大陆法系国家基本上实行一元化的法庭审判结构，事实认定和法律适用都主要由法官来完成。一般认为，由于专业素质的差异，法官比由普通人组成的陪审团更能保持冷静和客观的心态，也具有强于普通人的辨识能力，在他们作为事实认定者时，会通过询问证人或者与律师的交叉询问减轻很多对于专家的不当依赖，并不需要用那些繁复的规则和较高的标准来规范。大陆法系国家对科学证据规则的宽松规定从反面进一步说明了陪审制与科学证据之间的紧张关系。
2·对抗制与科学证据
在英美法系国家，对抗制与陪审制一样都是其颇具特色的制度。达马斯卡教授是这样界定对抗制的：“说到对抗制，我是指一种裁判制度，其程序活动由当事人控制，而裁判者则基本上保持被动。”[14]事实真相往往在双方的博弈过程中得以显现。但是，对抗制存在一个先天性的缺陷，就是容易因为当事人对抗武器的不对等，而使诉讼程序成为掩盖事实真相的工具。正是认识到了这一点，英美国家的法官天然地就对于对抗双方的证据持一种怀疑的态度，其对于双方证据真实可靠性的判断多借助于一些证据规则来完成。所以，对抗制同陪审团制一样，是英美法系国家设计证据规则时的一个重要的制约性因素。而对于科学证据来讲，在对抗制问题上需要考虑的问题就更多。其理由是：在对抗制诉讼背景下，专家是由当事人聘请的，且不说其已经形成了一个职业阶层，并受过法庭作证的专门训练，但至少他们比一般人更懂得如何发表有利于己方当事人的意见并掩饰不利于己方当事人的问题。虽然英美法系国家都规定了专家证人应首先对法庭负责，应保证自己的专家证言的客观真实性，但毕竟他们是可称得上权威的专家证人，他们手中握有的是专门知识。所以，科学证据规则的制定必须考虑对抗制这种特殊的程序环境，更加强调“传闻证据排除规则”、“交叉询问规则”、“质证规则”等等证据规则对对抗制的适应性。
虽然，20世纪下半期以来，素以“职权主义”而著称的大陆法系国家在庭审模式上都不同程度地吸收了对抗制的因素，两大法系不断走向融合。但是，二者的区别还是很明显的，大陆法系国家并没有改变其职权主义的性质。体现在科学证据的问题上就是法官对鉴定（科学证据中的一种）的职权控制。一般来讲，大陆法系国家的法官倾向于信任由其自己委任的鉴定人，鉴定人被称为法官的助手。[15]所以，其不存在详细的鉴定结论采信规则。两大法系在诉讼模式上的这种差异进一步说明了在科学证据的运用与诉讼程序之间存在着一种微妙的紧张关系。
当然，科学证据的程序背景并非仅有上面两个，按照达马斯卡教授的观点，还有集中型审判制度等。但笔者认为，集中型审判与陪审制之间具有紧密的联系，(集中审判制度主要是为了适应陪审制的需要而形成的，尽管在其后来的发展中有了一些变化)因此，在这里就不再单独加以论述。事实上，任何一个小的程序环节的改变，都可能对于证据规则产生突变性的影响。在证据运用与诉讼程序之间的这种紧张关系是潜在的、全面的。
