从抗SARS到防控甲型H1N1流感，公权力和私权利、公共利益和个人合法权益、突发事件应急处置和正常秩序有效维护之间的平衡始终是挑战行政措施设定和运用的难题。在有关立法过程斟酌了上述需要平衡的因素并对需要和能够采取的限制人身自由措施加以设定之后，实定法为这些措施的实施提供了较为充分的合法性资源。新近通过的《行政强制法》第三条第二款规定：“发生或者即将发生……公共卫生事件……等突发事件，行政机关采取应急措施或者临时措施，依照有关法律、行政法规的规定执行。”因此，可以预见，未来传染病防治中公共卫生事件的处置仍将在上述法律制度框架内展开。这样，行政过程中如何运用这些资源就成为决定有关措施合法性的关键因素，行政过程也就成为限制人身自由措施合法性所涉及的关键领域。
三、判断标准的重心：由法律保留原则到比例原则
在相关法律制度的建设尚未完成之前，对于限制人身自由措施合法性的判断主要依据法律保留原则进行。[12]受到追问的主要是相关措施的采取是否有法律上的依据。当实定法无法提供支撑，而现实需要又极为紧迫时，只得以正当性为支撑而采取必要的措施。抗SARS期间呈现出来的基本上是这样一种形态。[13]
在相关法律制度基本建设完成后，正当性已经内化为合法性。以正当性论证行政行为实施合法性的必要性不复存在，正当性可以也应当经由合法性而实现。在这一背景下，尤其是在《传染病防治法》完成修订之后，有关行政措施的采取固然仍需遵守法律保留原则，即需要具备法律上的依据，但仅仅如此已不能确保有关措施的合法性。特别是在《突发事件应对法》确立了比例原则之后，还必须体现有关措施运用的合目的性、必要性和平衡性。[14]《行政强制法》第五条也规定：“行政强制的设定和实施，应当适当。采用非强制手段可以达到行政管理目的的，不得设定和实施行政强制。”如果对防控甲型H1N1流感过程中限制人身自由措施的设定和运用进行检视，就可以看出，合乎比例逐渐成为判断限制人身自由措施合法性的重心所在。
（一）法律保留原则的检视
2009年4月30日，卫生部在经国务院批准后，将甲型H1N1流感纳入《传染病防治法》规定的乙类传染病，并采取甲类传染病的预防、控制措施，同时，将甲型H1N1流感纳入我国《国境卫生检疫法》规定的检疫传染病管理。[15]
对照《传染病防治法》第三条第四款的规定，流行性感冒属于法定的丙类传染病。甲型H1N1流感并未被单列出来。如果没有特别的规定，它应当属于法定的丙类传染病。但是，从该条第三款将人感染高致病性禽流感规定为乙类传染病来看，《传染病防治法》第三条第四款中作为法定丙类传染病的流行性感冒并不必然等同于医学概念中包含全部类型的流行性感冒。因此，存在将甲型H1N1流感从第四款意义上法定丙类传染病的流行性感冒中析出而纳入更高类别传染病的制度空间。根据《传染病防治法》第三条第五款的规定，卫生部具有将甲型H1N1流感列入《传染病防治法》规定的乙类传染病的法定职权。
