当然，绝大多数情况下，检察院的抗诉是在当事人申诉后，应当事人的请求而提出的，与当事人的处分权似乎没有冲突，但此时又不可避免地与当事人平等对抗原则产生矛盾。在民事诉讼中，基于当事人双方民事实体权利的平等性，当事人的诉讼地位完全平等，享有平等的相互对应的诉讼权利。检察院一旦应一方当事人的请求提出抗诉，在随后的再审程序中，必将使双方当事人的对等格局受到破坏。
首先，检察院在提出抗诉前要对当事人的申诉进行审查，只有在审查后认为申诉合理，有必要抗诉的，才会向法院正式提出。这样一来，在提出抗诉前，检察院对案件已经作出了先入为主的判断，在此后的再审程序中，会很自然地站在申诉人一方。有的学者设想“，检察机关在决定行使抗诉权之前，给予对方当事人陈述意见的机会，检察院置于当事人之间居中审查，以保障在决定是否提出抗诉问题上的兼听则明和对于双方当事人而言的程序公正，并保障当事人的诉权与检察监督权之间可能发生的对立关系得以妥当协调。”{9}这种理论上的设想是无法成立的。因为，检察院对申诉的审查不等于法院的审判，即使检察院在审查申诉时能做到居中审查、充分听取双方的意见，也并不能否认其在再审程序中的偏向性，而所谓当事人平等对抗原则，恰恰应主要体现在后一阶段。从某种意义上说，检察院审查申诉的程序越是设计合理，越是类似于法院审判的方式，它在再审程序中的偏向性就会越明显。因为，看似公正合理的审查程序会使检察院坚信自己已经对案件事实和争议问题进行了充分的调查，进一步巩固了它对法院裁判确有错误的判断。在再审时，检察院会更加坚定地站在申诉当事人一方，对证据的引用、对案情的分析、对适用法律的意见都将有利于申诉人一方而不利于对方当事人，在此情形下，检察院何以能够做到公正地参加诉讼而保障双方当事人的平等权利？
其次，在实践中，抗诉成功与否是衡量检察院及其办案人员的工作质量、办案能力的一项重要指标，影响到检察院的整体声誉和办案人员的个人荣誉。抗诉一旦提出，宜成功不宜失败的求胜心理是其正常的心态。这就相当于检察院在再审中有了自己的利益主张。依诉讼原理，有利益主张的一方是当事人，不可能中立，法官之所以中立是因为法官与案件争议利益无关。因此，形式上以公正立场协助一方当事人进行诉讼的检察院实质上有意无意地站到了当事人的立场上，使原审案件中双方当事人间的利益争议转化成检察院与申诉方当事人一起针对另一方当事人的争议，检察院所具有的强大的国家力量使双方当事人间的对抗能力严重失衡。有的学者提出，民事检察监督对程序的介入不能超过一定的度，不能使当事人在再审程序中诉讼地位和实力对比失衡，以至于可能导致一方当事人不能有效维护其合法权益{10}。但是，在坚持民事抗诉制度的情况下，要做到这一点，何其难也。
