此外，成本的不确定反过来会影响环境保护的效果。比如面临污染税的企业为了将来支付更低的税负而加大污染削减力度，而面对排污权交易的企业为了将来获得更多的许可证会人为地提供既有的污染水平，这一定程度上影响了排污权保护环境的效果。
（四）行政管理
由于碳税的设计比较简单（碳税的核心一是设定税率，二是针对有限的征税对象），所以易于管理。比如在美国，有关排污权交易的议案多达300多页，（注：See Climate Security Act of 2008，S.Res.3036，110th Cong（2008）。）而有关碳税的议案则仅有17页。（注：See America''s Energy Security Trust Fund Act，H.R.3416，110th Cong.（2007）。）排污权交易制度较为复杂，通常需要遵守以下程序：第一，确定环境负载基准线，即确定环境要素的最大污染承载量。第二，确定排污权的总量及其分配方式。当排污权免费分配时，需要确定哪些行业可以获得排污权。当排污权采取拍卖的方式时，需要制定复杂的监督机制来防止欺诈。第三，需要创设排污权交易机制并对其进行监管，防止出现排污权交易欺诈。第四，为了防止出现过大的成本不确定，排污权交易制度需要制定有关排污权储存和借贷的较为复杂的条款。第五，需要为碳捕捉进行补偿，这比碳税制度的优惠制度要复杂的多。第六，如果涉及排污权的国际交易，问题会变得更为复杂。第七，大多数排污权交易制度包含意欲惩罚没有气候变化控制政策的国家的国际贸易的条款。[7]此外，排污权交易还涉及税收等问题，比如，免费分配排污权在税法上有何意义？排污权交易是否需要纳税？就碳税的征收和管理而言，现有的税务机构可以承担相关的性质职责。但是，对于排污权交易制度而言，由于有关排污权交易的行政管理经验不足，所以需要创设新的行政机构来执行和监督排污权交易。显然，碳税比排污权交易制度节省行政管理资源和成本。
（五）政治可行
尽管排污权交易和征收污染税可能会产生一样的经济效果：拍卖的钱进入国库，那些反对“大政府”的人会说这是变相地征税。但是，排污权制度在政治上比碳税更容易接受，因为排污权没有以税的名目出现，排污权制度对能源价格造成的影响也不太明显。相反，碳税容易遭遇强大的政治抵制。[11]比如，1993年克林顿和戈尔提出的BTU税（按每百万英国热量单位耗能征税）遭遇政治抵制。碳税的反对者主要是那些因排污权而获益的工业集团和收取排污权交易手续费的金融集团。然而，排污权交易由于过多的初始配额的利益分配博弈容易限于立法僵局。比如，1989年美国参议院商讨是否要通过清洁空气法，其中用到这种配额交换制度。俄亥俄州的议员极力反对，因为俄亥俄州有很多煤电厂，如果法案通过，他们必须花重金从其他州的厂家购买配额。为了得到俄亥俄州议员的选票，政府不得不修改议案，增加俄亥俄州开始的配额。这是“爱哭的孩子有奶吃”的一个典型例子，但这种做法不能推广。如果人人都知道，只要闹就有好处，结果便是对社会有利的立法都会由于利益集团的阻挠不能变成法律。
