系的变化形态。他认为，从原初社会、经希腊、罗马和基督教、再到现代社会，存在三种政教形态，一是古代的“公民宗教”（Religion of Citizen），它是以原初社会为代表的绝对的政教合一，意味着“宗教完全依附于规范着此种宗教的国家法律”，或者说，宗教的神圣性与政治共同体的神圣性混而不分，“它叫做公民的或实定的神圣权利”。至于这种公民宗教如何区别于卢梭的公民宗教将是下文会触及的问题。二是以新约福音书为代表的基督教，他称之为“人的宗教”（Religion of man），它“没有庙宇、没有祭坛、没有仪式，只限于对至高无上的上帝发自内心的纯粹崇拜，以及对道德的永恒义务”。三是以罗马天主教为代表的双头体制，它要求人们要同时服从教会与国家。可以看出，尽管古代的公民宗教与政治的关系最为紧密，能够实现集体意义上的认同和团结，但却最容易导致不宽容的宗教战争；“人的宗教”与政治的关系最为疏离，可以避免宗教战争，却会消解人对现世政治的热情与关注，“使公民脱离国家，正如他们脱离现世的一切事物一样”；与此相对，双头体制的罗马天主教则最为糟糕，它明确要求人们履行互相矛盾的义务。在此，我们不应仅仅从表面上来看待这些批判，而是要以此理解来卢梭对社会现实的洞察。他已经看到，经基督教洗礼之后，政治与宗教逐渐分离，政治已经丧失了决定整体生活的主导地位，能否为此种分裂的现实提供一种统一的可能性是三种宗教模式都必须面对的难题。就此而言，“以国定教”只是古代公民宗教的现代翻版，它的保守性在于依然希望现代政治像城邦政治一样规定人的全部生活，其实质只能是“欺骗人民，使人民盲从和迷信”；福音书基督教则试图将宗教关注于来世，让政治重新获得对整个现世的决定权；而由于双头体制的罗马基督教模式所规定的双重义务具有相同的权威和效力，甚至可以说，它们都是一种统治意义上的“政治义务”，这不过是以隐蔽的方式将宗教变形为一种“政治”。在这个意义上，我们有理由认为，三者所能给现代政治提供的都是一种廉价而保守的政治性方案。
不过，卢梭的不满还有更为深刻的含义，即三种宗教模式与他的政治社会之间存在不可调和的矛盾。这一点集中体现在他对罗马基督教与福音基督教的批判上，（罗马基督教）“造就了一种混合的无以名状的非社会的权利（unsocial right） ”“我不知道还有什么比（福音书基督教）更加违反社会精神（the social spirit） ”。考虑到卢梭对社会与社会状态的严格区分，我们可以合理地认为此处的社会并不是一般的社会状态，而是卢梭意义上的政治社会。如前所述，政治社会的成立并不仅仅是个体自由意志的抽象联合，在个体意志与公意之间、作为中介的是“人民”及其所规定的政治生活方式，而无论是罗马基督教模式，还是福音基督教模式，都会造成对人民及其生活方式的破坏和分裂，差别仅仅是前者的方式是确立一个与“人民”并立的现实的教会共同体，后者的方式则是确立一个与“人民”对立的彼岸的友爱共同体；也正是基于此，卢梭才称前者是“非社会的”，而后者是“反社会精神的”，它们都会“破坏社会之统一性”，“使得人们与其自身相对立”。
三种宗教模式似乎已经穷尽了政治与宗教之关系的可能性，我们很难想象还能够再给出什么新的答案，而这正是卢梭的选择：
因而，就要有一篇纯粹的、关于信仰的政治社会宣言（purely civil profession of faith），其条款应有人民主权来规定，这些条款并非严格地作为宗教的教条，而只是作为社会性的情感（sen-timents of sociability），没有这些情感则一个人既不可能是好的公民，也不可能是忠诚的臣民……{39}
令人费解的是，尽管公民宗教是关于信仰的宣言，但它的内容却要由主权者来决定。如果这意味着公民宗教在根本上起源于一种政治行为，那么，这难道不是再次重蹈“以国定教”的覆辙，导致宗教本身隶属于政治？事实上，霍布斯对政教问题的处理也采取了类似的处理，卢梭一方面赞赏霍布斯看到了“没有政治的统一，国家和政府都永不会很好地组织起来”，一方面又讽刺他没有看到基督教的精神与其政治框架是不能相容的。这提醒我们注意两个问题：一是公民宗教的内容已经不同于此前的福音基督教或罗马基督教，一是卢梭所说的政治已经不同于传统的统治和治理。
由于《社会契约论》只是简单地列举了公民宗教的条款，若要深入理解其内容，我们就必须回到他对自然宗教的论述。{40}在《爱弥儿》第四章“萨瓦牧师的告白”中，卢梭借牧师之口阐述了“自然宗教”（ natural religion），与基督教兴起时所面临的多神论异教局面一样，自然宗教也是要试图应对基督教教派及其与其他宗教之间的冲突和对立。不过，卢梭所说的自然宗教，并不是要用自然崇拜取代上帝崇拜，相反，他恰恰是要通过自然宗教重新唤起人们对上帝的感受和体认。准确地说，自然宗教的确包含着与“自然”（ nature）的某种深层关联，但这里的“自然”并不是机械唯物论的物理自然，而是被上帝所造的（created）自然，因而，对自然的“崇拜”的实质是对上帝的爱和崇敬{41}。正是在这个意义上，自然宗教才能区别于那些把信仰仅仅理解为仪式和教义的狂热的教派；或者说，他们根本没有认识到那种支撑其狂热、促使其进行教派之争的对上帝的“情感”才是宗教的核心，而卢梭就是试图讲出这种情感的实质涵义和它的限度。联系到卢梭对无生命的自然与有生命的自然的区分，我们可以把自然宗教的内容分为两部分，一是通过对物质性自然所呈现的和谐秩序的认识体会那个造就和维持这一秩序的能动本原—上帝，一是运用上帝所赋予的自由意志来实现上帝所期望的道德和正义，前者是一种对秩序本身的爱，并非偶然的是，在上帝所具有的多个“圣名”（比如万能、公正、仁慈等）中，仁慈所体现的上帝对秩序的爱同样处于核心位置；后者是对上帝的模仿和对道德、政治秩序的创造。
在此基础上，我们会发现公民宗教与自然宗教在内容上的实质关联以及公民宗教本身的精微结构。卢梭这样界定公民宗教的内容，相信“有力的、睿智的、仁慈的、先知而又圣明的神之存在，来世的生命，正义者的幸福及对恶人的惩罚，社会契约与法的神圣性”，同时，禁止不宽容。尽管各个条款的内容仍有待澄清，它在整体对自然宗教指根本精神的秉承却是毋庸置疑的，差别仅仅是它更强调个体对现世秩序的创造。在此，有必要具体考察一下各条款的意义和指向。所谓相信“有力的、睿智的、仁慈的、先知而又圣明的神之存在”，其实是对应着自然宗教中对物理性自然秩序及其本原的崇敬和爱，而他的五个圣名也暗示这并不是一个复仇的上帝；来世的生命并不是指福音基督教的彼岸世界，而是指人的自由意志和灵魂不朽，在上帝所造的整体秩序中，灵魂是唯一一种以“自由”为自身法则的本原，因而，必然性法则所导致的身体衰败和死亡并不意味着灵魂的终结；正义之人的幸福与作恶者的惩罚指的并非是法律上的保障和惩罚，而是意味着个体在道德上的自我统一性，即能否与内在自我所发出的良知保持一致，卢梭说，良知是人的灵魂对上帝所怀有的最为自然的情感，行善的人不仅顺从了这种最原初的情感，而且在上帝的面前为自己的行为做了见证，他感到自身之内的安宁以及与上帝所保持的一致，因此他能自足地感到快乐和愉悦，作恶的人则是在触犯和违背内在的自然倾向，仿佛自己在反对着自己，甚至“悔恨的呼声”会像自动执行的自然法一样“暗暗地惩罚那些隐藏的罪行”{42}，他无法体会到生活中的善和美好，他自我嫌恶、害怕与自己这个坏人单独相处；更进一步说，建立社会契约与法的秩序是个体对自由意志最高程度的运用，也是对上帝及其自然秩序最为成熟的模仿，它们的神圣性并不在于彼此的联合和同意，而是因为政治自由的实现本身即是上帝赋予其自由的本意所在。这样看来，按照上帝、个体灵魂、道德与政治四个逐步推进的层次和环节，卢梭的公民宗教所展现的不仅是政治的价值，而且也指出了政治社会所必须的神学根基。不过，这里的神学根基已经不同于传统的神学政治论，结合此前对自然宗教的考察，我们可以在公民宗教的反面条款“禁止不宽容”中清楚地看到这一点。在“萨瓦牧师的告白”中，卢梭和洛克一样将教派之间的差别描述为像风俗习惯一样多变的、人为形成的意见之争，但目的却是要证明人的理性与上帝之间遥不可及的距离，即任何一种教派和教义都不能掌握上帝的真义。这仅仅为宽容提供了必要性，由于与上帝的距离而带来的意见之间的“平等”并无法保证宽容的真正实现。在卢梭看来，真正支持教派之争的或许并不是教义本身的差别，而是各种教义背后鼓舞着人心的宗教情感的狂热。这是各教派共同分享的东西，当这种狂热的情感冷却并恢复到自然宗教所允许的限度之内，它们就能够为宽容奠定真正的人性基础。综合公民宗教这两方面的内容，我们发现，如果说正面的条款是为了矫正当时盛行的无神论，那么，禁止不宽容则是为了应对延续已久的宗教狂热和教派纷争。在卢梭看来，无神论之所以能够避免冲突和对抗，“并不是由于爱好和平，而是由于对善漠不关心（indifferent） ”，而宗教狂热尽管在直接效果上比无神论更有害，但“不失为一种强烈的情感”，“只要好好引导，就能产生种种崇高的德行”{43}。在这个意义上，公民宗教并不是弃宗教如鄙屐的无神论，它所要求的情感是一种对上帝与邻人的温和而克制的爱，既不能因为上帝如此遥不可及而只沉迷于现世卑俗的利益，也不能因为对上帝的爱而打碎对邻人的同情和敬畏，而“要以爱上帝胜于爱一切和爱邻人如同爱自己作为法的根本”{44} 。
