尽管甲型H1N1流感被纳入乙类传染病，但是并不意味着对其只能采取针对乙类传染病的预防、控制措施。根据《传染病防治法》第四条规定，卫生部有权在经国务院批准后公布、实施对乙类传染病采取《传染病防治法》上所称甲类传染病的预防、控制措施。因此，以法律保留原则加以审视，看不出卫生部发布公告将甲型H1N1流感纳入乙类传染病并采取甲类传染病防控措施的行为在合法性方面存在瑕疵。
《传染病防治法》第三十九条和卫生部办公厅于2009年4月29日发布的《人感染猪流感预防控制技术指南（试行）》[16]（以下简称“卫生部指南”）对防控措施作出了具体规定。自防控甲型H1N1流感以来，对于观察、疑似、临床和确诊病例的隔离治疗等均按照上述规定和指南实施，其行为的合法性同样经得起法律保留原则的检视。
当然，毋庸讳言，某些个案中限制人身自由措施的运用也还存在着合法性疑问。如本文所引报道提到的墨西哥人既然没有临床异常症状，就不属于观察、疑似、临床和确诊病例，就不能对其实施隔离。即使对其实行医学观察，也要先经由流行病学调查认定其为密切接触者方可。在卫生部通报的其他个案中也存在对密切接触者实施隔离或隔离医学观察的情形。[17]但是，传染病防治中限制人身自由措施的形式合法性机制已经基本形成，形式合法性也已经比较容易证成。
（二）比例原则的检视
在世界卫生组织史无前例地在一周内将甲型H1N1流感大流行的警戒级别连升3级至5级，也是在过去的40年里针对流感疫情首次发出4级以上预警的情况下，[18]很难说采取甲类传染病的防控措施是不合乎比例的过度反应。特别是在经过抗SARS的考验之后，从维护人民健康和公共卫生安全出发，在疫情爆发的早期即采取比较严格的防控措施既合乎行政目的又具有必要性。具体而言，由于观察、疑似、临床和确诊病例所具有的传染性及对病人本身的致害性，对其采取隔离治疗措施符合行政目的、具有必要性，也符合平衡原则。
根据卫生部指南的规定，密切接触者包括人感染猪流感病例的密切接触者和现场流行病调查人员根据调查情况确定的其他密切接触者。这一规定确立了《传染病防治法》中所指的密切接触者的判定规则，对密切接触者的概念进行了具体化和操作性的规定。在对密切接触者的管理方面，该指南规定应进行登记和医学观察并尽量减少外出活动。指南附件中又进一步规定医学观察可采取居家或集中的方式。在防控工作的前期，在密切接触者的判定和管理上可能存在更为严格的倾向。因此，即使具有法律依据，也还是出现了是否合乎比例的讨论或争议。尽管这种讨论或争议的声音还比较微弱。[19]
防控措施级别的确定和具体措施的采取是否有可能根据疫情的发展作出相应的调整，是考察有关措施是否合乎比例的重要方面。2009年6月11日，世界卫生组织将甲型H1N1流感警戒级别升至六级———“流感大流行”。这主要反映病毒的地理扩散范围，而不是流感疾病本身的严重程度。该病毒在若干国家中的传播已不能追踪到明确界定的人际传播链。进一步的传播被认为不可避免。[20]随后，我国也相应调整防控措施。2009年6月19日，卫生部发布《社区甲型H1N1流感爆发流行控制工作方案》，[21]将本土疫情爆发防控的重点放在社区。2009年6月22日，教育部、卫生部联合印发《学校甲型H1N1流感防控工作方案（试行）》，[22]将疫情划分为“学校出现非校内感染病例”和“学校出现校内感染病例”，后者又被分为三类情况，根据疫情的严重程度采取相应的防控措施。2009年8月18日，卫生部办公厅印发《乡镇甲型H1N1流感防控工作方案（试行）》，[23]将乡镇范围内疫情分类为散发、爆发和流行并分别采取相应的防控措施。另外，国务院及其卫生行政部门也根据疫情的变化对限制人身自由措施进行了调整。例如，2009年8月17日，卫生部办公厅印发《甲型H1N1流感病例密切接触者居家医学观察管理方案（试行）》，[24]对密切接触者的判定规则进行调整和细化，将防控措施调整为居家医学观察。在2009年9月8日《卫生部办公厅关于做好应对甲型H1N1流感大流行医疗救治准备工作的通知》[25]和2009年9月10日《国务院办公厅关于进一步做好甲型H1N1流感疫情防控工作的通知》[26]中，对甲型H1N1轻症病例和重症病例分别采取居家隔离治疗措施和集中收治措施。从卫生部发布的《2009年11月份全国甲型H1N1流感防控工作情况》[27]中也可以看出，这一阶段的防控措施已经以疫情监测、疫苗接种及异常反应监测和重症救治为主。对密切接触者和患者采取的限制人身自由措施实际上已经弱化。
