在SARS爆发而现行的实定法不敷使用的情况下，国务院及其卫生行政部门在制定规范上所作的努力尽管不能完全消除有关限制人身自由措施的合法性缺陷，其制定和发布规范的行为在程序上也可能或多或少地存在着瑕疵，[8]但是毕竟迈出了走向形式合法的步伐。
与此同时，国务院在极短的时间内完成了《突发公共卫生事件应急条例》的起草和修改，并于2003年5月9日发布实施。[9]该条例授权国务院卫生行政主管部门对新发现的突发传染病，根据危害程度、流行强度，依照《传染病防治法》的规定及时宣布为法定传染病，并授权国务院决定甲类传染病的宣布。它赋予突发事件应急处理指挥部在必要时对人员进行疏散或者隔离、对传染病疫区实行封锁的权力。它规定对传染病病人、疑似传染病病人及其密切接触者依照传染病防治法律、行政法规的规定，采取控制措施。它授权突发事件发生地的县级以上地方人民政府对传染病病人和疑似传染病病人采取就地隔离、就地观察、就地治疗的措施。
由此，隔离与医学观察等限制人身自由的措施实现了从正当性迈向合法性的重要一步。然而，国务院制定的该条例并不能从根本上消除这些措施在法律根据方面的合法性瑕疵。《立法法》第八条、第九条规定涉及限制人身自由措施设定的事项必须制定法律，并且这类事项属于不得委托国务院先行制定行政法规的绝对保留事项。因此，有关法律制度的建设和完善在此后仍在继续。
（二）法律根据的确立及行政过程重要性的凸显
2004年8月28日，《传染病防治法(修订草案)》经三次审议后，由十届全国人大常委会第十一次会议通过，经修订的《传染病防治法》于当年12月1日起施行。[10]
该法将法定的传染病分为甲类、乙类和丙类，对各类传染病作了明示列举，并授权国务院卫生行政部门根据上述规定以外的其他传染病的爆发、流行情况和危害程度，决定将其列入乙类、丙类传染病并予以公布。该法规定，对乙类传染病中传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽和人感染高致病性禽流感，采取甲类传染病的预防、控制措施；其他乙类传染病和突发原因不明的传染病需要采取甲类传染病的预防、控制措施的，由国务院卫生行政部门及时报经国务院批准后予以公布、实施。该法规定医疗机构在发现甲类传染病时应当分别及时采取下列措施：（1）对病人、病原携带者，予以隔离治疗；（2）对疑似病人，确诊前在指定场所单独隔离治疗；（3）对医疗机构内的病人、病原携带者、疑似病人的密切接触者，在指定场所进行医学观察和采取其他必要的预防措施。
传染病防治一方面涉及对患者的救治和公民个人的权利，另一方面又涉及对传染病的控制和公共利益的维护。修订后的《传染病防治法》从实现个人权利与公共利益的平衡出发，设定了有关限制人身自由的措施。这就从根本上消除了这些措施在法律根据方面的合法性缺陷，完成了立法领域的决定性工作。
此后颁布实施的《突发事件应对法》进一步确立了比例原则，规定有关人民政府及其部门采取的应对突发事件的措施，应当与突发事件可能造成的社会危害的性质、程度和范围相适应；有多种措施可供选择的，应当选择有利于最大程度地保护公民、法人和其他组织权益的措施。[11]
