第一，超然的、权威的协议执行机关的缺位致使区域性行政协议沦为基于缔约方各自利益目标而结成的松散的、不稳定的政策联盟。软法概念在被引入国内之前，主要适用于国际法领域，{9}1而国际法的一个典型特征就是在超然的、权威的执行机关缺位的前提下对国际法主体之间的关系进行调整。一般说来，各缔约主体既然通过真实的意思表达协商一致而缔结了协议，那么也应当会自决遵守协议的各方面规定。但在实践中，由于各缔约方以自身利益为中心的价值取向以及客观情况的复杂性和不断变化性，导致缔约方违背区域性行政协议的情况时常发生。倘若有一个超然的、权威的协议执行机关，则可以极大减少这类情况的发生，而实践中确也做了相关的尝试。{5}66其一，行政首长联席会议制度，这是目前我国大多区域性行政协议普遍采用的模式，还有领导小组会议、主要领导定期会晤机制、协调委员会、城市论坛等别称。如《沪苏浙共同推进长三角创新体系建设协议书》第9条规定：“加强长三角创新体系建设的组织协调。在科技部指导下，建立长三角创新体系建设的联席会议制度，下设办公室，负责长三角创新体系建设有关重大问题的组织协调每年召开一至两次联席会议，研究决定有关重大事项。两省一市科技行政管理部门确定相关处室负责落实联席会议确定的具体任务，并设立相应的专项资金，引导、推动长三角创新体系建设”。但是这类机制主要功能还是在于各缔约方日常工作的沟通与协调，与超然的、权威的协议执行机关的功能期待相差甚远。其二，独立的管理机构。采用这种模式的区域性行政协议极为少见，典型的例子如2003年江阴市和靖江市签署的《关于建立江阴经济开发区靖江园区的协议》中，为了统一管理该园区，根据协议成立了园区管委会，全面负责园区的投资开发和各项管理事务。园区党委书记和管委会主任由江阴市一名副市长兼任，三名管委会副主任中两名由江阴派出，一名由靖江派出，管委会的税务、工商和技术监督等许多事务，既不向靖江市负责也不向江阴市负责，而直接向江苏省在该园区设置的派出机构负责。{5}67但是由于所谓的独立管制机构依然是缔约各方协商一致的产物，因此在实践中很容易被架空，无法切实保障区域性行政协议的履行。
第二，效力实现机制的不确定性致使区域性行政协议面对违约行为表现出过于苍白和乏力。在软法的体系中，有一部分就是因为缺乏确定的实现机制而导致了硬法的软化，因此也称为“硬法中的软法”。区域性行政协议的效力实现也面临着相同的问题，即许多协议条款的实现由于缺乏明确的责任条款和追究机制，最终只能依赖于缔约各方的自觉履行而实现。效力的实现无非有两种进路，即内在机制的引导和外在机制的压力。显然，后者的实现除了要求明确的责任条款（包括责任形式、追究程序、惩罚后果等）之外，更重要的则依托于权力执行机构的存在，于是这又回到了上一点关于“超然的、权威的协议执行机关”的探讨语境之中。而对于前者，目前可能的实现机制有二。其一，借鉴软法的实施机制。由于本身缺乏硬法的支撑，那么软法实施机制的借鉴便集中在舆论的压力、共同体的排斥作用等。[9]然而这两点似乎又都是靠不住的。就舆论压力而言，既然区域性行政协议某缔约方决定违背协议，那么自然是经过了深入的利益权衡与分析的结果，作为主要成本之一的舆论压力自然也已被考量在内；就共同体的排斥而言，既然缔约各方认为达成协议方有利于自身的进一步发展，那么其中任何一方被排斥出协议都将严重影响其他缔约方的期待利益，[10]势必会“打了板子疼了手”。其二，借鉴合同法中违约责任的相关制度。这是基于行政协议与一般民事合同具有协商一致性、合意性、契约性等共同特点推导而来的，认为应当对区域性行政协议的违约方追究去违约责任。事实上，美国认为州际协定的本质就是合同，因而在很大程度上也能够直接适用合同法的相关条款。[11]然而民事合同中违约责任的追究虽然有依约定自行实现的空间，但仍是以司法审查的介入为终极保障的。对于我国目前在法律救济层面上“一穷二白”的区域性行政协议而言，获得这种最终的权威救济保障谈何容易。况且，违约责任究竟为何？撤销权利、增加义务还是免除被赋予的能力或资格？违约责任如何追究？由谁追究？通过怎样的程序追究？能否“强制执行”？等等一系列问题都尚需深入的研究。
