关于全案证据的综合审查和运用，尤其是法官如何准确地行使自由裁量权，怎样才能做到公正、公平，实现实体正义，《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》结合我国的情况，总结了具有中国特色的实际经验，要求办案人员从各个证据与待证事实的关联程度，各个证据之间的联系等方面进行审查判断，并规定了一个判断的标准，即合理排除矛盾，才能作为定案的根据；还规定了法官对存疑证据的处理程序：“法庭对证据有疑问的，可以告知出庭检察人员、被告人及其辩护人补充证据或者作出说明；确有核实必要的，可以宣布休庭，对证据进行调查核实。法庭进行庭外调查，必要时可以通知出庭检察人员、辩护人到场。出庭检察人员、辩护人一方或者双方不到场的，法庭记录在案。”
鉴于量刑程序改革的成果即将在全国各级人民法院推广，量刑证据的调查和运用是当前实务部门急需解决的一个问题。《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第39条对被告人有立功、自首情节的证据，如何调查和运用也作了具体规定：“被告人及其辩护人提出有自首的事实及理由，有关机关未予以认定的，应当要求有关机关提供证明材料或者要求相关人员作证，并结合其他证据判断自首是否成立。被告人是否协助或者如何协助抓获同案犯的证明材料不全，导致无法认定被告人构成立功的，应当要求有关机关提供证明材料或者要求相关人员作证，并结合其他证据判断立功是否成立。被告人有检举揭发他人犯罪情形的，应当审查是否已经查证属实；尚未查证的，应当及时查证。”
“两个规定”为了确保死刑案件的质量，进一步规定了死刑案件的证明标准。根据《刑事诉讼法》第162条规定，对被告人作出有罪判决，必须做到“事实清楚，证据确实充分”，特别是死刑案件，人命关天，死刑刑罚又具有不可逆转性。因此“在认定事实和采信证据上绝对不容许有任何差错，必须把好死刑案件的事实关、证据关、程序关、适用法律关，使办理的每一起死刑案件都经得起历史的检验”。但是《刑事诉讼法》的规定过于原则、笼统，对什么是“证据确实充分”，什么是“案件事实清楚”，在实践中很难把握，人们对“事实”、“情节”、“确实”、“充分”的理解也不统一，各有各的认识，各有各的说法。为此，《关于办理死刑案件审查判断证据若干问题的规定》第5条首先对“证据确实、充分”予以细化，进一步规定：“审理死刑案件，对被告人犯罪事实的认定，必须达到证据确实、充分。证据确实、充分是指：（1）定罪量刑的事实都有证据证明；（2）每一个定案的证据均已经法定程序查证属实；（3）证据与证据之间、证据与案件事实之间不存在矛盾或者矛盾得以合理排除；（4）共同犯罪案件中，被告人的地位、作用均已查清；（5）根据证据认定案件事实的过程符合逻辑和经验规则，由证据得出的结论唯一。”其次，对案件“事实”、“情节”这些证明的对象也在第5条作了具体规定：“审理死刑案件，对于以下事实的证明必须达到证据确实、充分：（1）被指控的犯罪事实的发生；（2）被告人实施了犯罪行为与被告人实施犯罪行为的时间、地点、手段、后果以及其他情节；（3）影响被告人定罪的身份情况；（4）被告人有刑事责任能力；（5）被告人的罪过；（6）是否共同犯罪及被告人在共同犯罪中的地位、作用；（7）对被告人从重处罚的事实。”根据上述规定，对死刑案件犯罪事实、情节的证明，以及证据达到“确实、充分”的标准，做到了有章可循，有了法律规定的准则，就可以防止在事实的认定和证据的运用上的任意性，就可以确保死刑判决的公正性，实现程序公正与实体公正的统一。
