三、排污权交易与碳税的比较
如上所述，与传统的命令控制型规制措施相比，排污权交易和碳税均具有诸多优点，但是，同样也存在一定的局限。那么，人们到底应该采取那种类型的市场机制呢？是排污权交易？还是碳税？
（一）信号传递
碳税能够传递正确的信号，即碳税让污染者知道它们导致了社会成本。但是排污权制度则不同，排污权制度传递的信号非常模糊。排污权制度给人的感觉是只要你愿意付费，政府便许可你排污。[12]针对排污行为征税使得我们以明确的方式承认排污行为导致的社会成本，但是许可排污者去购买排污权却无法传递这样的信号。
（二）环境保护效果
由于排污权交易对排污总量进行了明确限制，所以它的环境保护好处容易确定。相反，碳税制度由于无法预先确定排污总量，所以它的环境保护效果不太容易确定。但是，随着排污权总量的逐渐减少，排污权价格的逐渐上涨，政府可能面临政治压力，从而阻碍排污权总量的进一步减少，这一定程度上会损害排污权的环境保护确定性。而且，由于碳税的收入可以用来资助额外的气候变化减缓政策，从而有助于抵消碳税的环境保护不确定性。理论上，排污权交易制度可以跟碳税一样获得收入，但是事实上大多数国家的排污权交易制度采取免费分配的方式，比如欧盟的排污权交易制度将大约95%的排污权进行免费分配。排污权交易制度事实上为企业创设了一种新的稀缺资源。此外，碳税的税率随着环境保护的需要可以进行调整，相对新设一个税种，调整税率所遇到的政治压力要小。最后，由于气候变化是全球问题，不管是排污权交易还是碳税都难以确保环境保护稳定性。
有人认为，碳税的优惠政策会恶化碳税的环境保护不确定性，因为受碳税影响的企业会不断寻求税收优惠政策。相反，在排污权交易制度中，有关排污权优惠的政治协商通常需要在排污权分配阶段一次完成。但是，碳税的优惠政策和排污权的免费分配之间的区别有点类似税法中的直接补贴和税收优惠。税收优惠属于间接的补贴。传统的税法理论认为直接补贴优于间接补贴，因为直接补贴更透明和更容易管理。但是，学界近来认为两者的透明度一样，只是两者的行政管理成本不同，现行的税收管理体制更容易管理税收优惠。此外，排污权的免费分配较难监督，而碳税优惠制度容易监督管理。
（三）经济成本
排污权交易对国民经济和每个污染企业到底带来多少经济成本则难以确定，比如在欧盟排污权交易制度中，由于太多的排污权被分配，导致排污权的价格完全崩溃。成本不确定导致企业难以事前进行规划。随着排污权总量的减少，排污权的成本会逐渐升高。而成本高低主要依赖于技术的发展，但是技术的发展长期内难以预料，因为排污权制度为了实现环境目标需要实施很多年。排污权制度的倡导者使用储蓄和借贷排污权的方式来应对成本不确定问题，但是这些条款较为复杂。而且它的效率也充满疑问，因为一方面在排污权制度实施初期，没有多少排污权可以进行储蓄，同时借贷排污权可能会导致企业在排污权总量较低的情况下无法获得足量的排污权。此外，有人认为为了应对成本不确定，排污权交易制度可以制定“安全阀”（safety valve），企业借此可以获得价格固定的额外的排污权。但是，如此便无法确保排污权交易制度的环境保护确定性，因为额外的排污权意味着将排污权总量升高。最后，如果过低的排污权总量开始严重影响企业的经营，排污权的价格过高，那么政府必将面对较大的压力来提高排污权总量，此时要说排污权的环境保护好处必是一种幻觉，但是排污权的成本确定性却是切实的。[7]碳税制度则恰恰与排污权交易不同，碳税制度由于具有明确的税率，所以碳税给国民经济带来的经济成本容易确定，由于成本容易确定，企业可以提前进行规划。
