所谓消极抗命权，是指检察官对于违法指令，可以拒绝服从；对于违反自己根据“良心与理性”而形成的内心确信的指令，可以要求上级行使事务承继和转移权。伊藤荣树先生称：“如果上司的指挥违背了法令，就可以不服从这种指挥，这是当然的。此外的场合，检察官应该向上司要求行使事务承继和转移权。上司在有关处理具体案件的方针上，即便与主办检察官的意见不同，但在应该尊重检察官的良心这一点上是不应有分歧意见的，所以对该案件通过上司的亲自处理，或者让其他检察官处理的方法，当可解决上司的指挥监督权和主办本案的检察官的良心的矛盾。”[16]
在极个别的情况下，上级的指挥权与检察官独立性发生直接冲突，即上级根据案件处理的需要拒绝职务转移，而要求下级检察官根据其指令行事。如果上级指令违法，当然可以拒绝服从，但如指令并不违法，只是违背了检察官本人基于其良心与理性而形成的信念。在这种情况下，可以有两种做法。一种是依据自己的信念而拒绝执行上级指令；另一种是辞去职务。日本学者伊东胜先生称：对上司的指挥监督虽然不容许积极的不服从（对起诉命令作出不起诉处分，或对不起诉命令作出起诉处分），但容许消极的不服从（对起诉命令拒绝作出起诉处分；对不起诉命令拒绝作出不起诉处分）。其理由是只要存在着事务承继和转移权，消极的不服从就不会扰乱检察事务的统制。如果连消极的不服从也不容许的话，就等于是否定检察官职务的独立性。[17]伊藤荣树先生则有不同看法，他认为，在上级指挥与检察官的信念相左而且上司拒绝转移职务的情况下，消极的不服从仍然会“扰乱检察事务的统制”，此时，“作为主办本案的检察官来说，为保卫自己的良心，就应该辞去其官职。检察官正因为其职务上的独立性是有保障的，身分上也是受到保障的，所以去留也应该是毫不留念的。”[18]
在意大利、法国、德国等国家，法律对检察官独立性的保障，进一步肯定检察官的在一定条件下的积极抗命权。主要是指对刑事追诉行为，检察官可以不服从指令而自行作出决定。当检察官拒绝服从上级的指令而自行采取追诉（起诉、不起诉和撤回起诉），这一决定在诉讼法上仍然具有效力，上级检察官不能更改这一决定。对此，法国的做法是：“根据刑诉法典第41条的规定，检察院的官员在没有上级命令的情况下或者不顾上级的命令，仍然可以进行追诉，并且在没有上级指令或者不顾其已接到的指令而开始进行的追诉，仍然是合法的、有效的；反过来，即使检察院的首长己接到下达的命令，如其仍然拒绝进行追诉，上级则不得取代他们，并替代他们进行追诉，例如，当检察长禁止共和国检察官进行公诉时，共和国检察官仍然可以采取追诉行动，并且可以有效地提请刑事法院受理案件；反过来，如果检察长命令共和国检察官进行追诉而共和国检察官加以拒绝，检察长并无可能取代共和国检察官自行进行追诉。”
此外，检察官于法庭上的诉讼活动在原则上不受上司指令的限制。意大利刑事诉讼法第53条规定：“在庭审中，检察官完全自主地行使其职权。”在法国、德国等，下级检察官虽然在其提出的书面意见（如公诉书）中应当按照接到的指令办理，但是，在法庭上仍然可以说明自己的感受与看法，并且可以提出与其书面意见不同的口头意见。正如一句传统名言所说：“笔杆上听从上司，口头上听便自由”。如法国刑诉法第33条所确认的规则：“检察官应当在符合刑诉法第36条、37条及第44条规定的情况下，根据接到的上级指令提出书面起诉状。检察官还可以自由地发表自己认为有益于司法审判的口头意见。”法国1958年12月第58-1270号法令也明确规定：庭审时，检察官有言论自由。[19]
（三）保障检察权独立行使的一般措施
为保障检察权行使的独立性，各国一般采取两方面的措施：
一方面是为检察官的独立性提供职务保障。为切实保障检察权行使独立性，需要几项相关制度的配合。主要包括检察官人身保障制度、人事任免制度与财政供应制度。就检察官的独立性而言，人身保障尤为重要。包括：1.身分保障。如日本《检察厅法》第25条规定，除例外情形外，不得违反检察官个人的意愿将其罢免、停职或减薪。荷兰检察官实行终身任职制。2.经济保障。日本有关法规规定，检察官的工资待遇要比普通公务员高出百分之三十。奥地利检察官的工资水平平均高出国家公务员百分之十五左右，与法官比较，工资级别标准相同，但工资起点高于法官。三是特权保障。检察官对于公正执法负有重大责任，因而享有与这种特殊责任相适应的特权保障。如《俄罗斯联邦检察院法》规定了检察长（检察官）的“神圣不可侵犯性”。检察机关工作人员受到国家的特殊保护，这种保护的对象还有其家庭成员及财产。法律规定，检察机关工作人员凭公务身分证明，有权在俄罗斯联邦境内免费使用城市、城郊和地方交通的一切公共交通工具（出租车除外）；在农村则可使用任何顺路的交通工具；在他们因公务出差期间，有权优先预定和获得旅馆的床位及任何交通工具的凭证。
为了保障执行职务时的独立性，还应当有相应的人事任免与财政供应的独立性。如英国为了保障检察机关独立，实行人事任免独立安排，检察经费独立预算，从而使其摆脱了地方当局的控制和影响。
另一方面，是以法制手段限制行政与政治干预。其主要限制方式包括：1.指挥权行使主体的严格限制。在一些国家，禁止政府干预检察；而在政府可能通过合法渠道影响检察的国家，也严格限制对检察事务行使指挥权的主体。一般说来，只有检察官在行政体系中的直接管辖官员——司法部长才享有对检察官的指挥监督权，其他中央和地方官员不具有这种权力。这就大大限制了干预检察活动的范围；2.指挥权受体的特定化。如日本司法部长的指令只能向总检察长而不能向其他检察官发布，从而在行政当局与一般执行职能的检察官之间形成一定的过滤与缓冲，以防止或减少行政性指令对检察活动的直接冲击；3.指挥权行使的公开性。行政方面行使检察指挥权时必须采用公开命令的方式。例如法国刑诉法规定司法部长只能以今后存档可查的书面指令对检察事务进行指挥。这种程序化、规范化与公开化的要求，是防止政治与行政不当干预的有效手段；4.以法定原则以及法律所尊重的检察官信念对抗行政指令权。鉴于检察官是以维护法制为使命的国家法律官员，一般认为法律高于行政指令，因此检察官不能以上级指令为由推托自己的违法责任。在上级指令违背法律的情况下，法律赋予检察官不服从指令的责任与权利。同时，即使行政方面或检察上级的指令并未违法，检察官也享有根据自己对司法公正的信念行事的一定权利。
