仲裁制度中的意思自治不仅表现为当事人在实体问题上享有充分的意思自由，在程序问题上也应当有充分的自主权。因此，在修订仲裁法时应当考虑赋予仲裁当事人选择仲裁程序规则的自由，同时减少开庭审理程序的强制性规定。当事人之间的约定只要没有违背仲裁法等有关法律的强制性规定，没有侵害第三人或者社会公共利益，就应当得到认可与尊重。
2.仲裁协议生效要件的规定过于僵化。根据我国《仲裁法》第16条、第18条的规定，一个有效的仲裁协议必须同时具备三个形式要件，即请求仲裁的意思表示，仲裁事项和选定的仲裁委员会。根据上述规定，如果在仲裁协议中当事人约定的仲裁事项及选定的仲裁委员会不明确，将导致仲裁协议无效，而实践中争议发生后双方又能就仲裁达成补充协议的情况极为罕见，这就使许多愿意将纠纷提交仲裁的当事人因仲裁协议中非关键性内容的欠缺而无法进行仲裁。在国际仲裁实践中，一般只要求当事人在仲裁协议中有能够提交仲裁的意思表示即可，而且允许临时仲裁形式的存在。对于仲裁协议的“书面形式”，各国纷纷进行了扩大解释；对于内容有所欠缺的仲裁协议，各国都本着“尽量尊重当事人选择仲裁的意愿”而令其有效。我国也应当遵循国际通行做法，修改仲裁协议形式要件的规定。只要能够体现双方申请仲裁的共同意思表示，都不应轻易否定仲裁协议的效力。在仲裁事项或者仲裁机构约定不明，又达不成补充协议的情况下，可以根据仲裁协议的可执行性作为判断标准，来认定仲裁协议的有效性。
3.临时仲裁缺失。临时仲裁在当今国际仲裁日益制度化、法律化的形势下，不仅没有消灭，反而发展得更为迅速，是因为其完全实现了“以契约解决契约”，充分体现了当事人的意思自由。我国《仲裁法》没有规定临时仲裁，是对意思自治的不当限制。1958年《承认及执行外国仲裁裁决公约》第1条第1款规定：“仲裁裁决，因自然人或法人间之争议而产生且在声请承认及执行地所在国以外之国家领土内作成者。其承认及执行适用本公约。本公约对于仲裁裁决经声请承认及执行地所在国认为非国内裁决者，亦适用之。”我国仲裁法不认可临时仲裁，客观上造成当事人在中国内地放弃临时仲裁的约定而被迫提起诉讼，或者被迫到国外进行临时仲裁，不仅给当事人解决纠纷带来不便，进而也影响了我国仲裁业的发展。作为《纽约公约》的参加国，我国应当在仲裁法中对临时仲裁加以规定，以贯彻当事人意思自治的原则。
