（一）无法满足实现程序正义的需求
事实上，“事实查明说”将所有的诉讼活动等同于证明活动，特别是将诉讼中的查明活动视为证明活动，多少意味着默认目前《刑事诉讼法》对公、检、法三机关的权力配置及其相互关系之立法定位是合理的，承认实践中普遍存在的公、检、法三机关配合多、制约少、视追究犯罪的需要而随意支配刑事诉讼各阶段之做法具有正当性。殊不知，“一切有权力的人容易滥用权力，这是万古不易的一条经验”，[7]刑事诉讼中的追诉权“也可能被滥用，而如果它被滥用，那么任何暴政都要甘拜下风”。[8]这是因为，追究犯罪是追诉者在刑事诉讼中的最大利益。这样，在刑事诉讼过程中追诉者主观上没有滥用职权的故意，但客观上为追究犯罪之利益所驱动，利用手中权力采取压制被追诉者或漠视其权利的做法也在所难免。这样，我国刑事诉讼的实践只能是：“在不妨碍查明案件事实真相的前提下，我们可以高举人权保障的大旗，而一旦这种人权保障影响到案件事实真相的查明，惩罚犯罪又成了第一位的价值。”[9]进一步的问题是，将查明视为证明多少意味着将保障被追诉者人权的诉讼理念和程序价值的落实寄托在办案者的职业勤勉和道德良知上，这不但不切实际，而且还多少有一点难以割舍的人治情结。这就决定了程序正义在上述宽泛的证明观中得不到切实的关照；要想实现程序正义理念，就必须发展诉讼证明理论。
另一方面，“责任承担说”将证明视为庭审中控辩双方在审判法官面前进行的论证活动，有利于明晰各诉讼主体的职能、突出庭审作用和在我国确立裁判中心主义、提升被告人的主体性地位和维护他们的合法权益。可是，刑事诉讼是一个复杂的过程，即便刑事诉讼证明应主要围绕被告人定罪量刑的实体性问题展开，但是对被告人的定罪量刑是通过一系列的诉讼活动实现的。因而，与被告人定罪量刑有关的全部问题，仅靠庭审证明来解决是不现实的。尤其为了体现程序正义，我国当下《刑事诉讼法》第43条明确禁止非法取证，相关解释也都规定了对侦查中通过刑讯逼供、诱供获取的言词证据应予排除。但问题是，刑讯逼供、诱供事实是需要证明的：这些问题由谁来证明？在何时提出证明？向谁证明？证明责任如何分担？证明要达到什么标准？对证明后的处理结果不服如何救济？对此，杨宇冠教授指出：“虽然非法证据排除规则是指非法证据不得在法庭审理中采纳为不利于被告人的证据，但非法证据排除规则的操作程序通常并不是发生在法庭审理之中（即不发生在对案件本身的审理时），而是在法庭审理之前解决，……所以，非法证据排除规则的听审程序属于审前程序。其原理是事实的审理者（在美国指陪审团；在我国则应当是指一审庭审中的既裁判事实又适用法律的裁判者，而且在后文探讨我国确立排除规则的内容时，杨教授也重点阐述了这一点。笔者注）不能听到或看到非法证据，以免对判断被告人是否有罪产生影响。否则，非法证据排除规则就失去了其应有的意义。”[10]这不难看出，“责任承担说”不仅无法容纳上述内容，而且对实践中确实存在的问题也缺乏应对能力。
面对上述理论局限和现实难题，我们的出路只能是在充分正视既有证明理论不足的前提下对其予以完善和发展。
（二）与其他诉讼理论间的不协调日益凸显
近年来，学术界在关注程序正义论的同时，也为程序正义论的制度化在诸多方面展开了有意义的探讨。其中最为重要的应该是司法审查原则和程序性辩护两个范畴的提出。[11]前者主要是强调通过裁判权制约追诉权来确保程序正义，后者则主张通过丰富和完善辩护权来促进程序正义。二者的制度化发展和完善刑事诉讼规则固然重要，但最为关键的是二者的运作要依赖于有效的诉讼证明过程。遗憾的是，证据法学理论研究明显滞后，其中的不协调也日益凸显出来。
1.既有的证据法学理论与酝酿中的司法审查原则之间具有冲突
司法审查原则一般是指“法院充分发挥司法的能动作用，对国家强制权的合法性进行审查，以保障个人的权益，防止国家强制权的违法侵害”。在刑事诉讼领域，它要求“未经法院的司法审查，任何人不得被剥夺生命、自由或者科处其他刑罚；未经法院审查，不得对公民实施逮捕、羁押等强制措施以及其他强制性侦查措施”。[12]这已受到学术界的广泛关注并在大多数学者中达成共识。
