最后，作为中央与地方关系制度的重要面向，区域性行政协议有时也体现出特殊的纵向府际关系。依照对这类区域性行政协议的通常理解，地方政府或主管部门才是适格的签订主体，中央政府不具有成为主体的必要性和可行性。因此，中央政府对区域性经济协议的介入并非以缔约人的角色，[1]而主要在协议的签订、生效和纠纷解决三个环节中发挥后台的隐性调控作用。第一，中央政府作为区域性行政合作框架的动议者出现。西部大开发、东北老工业基地的振兴、中部崛起等国家级区域发展战略的提出和实施概莫能外。第二，中央政府以批准者、备案者等身份出现。从中央政府的角度而言，这种机制源于中央对于联结后的特定地方政府经济、政治资源扩大局面的审慎态度，是维持中央与地方关系微妙平衡的重要制度手段；[2]从地方政府的角度而言，报请中央政府批准弥补了区域性行政协议中权威机关缺位的普遍性缺陷，是为保障相关合作能够顺利开展寻求强大的权力背景的理性选择。第三，中央政府作为区域性行政合作过程中所产生争议的纠纷裁决机关出现。虽然目前有关提请中央政府裁决地方合作纠纷的实例比较少见，但是基于“争议报共同上级处理”的惯例，中央政府成为居间裁判者的实践无疑将会越来越多。
二、行政协议——区域性行政合作的行政法学定位
协议、合同、契约等在中文表述中具有极大的相似性。作为行政协议的重要分支，从实践来看，区域行政协议是指那些有关政府及行政主管部门为了顺应区域发展的趋势，在不同行政区域间协调行政目标、裁撤制度藩篱、缓解权力冲突等方面协商一致而签订的一系列合意性书面文件的的总称。而行政协议同行政契约、行政合同的区别则实际上体现在三个方面。
第一，从表面上说，行政协议的提出对习惯性表述具有颠覆效应。通常认为，行政合同是行政主体为了执行公务，或给予实现公共利益的需要，与公民、法人或其他组织在意思表示一直基础上所达成的设立、变更、终止行政法上权利义务的协议。{3}246而行政契约与行政合同并无本质的区别，只不过大陆和台湾学者在引入这一概念时采用了不同的翻译方式而已。因此从表面上看，行政协议、行政合同和行政契约并明显的不同（或曰具有极大的契合），只不过前者的出现颠覆了已成为表述习惯的后两种称谓罢了。
第二，从实质上说，行政协议与行政合同和行政契约具有本质不同。行政协议（尤其是区域性行政协议）的缔约主体均为行政主体，即政府或相关行政管理部门；行政合同的缔约双方则严格限定为行政主体和行政相对人；行政契约的缔约主体则具有一定的模糊性，即所谓“公法上的当事人”究竟是行政主体还是行政相对人，并无明确的指称。因此从实质内涵上说，行政契约应当是行政协议和行政合同的共同上位概念。当然，缔约主体的差异仅仅是三者间最为显著的区分要素，并不具有唯一性。事实上，基于缔约主体间的关系、缔约事项、具体约定的范围等方面的不同，行政协议、行政契约和行政合同实际上是具有诸多区别的。
