1.仲裁法应当确认当事人在不违反法律基本原则的限度内有为自己设定仲裁方式、从事程序上的法律行为(如签订仲裁协议、仲裁员协议)的意思自由，并赋予其效力性。仲裁协议是仲裁制度中当事人意思自治的集中体现。当事人协议将争议提交仲裁解决，即受自己这一意思自治行为的约束，不得再向法院起诉。有学者主张当事人与仲裁员之间的关系也是一种契约关系，即仲裁员协议或称仲裁人契约，是基于仲裁职务的委托要约与承诺而成立的契约关系。[5]笔者同意这一理论，在当事人分别选定一名仲裁员的场合，因仲裁协议原承认当事人分别选定一名仲裁员，故一方当事人如未对对方当事人选定的仲裁员为不适当的声明，即可视为对对方当事人所选定的仲裁员予以承认，因此一方当事人所选定的仲裁员与对方当事人之间可认为也成立了仲裁员协议。[6]在仲裁协议中，当事人意思自治的内容是排除法院管辖权，而这一合意通过仲裁员协议得以固定下来，最终完成了对法院管辖权的排除。
除是否采用仲裁方式解决纠纷取决于当事人双方的共同意愿外，仲裁制度中意思自治原则还体现在：对纠纷进行裁决的仲裁机构由双方当事人协商选定；请求仲裁的争议事项，由双方当事人自主选定；仲裁庭的组成方式和仲裁员由双方当事人自主选择；在开庭和裁决程序中，当事人还可以约定审理方式、开庭形式等程序事项；当事人双方有权和解解决争议，也可以自愿调解达成调解协议等。
2.意思自治原则确认依法成立的仲裁协议具有优先于仲裁法的任意规范或推定条款而适用的效力。按照民法理论，现代民法中的全部任意性规范仅仅建立在意思推定原则基础上，它们仅为弥补当事人意思不明确而设，其作用在于“拟制意思表示”，亦即在当事人双方的仲裁协议以及其他的合意事项与仲裁法的任意规范并存时，应首先适用仲裁协议中的具体约定，只有在当事人没有约定或约定不明确时，才可以适用任意规范或推定规范。从这个意义上看，当事人的合意可以改变某些非强制性的仲裁规则，甚至可以约定自己的仲裁规则。
3.意思自治和合意不能违反强制性法律规范和法律的基本原则。纠纷双方当事人通过协商选择仲裁作为解决纠纷的方式，而排除了司法权的介入，是对自力救济的否定之否定，有利于纠纷的迅速解决，保证商品生产与商品流通的正常进行，从而推进生产力的发展。但是合同双方当事人毕竟是以个体利益为最终着眼点的，当其利益与公共利益发生矛盾时，其首先满足的肯定是个人的要求与利益，无视甚至对抗公共利益，导致对社会秩序的危害，最终结果是对生产力的更大破坏和社会无序状态的形成。对意思自治的限制正是为了保障其更好地实现。从这个意义上说，对当事人意思自治的限制，并不是对其合理性与必然性的否定，而是对其本质更全面、更深入的认识与把握的结果。仲裁制度中对意思自治原则的限制主要表现在国家通过立法和司法方式干预程序主体的自治过程。例如，通过立法对可仲裁争议事项范围的确定，限制当事人将任意纠纷选择仲裁的绝对自由；通过对仲裁协议效力的审查判断，从司法上对当事人的意思自治进行必要的干预；通过对仲裁裁决的司法监督，实现公序良俗以及强制性法律规范对意思自治原则的有益补充。
