诉讼程序法当中有许多关于当事人死亡的规定，脑死亡的推行也必将对诉讼程序产生相应影响。例如：我国《刑事诉讼法》第15条规定：“有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：……（5）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；”若犯罪嫌疑人或被告人在犯罪后因某种原因（如自伤或患病）造成脑死亡但心跳尚存，按照“心死说”，其具有生命气息，属于法律意义上的人，故仍然需要判处适当的刑罚；反之，如果采取“脑死说”的标准，其已经不再具有生命气息，不再属于法律意义上的人，由于被告人已经不存在，追究其刑事责任便失却法律依据。{9}使用修正一元性理论，如果犯罪嫌疑人、被告人在诉讼中发生被动呼吸下的脑死亡，则就能适用《刑事诉讼法》第15条之规定而免于追究其刑事责任。如果当事人因为车祸等意外事件发生，其在不存在被动呼吸情况下心脏停止跳动，并经过必要的抢救而无法恢复即可认定为死亡，并适用《刑事诉讼法》第15条规定。在我国司法实践中，法医鉴定结论是对刑事案件中死亡、伤害的认定依据与证据。特别是在脑死亡与心肺死亡产生时间差的时候，其对刑事司法鉴定的影响巨大，同时对被告人的定罪与量刑也会产生巨大影响。倘若依赖于二元性的判定标准势必会造成结论的差异，造成刑法适用的差异性。