保留公安机关和检察机关的法医鉴定机构还有另外一个理由，即互相制衡的需要，这种制衡机制是经过总结“十年动乱”的沉重教训之后逐步形成和完善的，在刑事诉讼中具有十分深刻的意义。如果撤销公安机关和检察机关的法医鉴定部门，将其中的资源合并到一个“一元化”法医鉴定机构里；或者虽然保留公安机关和检察机关的法医职能部门，但为了鉴定结论的统一性，两家成立联合的机构，由政法委员会领导，负责协调和统一，那么，公安机关与检察机关之间的制衡机制就缺少了一个方面。这对于准确地认定犯罪事实、打击犯罪是有利还是有弊，很难予以积极的评价。
像有的地方(如新疆石河子市)所做的那样，公检法三家组成联合的法医鉴定机构，是政法委员会领导下的一个机构，[14]这种做法弊多利少。一方面，从鉴定结论的科学性来说，成立三家联合的鉴定机构，可能因技术力量的集中而使鉴定结论更为准确，在这种情况下，如果三家单位的法医意见一致并同时签名，它就可以既保障鉴定结论的准确性，又能够提高办案效率。但是另一方面，由于人们的认识事实上存在差异，这种差异有时甚至很大，这就往往使鉴定结论的最终确定陷入僵局。如果由于意见不一致，其中有的法医不签名，从而使最终的鉴定结论无法作出，不但失去了鉴定本身的意义，浪费了宝贵的资源，而且会造成诉讼拖延。可见，成立联合性质的法医鉴定机构的做法，一方面提供了实现鉴定结论科学的可能性，但这种可能性要变成现实往往不能预定。另一方面虽然其中不乏制衡的因素，但它在形式上并不符合诉讼对抗制的要求。这样的鉴定结论在进入审判阶段之前事实上已为法庭所采纳。即使鉴定结论经过法庭辩论的考验，这种考验很易流于形式。即使辩护方对鉴定结论提出了合理的疑异，也难以改变法官的既定看法。显然，这不符合法医鉴定结论的法律要求。
就国外的情况来看，在公安部门内设置法医职位是比较普遍的做法，而在检察机构设置法医鉴定部门的较少。但中国的情形比较特殊。一是有十年“文革”的沉重教训作为借鉴，需要对公安机关的权力进行有效制约；二是长期以来检察机关已经建立了系统的法医鉴定机构，进一步加强后可担负制约前者的职能。如果撤销该机构的法医鉴定部门，后果令人忧虑。
3.司法行政部门的法医鉴定机构无独立存在的必要。
长期以来，司法行政部门所属法医鉴定职能部门并不代表国家，实际上只是作为一种社会性鉴定机构，一直面向全社会从事法医鉴定活动，如位于上海的司法部司法鉴定研究所即是。因此，该法医鉴定机构可以改为民办，也可以将其中的各种资源充实到公安系统尤其是检察系统的法医鉴定部门。
4.有条件地允许医院从事法医学鉴定活动。
我们知道，法医学是医学的一个学科分支，因此法医学鉴定与医学鉴定具有共通性。从通常意义上讲，人身伤害的鉴定都属于医学鉴定的范围，法医学鉴定是医学鉴定的一个分支。这是受指定的医院从事法医学鉴定的科学基础。此外，医疗系统已经根据国务院1987年颁发的《医疗事故处理办法》建立了一套鉴定体制，即医疗事故技术鉴定委员会的体系。它们早已开展了鉴定工作，已经取得了初步经验。第三，在大多数省、市、自治区，由于缺乏高级法医鉴定机构，在处理人身伤害案件需要鉴定时，面临十分困难的处境，急需有关机构填补真空，指定一些医院从事法医鉴定是一项不得已的措施。
但有一点应当注意。如果笼统地说“医院可以从事法医学鉴定”，那是极不准确的提法，势必造成混乱。我认为，对于从事法医学鉴定的医院，必须经过严格审查，合格者方有资格进行此项活动。但是否实际从事此项活动，还须具备其他条件，即(1)必须经省级人民政府指定，因而从事法医学鉴定的医院肯定是少数，而且是医疗水准很高的医院，决不是一般性的医院。[15](2)必须有法律上的依据。这是新刑事诉讼法第120条第2款的规定，即“人身伤害的医学鉴定有争议需要重新鉴定或者对精神病的医学鉴定，由省级人民政府指定的医院。”其他法医学事项的鉴定不应由医院进行。新刑事诉讼法第102条第2款的规定具有把关性质，不能乱开口子。
在我国，有些人之所以反对医院享有法医鉴定职能，主要有三个理由：第一，挤占了现有的高科技法医鉴定机构的市场；第二，医院没有从事法医鉴定的经验；第三，医院风气不正，出具假证明的事情多。关于第一个问题，我认为可以通过立法进行调整，对新刑事诉讼法第120条第2款进行修改。关于第二点，我认为医院可以逐步积累法医鉴定的经验。必要时可以聘请着名的法医学家担任要职，主持鉴定工作。关于第三点，确实存在医风不正方面的问题，需要在审定法医鉴定资格时，严格掌握。法官只能在经严格审定、具有法医鉴定资格的医院中指定。此外，其他未得到正式认可的医院不得进行法医鉴定工作。
5.小结
以上着重论述了“多元化”法医学鉴定体制的理论基础。根据该理论所建立的新体制，剔除了原有体制中的不合理因素，保留了其中的合理内核，有条件地增加了新的内容，基本上是合理的。下面我们根据上述理论原则对法医鉴定体制的设置模式作具体的深入的探讨。
(二)“多元化”法医鉴定体制的设置模式
1.基本原则。(1)“两个平衡”的原则。即社会公众利益与国家利益之间的平衡；公安机关与检察机关之间的平衡。根据该原则，我们应该集中现有的法医鉴定力量，大力提高法医科学水平，保证鉴定质量，满足申请人(包括当事人、辩护方和侦查人员)的需求。同时必须充分兼顾公安系统与检察系统长期以来已经形成的制衡因素的需要，因为公安机关在我国是一个权力强大的独立系统，必须由检察机关加以遏制，以免其权力过度膨胀。[16](2)应当兼顾诉讼民主与科研水平之间的相对平衡。“一元制”根本无法满足诉讼民主的需求，故不能采纳。如果采用“两元制”，要么不能满足社会公众的需要(如：分别设置公安系统的法医鉴定中心和检察院系统的法医鉴定中心，此外不构建任何法医鉴定中心)，要么不能兼顾公安与检察机关之间的平衡需要(如：把公安和检察机关的法医鉴定中心合并为一个鉴定中心，另构建一个社会性的鉴定中心)。因此，我们只能采纳多元制。但“多元制”必须适度。按照诉讼民主的要求，选择对象(法医鉴定中心)越多越好。机构设置越多，可选择的机会越多，个人的自由选择(好的鉴定机构)空间越大；但造成资源分散，不利于科学研究水平的提高，影响了鉴定结论的精确度，达不到选择的目的(企图获得高质量的鉴定结论)。因此，不能从一个极端走向另一个极端。这是鉴定机构设置中应该注意的一个重要问题。
2.规定下限和上限。下限是三个，不能少于此数。上限则根据各地情况而定，但最多为五个，超过此限将大大地分散资源，不利于资源的优化配置。规定下限与上限的理由是，第一，关于下限。法医学鉴定体制至少由三个部分构成：当地公安机关的法医鉴定中心、检察机关的法医鉴定中心，以及它们之外的第三个法医鉴定中心。下限是对地区(包括地级市)和县(包括县级市)的限制。第二，关于上限。在经济、科学、文化比较发达的地区，法医鉴定机构将超过三个，但最多由五个部分构成：当地公安机关的法医鉴定中心、检察机关的法医鉴定中心，以及它们之外的三个法医鉴定中心。上限是对如北京、上海、武汉等大城市的限制。
