由于司法部长指令权的存在，检察官的独立性容易受到损害，法国司法部于1998年公布改革方案，对检察机构的领导体制进行改革。在加强检察官对司法警察的领导和控制的同时，限制了司法部长的权力。改革之后，司法部长一般不能就个案发布指示，其职责是在宏观上把握执行刑事政策的一般方向。只是作为例外和补充，为了保障司法的一般利益，司法部长可以就某个案件，直接地要求检察院提起公诉。这种情况下，检察官应立即作出决定，实现司法部长的要求。但就已提起的公诉，检察官仍有权拒绝司法部长或上级检察官要求停止追诉的指令。[10]
（二）检察机关内部独立及其限制
审判独立，从本质上讲是一种个体独立，即法官独立，是对于法官除了法律没有上司的独立裁决权的确认。然而，检察权的独立行使则与此不同。由于检察权具有一种由“检察一体制”所产生的统一性，检察权的独立行使的第一种形式，是集体独立，即检察机关独立行使检察权。而检察一体制在职制个别检察官独立性，确认检察机关内部的统一性及隶属关系的同时，具有对外肯定检察权独立性的功能。即以检察机关为统一的执法主体和命运共同体，对内要求上命下从，对外则要求“检察权的行使保持整体的统一，不受外来势力，特别是来自现实的政治力量的不当影响，进而实现维护公共秩序和尊重基本人权的国家目的”[11]
检察权独立行使的第二种形式，是确认检察官在检察机关机关内部的相对独立，从而以检察官为主体，独立地行使检察权。对检察官独立性的确认，主要有两种根据。第一种根据是以检察官为诉讼法上的主体，或者作为“独立官厅”，以自己的名义处理检察事务，具有独立行使诉讼行为的权利和能力。德国、法国、意大利、日本、韩国等国刑事诉讼法规定的诉讼主体都是检察官。在案件中承担检察职能的检察官所作出的决定具有诉讼法上的效力。第二种根据是由检察官责任制度肯定检察官在上命下从的检察体系中仍然具有相对的独立性。办理案件的检察官必须承担案件处理的责任。“即使根据上级的指挥，作出了与自己的信念不同的处理，也不准许以依照上级的命令为理由而逃避应承担的责任。也就是说，检察官是以自己的名义并由自己负责来处理分配给自己的检察事务的，这是根据检察官职务的独立性作出的当然结论。”[12]为此，法律进一步肯定检察官在一定条件下可以合法地对抗指令权，在某些情况下可以不受上级约束的作出决定或发表意见。
然而，在另一方面，由于“检察一体制”的限制，检察机关的内部独立是有限的，不充分的。检察官在执行职务时，需接受上级的指示，因此，其行为只具有一定程度上的独立性，即相对独立性。
所谓“检察一体制”，是指检察权的行使必须保持整体的统一，因此，需要在肯定检察官相对独立性的同时，将其组成统一的组织体，即采取检察官所有活动一体化的方针。“检察一体制”在限制个别检察官独立性，确认检察机关内部的统一性及隶属关系的同时，具有对外肯定检察权独立性的功能。即以检察机关为统一的执法主体和命运共同体，对内要求上命下从，对外则要求“检察权的行使保持整体的统一，不受外来势力，特别是来自现实的政治力量的不当影响，进而实现维护公共秩序和尊重基本人权的国家目的。”[13]
“检察一体制”主要包含三项内容：一是上命下从的领导关系。下级检察官在执行任务时须接受上级检察官的领导。检察官服从检察长，下级检察机关服从上级检察机关的命令，全国检察机关由总检察长统一领导。二是跨区域的检察活动。检察官执行职务不受其管辖范围的限制。他虽然一般应在其管辖区域内执行职务，如有必要也可在辖区外执行职务，或者请求有司法管辖权的检察官代为进行侦查、调查取证、扣押等诉讼活动。三是职务继承与转移权。检察长有权亲自处理所属检察官权限内的事务，同时可以将所属检察官权限内的事务移交所属的其他检察官办理。更换检察官时，离任检察官所进行的活动视为接任检察官的活动，不需要像法官更换时那样程序更新。
“检察一体制”限制了检察官执行职务的独立性，但并未否定检察官的独立性。也就是说，检察一体制与检察官的独立性相互设置了制度边界，二者之间应当取得协调。
日本法务省刑事局所编《日本检察讲义》称：“检察官是独任制机关，本身具有独立的性质。这对保障检察权的行使及绝对公正，不受其它势力操纵，以及检察官的职务行为必须直接产生确定的效力，都是必不可少的。检察官的这种准司法性质，从职务的内容看是理所当然的。”“检察官在检察事务方面，是具有自己决定和表示国家意志的独立机关，而不是唯上司之命是从的行使检察权。检察官之所以被称作独任制机关的原因就在于此。”[14]为保证这种独立性，检察官享有一定的职务和身份保障，日本、德国、意大利等国检察官身份接近甚至等同于法官。
“检察一体制”与检察官的独立性如何协调，这是检察官法中必须适当解决的问题。对此，一般处理原则是：
其一，上级检察官对下级检察官的管理要注意尊重检察官的独立性，减少行政性命令，而采用国外检察官制中比较通行的做法：“主要是运用审查、劝告、承认的方法，行使指挥监督权”，以使“上级的指挥监督权和检察官的独立性相协调。”[15]
其二，由于隶属关系和指令权的存在，一旦上级下达指令，检察官一般应服从其上级的指令，以维护检察一体制；
其三，上级的指令权不是绝对的。它可能受到一定限制。这主要是指法定主义，即法制原则对指令权的限制。也就是说，法律高于“上命下从”——对于违法指令，检察官有权拒绝服从。这是因为对检察事务的处理，是以每个检察官的名义进行的。同时，对于违背法律的行为，检察官不能因上级的指令而卸除自己的违法责任。然而，不同的国家和地区对检察官的独立性及拒绝服从权肯定的程度和方式有所区别。大致可以归纳为两种类型，一种是仅承认检察官的消极抗命权，一种则进一步确认检察官的积极抗命权。
