在德国，政教关系问题是与其宗教改革背景和建立统一的德语民族国家历史进程联系在一起的。德国的政教分离体制并未像法国那样彻底。“国家与教会是合作伙伴关系，二者既有区分，又相互合作”。{6}黑格尔针对这种关系指出:“宗教如果是真实的宗教，就不会对国家采取否定和论战的方向，而会承认国家并予以支持；此外它还具有独立的地位和表现。它的教化事业在于仪式和教义，为此他需要地产和财产，同样也需要为教会服务的人，因此就发生国家和教会之间的关系……依据事物的本性，国家应全力支持和保护教会使其达成宗教目的，这在它乃是履行一种义务；又因为宗教是在人的内心深处保证国家完整统一的因素，所以国家更应要求它的所有公民都加入教会，因为其内容既然是与观念的深处相关，所以不是国家所能干预的……这是因为国家已把这些教会成员交给市民社会使其受规律的约束，国家自己就满足于他们用消极的办法来完成对它的直接义务”。{7}这是一种“非法国”的政教分离模式，他强调通过公民宗教信仰的凝聚来完成国家的团结统一建设，在区分国家与教会功能的基础上强调它们的分工合作关系。
德国的政教关系在不同时代有着不同的表现形式。在德国迈入近代之前，德意志帝国仅是个地理上的概念，在其领域内邦国林立、各自为政，[1]并受到罗马天主教廷的控制。这些因素严重阻碍了德意志的民族统一。宗教改革对德意志民族的形成、发展和统一进程有着很大影响。在德国，“宗教改革并不是一个纯粹的宗教事件……这个宗教改革运动是和伟大的德意志农民战争结合在一起的。这个伟大的德意志农民战争是革命的德意志农民和平民为消除封建主义和创立统一的德国而作的英勇尝试”。{8}53这里以由路德发起的导致欧洲教会分裂的新教改革为例。路德坚定的反对教权主义，他倡导“因信称义”和“一切信徒皆为祭司”。这构成了对教会根本制度的冲击，使享受特权的教士阶层失去了立身之本，并为皇权反对教权提供了教义支持。路德把《圣经》译成德语，这一事件的重要之处在于它“对于创立统一的德意志语文是一个伟大的贡献。在帝国极不幸的分裂状态中，这种德文一向成为联系所有德意志各邦以及各个国家的纽带。这种德文在以后几个世纪中作为德意志民族重要因素之一，一向构成德意志爱国主义力量争取建立统一的祖国这一事业中的一个重要因子”。{8}86-87由此，由罗马教廷垄断的《圣经》语言知识通过路德的翻译而成为德语大众共享的普遍知识，进而对反对教权主义和建立统一的德语民族国家做出贡献。
宗教改革使天主教中分裂出了新教，教派之争及其引起的各邦之间的教派冲突此起彼伏。1555年奥格斯堡宗教和约确立了“在谁的领地，信谁的教”原则。“教随邦定”不仅使路德新教教会的地位得到进一步肯定，而且使各邦的世俗权力和教会权力集于该邦诸侯一身，各邦的政教关系得到确认。更重要的是，该合约使德意志帝国成为一个各邦的政治联盟，帝国进一步分裂。1618年，宗教战争的爆发及《威斯特伐利亚和约》的签订从法律上确认了帝国的分裂态势。{9}但是，从另一方面看，帝国法权秩序的包容性也保证了文化的多样性发展和地区和平秩序。哈特曼指出:“虽然在这古老的帝国内有着多种宗教派别，但在帝国这一层面上不存在歧视，通过帝国的基本法律和帝国的和平条款，保障了相互间的均衡……邻地邦国和独立城市的不同性及宗教的多样性，为神圣罗马帝国在1648-1803年之间文化的多样性发展和繁荣提供了有力的发展基础”；“由众多相对独立的小邦所组成的神圣罗马帝国，在他最后的一百五十余年里的最大成就之一，就是保持了帝国内部的长期和平，以及由帝国基本法律、制度和共同的机构所保障的中欧地区的和平秩序”。{10}这是多族群、多宗教的德意志帝国独特的政教关系模式，它的宗教宽容与宗教自由度是同时期的法国、西班牙等中央集权、信仰统一的国家所无法比拟的。
