理论上讲，无论排污权初始配额如何分配，通过个体间自由交换排污权配额，在最终的平衡点（没有人再买卖配额了）上，总体而言，企业所支付的减排成本在经济上最划算。
2、排污权交易制度的缺点。尽管排污权交易制度具有上述的优点，但是，排污权制度所存在的缺点也同样不少。第一，要想制定合理的排污总量额并非易事，因为确定最优的环境污染水平在现有的技术条件下无法完成。第二，排污权通常被免费分配，这就导致排污权交易制度无法激励企业进行技术革新。第三，排污权制度中通常存在补偿条款，这就导致排污权交易无法确保减排目标的实现。第四，排污权制度的社会成本不确定，如果排污权的成本太高，那么政策制定者必然面临一定的压力来提高碳排放的总水平。第五，与以往的排污权交易制度相比，碳排污权交易制度较为复杂，因为碳排污权交易制度涉及的排污源数额巨大，而以往的排污权交易制度所涉及的排污源数额不大，比如美国的二氧化硫排污权交易制度主要针对111个工厂。排污权交易由于需要设定排污权的分配方法，需要监督和执行复杂的排污权制度，所以较难执行。第六，有人认为，排污权交易制度推动技术革新的能力非常有限。[9]第七，排污权交易制度容易导致热点问题，从而违背环境正义原则。
（二）碳税的优点和缺点
1、碳税的优点。从国内有关碳税的理论来看，碳税的征税对象是所有的石油、煤炭和天然气企业。理论上，碳税具有以下优点。第一，如同其它市场机制一样，碳税能够为碳排放的外部性提供价格信号，从而纠正市场失灵。第二，碳税的税率根据碳排放的社会成本来确定，符合污染者付费原则。第三，碳税制度可以为碳减排行为提供税收优惠，从而激励企业进行节能减排。第四，碳税可以获得财政收入，用这些收入可以资助替代能源的研发。第五，根据碳税的执行效果，以及新的社会情况，人们可以对碳税进行必要的调整。第六，与排污权交易制度相比，在无需创设新的行政机构的情况下便可执行碳税。第七，由于碳税会对低收入群体带来负面影响，政府可以用碳税收入解决碳税的累退效果。
正是由于碳税具有上述优点，有些国家开始考虑采取碳税制度来应对气候变化问题，比如加拿大便是使用碳税制度来应对气候变化的先行者。[10]在我国，也有不少学者主张使用碳税制度来控制气候变化。
2、碳税的缺点。尽管碳税具有种种优点，但是政府在征收污染税时也面临许多问题。第一，税收的政治阻力较大，[11]人人都不愿意看到或谈到“税”这个词，因为它代表国家机器强权的一面，人人都反感税，每次征税或增税都是不得已而为之。第二，碳税税率的设置不易，如果税率太高，减排的数量就会超过政治任务的规定，如果税率太低，就会完不成政治任务。所以需要时间试着对税率进行微调，使减排数额达到理想水平。第三，对于企业而言，碳税可能比传统的行政命令所导致的成本更大，因为碳税成本直接被加到消费者头上。第四，提倡环保的非政府组织也不愿意看到有污染税的存在，他们更喜欢谈论环保的好处和重要性，不愿意涉及环保的成本。第五，碳税能够产生的环境效果并不确定，即在碳税制度下污染的总量处于变化之中。
