要解决治事与管人脱节以及检察权地方化的突出问题，切实保障检察机关依法独立行使职权，就必须改革体制，加强纵向关系，减弱地方影响，将宪法和法律所规定的检察机关上下级的领导关系实质化，在干部管理体制和财政供应体制实行以系统为主，地方为辅，使检察权较少地受制于地方，同时还需确立检察长与检察官执行职务的相关保障制度。 五、协调“检察一体制”与检察官的独立性，划定内部独立的合理边界
“检察一体制”反映了检察活动的特点与要求。首先，它强调检察机关作为整体发挥其功能，有利于保证检察机关的独立性。检察一体制体现了检察活动中对上级的服从性、人员的可替代性以及行动的协调性等特征，这些特征共同构成检察官的整体性，而这种整体性，正是检察机关独立性的重要保障。其次，它适应了检察活动的组织性特点，有利于保证检察活动的有效性。检察机关具有侦查、起诉、不起诉、支持公诉等多项权能。侦查活动本质上是一种行政性质的活动，需要统一协调与配合。理顺上下级领导关系，才能使侦查活动有效率、高质量地进行。检察机关的公诉活动，除了其独立性的一面，也存在需要反映国家意志，需要上级指挥监督以正确行使公诉权的一面。检察一体制就为检察权准确有效地行使创造了重要条件。再次，检察一体制中包含的人员可替代性，有利于保证诉讼程序的顺利推进。检察活动的组织化特征，使得在诉讼程序中换人，在审判官不更换的情况下，不致影响诉讼的结局。因此检察官替换不需要更新审判程序，而使审判得以顺利进行。
但在另一方面，我们又必须肯定检察官的独立性。一是因为检察官活动所具有的司法特性，尤其是公诉活动，需要一种亲身经历程序，直接审查证据事实的亲历性前提，而且具有司法判断性和法律适用性的特征，赋予检察官一定程度的独立性，使其根据自己直接感知与判断来处理检察业务，符合检察活动规律；二是因为检察官的职务行为应当直接产生确定的效力。这一方面是诉讼效率的要求，另一方面也是检察官职务行为本身的要求。例如检察官出庭公诉，在法庭上的独立活动直接代表检察机关意志，其活动内容和方式很难由上级予以事先确定。三是因为这是确立检察官办案责任制度的需要。独立性与责任直接关联，检察官的独立性正是确立办案责任包括错案追究制的前提；四是因为有利于提高检察官素质和工作质量。肯定检察官的相对独立性而非单纯的依附关系，才能激发检察官的职责感和事业心，促使其不断提高工作水平。
然而，长期以来，我国检察机关内部实行的办案体制是：“检察人员承办，办案部门负责人审核，检察长或者检察委员会决定”。在这一体制中，普通检察官只是案件的承办人员，即行政垂直线上底部的一个点。检察官承办案件，决定权集中于检察长和检委会，部门负责人则有审核权，从而形成了以上命下从的行政性关系为特点的办案责任机制。
这种办案机制的有利之处在于便于强化对办案人员的监督并保证检察活动的统一性，但它与检察权的性质以及检察权行使的内在要求有矛盾，在实践中也表现出明显的弊端。一是具有“审而不定、定而不审”的特点，因此不符合司法活动直接性和亲历性的要求，难以保证诉讼决定和诉讼行为的正确性；二是形成办案人员对领导的依赖，难以充分调动检察官的积极性与责任感，不利于培养精英型检察官；三是审批环节过多，导致诉讼效率低下，浪费了本来就缺乏的司法资源；四是办案责任不明确，尤其是发生错案时难以进行追究。上述弊端在国家司法制度和诉讼体制的改革的大背景下日益明显。对此进行改革，就要求使检察官，尤其是公诉检察官，从缺乏自主性和独立性的案件承办人员成为有职有权的检察权行使相对独立的主体。
由此可见，我国检察制度改革的基本课题之一，是肯定和保障检察官的相对独立，以及协调“检察一体制”与检察官的独立性，划定内部独立的合理边界。针对目前情况，笔者对这一问题提出三点意见。
第一点意见，上诉检察官制度是过渡性的，但也是具有重要意义的增强检察官独立性的措施。应当看到，我国检察官的独立性近年来有所增强。这一趋势是随着主诉检察官制度的改革开始发生和推进的。随着我国刑事审判制度向“控辩式”转变，强化检察机关的公诉职能成为迫切的实践呼吁，同时检察院起诉工作面临的困境也逼使检察机关对起诉部门作适当倾斜，一些地方尤其是站在检控犯罪第一线的基层检察机关，开始培养素质较高的专家型公诉人，同时赋予他们更大的权力和责任。这样，所谓“主诉检察官”由此而产生。正是因为它适应了刑事诉讼制度发展以及司法实践的需要，因此应当说具有较强的生命力。
主诉检察官办案责任制的实施关键是“放权检察官”，或者说是“还权检察官”。在2000年开始普遍推行的“主诉检察官办案责任制”中，被任命为主诉官的检察官是检察队伍中的精英，他们被配备助手，有权独立地决定案件的起诉，独立地实施案件的公诉；对法律规定必须由检察长和检察委员会决定的如不起诉、抗诉等事项，他们有建议的权力。起诉部门领导改变为一般的行政协调人、案件质量的监督者及行政性事务的负责人，在案件处理的业务问题上不再具有对主诉检察官的指令权。
可以说，主诉检察官制度的实质，是在检察机关内部重新配置检察权，肯定和保证检察官的相对独立。这种制度目前应当说是保证检察官独立性的过渡性制度。在成熟的司法官制度下，具有法官资格就能主审，就有检察官资格就能主诉。但目前由于我国司法官管理制度等各方面的原因，资格和能力还有相当程度的脱节，因此还不能不实行诸如选任审判长（主审法官）制、主诉检察官制这类“相对合理”的独立行使职权的司法官筛选制度。然而，目前主诉制还缺乏充分的法律依据，在适当的时候，应当通过立法，将检察官的内部独立性予以确认和保障。
第二点意见，“主办检察官”制度改革要慎重，检察机关各部门应建立适合自己的业务性质和特点的办案责任机制。以主诉制为先导，检察机关内部其他业务部门目前也相继试行“主办检察官制度”改革，建立新的办案责任机制。如自侦、侦查监督、监所检察、控告申诉、民行检察等部门实行的主办检察官办案责任制。这种改革的共同特点是选拔较为优秀、素质较高的检察官，赋予其更大的权力和更重的责任。正是在这个意义上，这种改革有着积极的，甚至重要的意义。然而，在改革过程中，检察机关必须注意部门工作性质的区别，要根据自身的特点建立符合需要的办案责任机制。而目前的改革，对此还认识不足。
