第一，鉴定人出庭率低。从理论上来说，鉴定人出庭接受质询，是鉴定意见得以采纳的最为关键的步骤。但在我国以往的司法实践中，鉴定人极少出庭作证。根据相关材料，鉴定人的出庭率高不过刑事案件中5%的证人出庭率。[5]究其原因，除了对鉴定人的经济补偿、出庭保护不力以及对鉴定人出庭的必要性认识不够之外，更为重要的原因在于我国法律对鉴定人出庭与否的规定存在一些缺陷：一是，刑事诉讼法并没有将鉴定人出庭作证，作为认定鉴定意见具有法律效力的必要前提。依据最高人民法院的司法解释，经审判长准许，控辩双方既可以提请传唤鉴定人出庭作证，也可以宣读未到庭的鉴定人的鉴定结论。（注：参见最高人民法院《关于执行＜中华人民共和国刑事诉讼法＞若干问题的解释》第138、140条的规定。）这也就是说，鉴定人出庭与否既不影响开庭审判，同时对鉴定意见的证据效力影响也不大。二是，缺乏对鉴定人不出庭的法律责任规定，由此也增加了鉴定人不出庭的随意性。精神鉴定人倾向于选择不出庭，“普遍反对出庭直接面对当事人。”（注：精神鉴定意见涉及当事人的重大利害关系、经常决定案件的性质。实践中，对鉴定意见有异议的当事人纠缠、侮辱、诽谤、甚至威胁、恐吓鉴定人及其亲属的情形并不罕见，而此类行为几乎不会受到法律的制裁，从而使鉴定人对出庭质证心有余悸。参见蒋奎：《论我国司法鉴定人出庭作证制度的完善》，载《中国司法》2006年第10期。）于是，法庭审判中更多见的是宣读鉴定人的鉴定结论。值得注意的是，《决定》明确规定，在诉讼中，当事人对鉴定意见有异议的，经人民法院依法通知，鉴定人应当出庭作证。2005年施行的《司法鉴定人登记管理办法》则进一步明确了鉴定人出庭作证的法律义务。若非法定事由拒绝出庭作证的，由司法行政机关给予停止执业3个月以上1年以下的处罚；情节严重的，撤销登记；构成犯罪的，依法追究刑事责任。可见，此规定不仅把鉴定人出庭作证的义务以规范形式确定下来，还明确了对应当出庭而拒不出庭的鉴定人的制裁和惩罚措施，这无疑是一个很大的进步，有助于改变鉴定人出庭率低的现象。
第二，质证的片面性与异化。实践中，普遍存在的一种现象是只针对鉴定意见书中的最后结论部分进行质证，而对于结论以外的部分则经常是不予过问，此即质证的片面性。[6]一般来讲，只要当事人对结论部分没有异议，法院就可以将此鉴定意见作为认定案件事实的根据。可见，此片面性的质证脱离了质证的重点内容，即鉴定的依据及推理过程，这自然很难发挥质证的应有作用。而导致质证片面性的原因主要在于诉讼参与人既缺乏相关的专门知识，又没有鉴定辅助人的帮助，因而很难做到对鉴定意见的有效质证。一方面，在鉴定人不出庭的情况下，控辩双方只能对一份充满专业术语的鉴定意见进行流于形式的质证和辩论。另一方面，即便鉴定人出庭作证，不具有鉴定专门知识的诉讼参与人对鉴定人的提问，也往往是无法切中要害，而只能是从日常生活经验出发对鉴定结论提出一些疑问。例如，经常见到这样一种提问：行为人精心准备了作案工具、又选择有利时间地点杀人，怎么会是精神病人?鉴定肯定有问题，等等。于是便申请重新鉴定。而法官因对鉴定意见的质证异议一般也难以做出合理的解释，所以便通过重新鉴定来加以回答，由此使得对鉴定意见的质证异化为“是否申请重新鉴定”。而重新鉴定人实际上也就成为了解决鉴定结论质证异议的裁判人。同时，也很可能导致“重复鉴定之战”的发生。
