《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》的第二部分和第三部分用了36个条款详细地规定了各类各种证据的审查、认定和证据的综合审查和运用的程序。其突出的特点是彰显程序，反映过程，联系实际，解决问题，体现正义。
我国1996年修改后的《刑事诉讼法》关于证据的规定只有8个条款，包括：（1）证据及其种类；（2）证据收集的一般原则；（3）运用证据的原则；（4）向单位和个人收集证据；（5）重证据、重调查研究、不轻信口供的原则；（6）证人证言的审查判断；（7）证人的资格和义务；（8）证人及其近亲属的保护等。就以上8条规定的内容而言，原则、笼统、操作性极差，由于其是我们历年来办案经验的原则性总结，加上当时的立法背景，这些规定多数是一般性的指导性口号，与办案的实际过程和具体运用存在着相当的距离，公、检、法干警总结了一句话：不好用。新出台的规定针对刑事证据的收集、审查、定案等诉讼各个环节的运用，作了比较详细的规定，一改过去的原则、笼统之弊，从这个意义上说它是对刑事诉讼法的修改和发展，是刑事诉讼法再修改的前奏。
5.对法定的各种证据的审查和认定
《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》紧紧抓住对各种证据审查的内容、范围、来源、关联性，以及对瑕疵证据和非法证据的处理等等，通过审查程序来确定各种证据的证据力和证明力，即每一种证据进人诉讼的资格、条件是否合法，每一种证据对案件事实的证明作用、功能是什么。例如关于物证、书证的审查与认定，该规定的第6条规定了审查的内容；第7条规定了生物物证（血迹、指纹、足迹、字迹、毛发、体液、人体组织等痕迹和物品）审查的方法；第8条强调原始物证优先原则；第9条规定非法物证之排除以及瑕疵物证之补正；第10条规定了对物证的辨认和存疑物证、书证的处理。再如关于证人证言的审查和证明力的确定。该规定的第11条规定了对证人证言审查判断的内容，亦即如何确定证人证言的证明力；第12条规定了非法证言和证人提供的意见证据的排除；第13条规定了证言取得的形式不合法应予排除；第14条规定了瑕疵证言的补正；第15条规定了证人的出庭质证问题；第16条规定了对证人作证的保护措施。因篇幅文字所限，对于其他各种证据的审查和运用，不再一一列举，值得提出的是对实际工作中所出现的电子证据这一新型证据的运用，该规定的第29条总结了实际工作的经验，做出了规定：“对于电子邮件、电子数据交换、网上聊天记录、网络博客、手机短信、电子签名、域名等电子证据，应当主要审查以下内容：（一）该电子证据存储磁盘、存储光盘等可移动存储介质是否与打印件一并提交；（二）是否载明该电子证据形成的时间、地点、对象、制作人、制作过程及设备情况等；（三）制作、储存、传递、获得、收集、出示等程序和环节是否合法，取证人、制作人、持有人、见证人等是否签名或者盖章；（四）内容是否真实，有无剪裁、拼凑、篡改、添加等伪造、变造情形；（五）该电子证据与案件事实有无关联性。对电子证据有疑问的，应当进行鉴定。对电子证据，应当结合案件其他证据，审查其真实性和关联性。”此外，该规定第30条还针对侦查工作中使用辨认这种侦查手段经常出现的问题，以及辨认的程序和结果作出具体规定。
关于间接证据的适用规则，就办案实际而言，比较混乱，什么是间接证据，如何运用间接证据，适用时应遵循什么样的规则等等，都是需要认真回答的问题。《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》对间接证据适用的条件和规则在第30条有针对性地作出了规定：“没有直接证据证明犯罪行为系被告人实施，但同时符合下列条件的可以认定被告人有罪：（一）据以定案的间接证据已经查证属实；（二）据以定案的间接证据之间相互印证，不存在无法排除的矛盾和无法解释的疑问；（三）据以定案的间接证据已经形成完整的证明体系；（四）依据间接证据认定的案件事实，结论是唯一的，足以排除一切合理怀疑；（五）运用间接证据进行的推理符合逻辑和经验判断。”
