其次要科学地分析其存在的原因。有学者认为，同案异判至少与以下几个因素有关：（1）个人局限。即司法人员尤其是审判人员的法律素养方面的缺欠。（2）制度局限。在制定法体制下，许多因素对法官如何理解法条构成实际上的重要影响。（3）社会局限。即各种意义上的社会分层、价值冲突等因素对法律适用的影响。[9]有调研报告认为，造成“同案不同判”的主要原因包括：立法、司法解释不完善、法定标准不明确；法官职业共同体的同质化程度不高[10]；审判监督功能发挥不力；审判指导工作开展不足[11]，其它影响司法认识不统一的主观因素，等等。[12]
在笔者看来，同案异判存在的原因可从多角度来加以分析：（1）司法内与司法外的角度。“司法内”主要是指与司法本身相关的因素，例如司法者“人”的因素；审判组织设置的因素；审判权力内部运行的因素，等等；“司法外”主要是指司法系统本身以外的因素，司法受到外在因素的干扰；立法本身的因素如立法粗糙、操作性不强、裁量幅度大，等等。（2）制度内与制度外的角度。“制度内”主要是指现行审判程序和制度方面的因素。例如事实审和法律审没有合理的分工；单一的两审终审制而非多元的审级制度，等等；“制度外”主要是指司法理念、方式、环境等非制度方面的原因，例如裁判书不重视说理和论证；“重实体轻程序”的传统意识惯性，运动式“严打”的刑事政策，等等；（3）可控和不可控的角度。“可控”主要是指通过可行的措施能够消除或者缓解的因素。例如，量刑幅度大，可通过量刑准则的制定予以细化；审判权力运行的行政化倾向可通过合理划分法官、合议庭、庭长、院长、审判委员会之间的审判权与审判管理权界限来加以缓解，等等；“不可控”主要是指难以通过相关措施来加以消除的因素，也即指那些本身具有某种实质合理性的因素。例如案件处理的地方化，毒品犯罪死刑适用标准在云南与上海会存在差异；贪污受贿数额在深圳与甘肃会有不同；即使《关于审理非法制造、买卖、运输枪支、弹药、爆炸物等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》规定了较为明确的量刑标准，以烟花爆竹为支柱产业或者以煤炭开采为重要税源的地方与其它不从事这些产业的地方也会区别对待；再如，基于价值序列更高价值的考虑而作特殊处理，从国家利益考虑，对犯同样罪的特定外国人做出不同于本国人的处理，等等。
第三要全面地建立、健全保障同案同判的机制。对此，学界和实务界提出了许多设想，例如，有人认为，应采取以下预防“同案不同判”的对策：加强法官宪法意识的培养和树立；制定法律适用细则；组建专业化合议庭，对案件进行类型化审理；建立法律观点协调机制；加强上级法院的业务指导，规范裁判标准；构建案例指导制度。[13]有调研报告提出了如下健全司法统一认识协调机制的建议：加强立法和司法解释工作，为统一认识提供法定的基本标准；着力塑造法官职业共同体，奠定统一司法认识的人才基础；提高认识，发挥司法能动性，加强审判指导；加强审判监督工作，强化统一法律适用的功能；开展业务研讨、交流，减少司法认识分歧；进一步改进案例的编撰和应用工作，加强案例指导；落实审判公开制度，规范司法行为，约束法官自由裁量权；努力改善司法环境，改进管理模式，完善审判组织制度，优化外部环境，避免人为地制造司法认识不统一；加强信息化建设，为统一司法认识奠定物质基础。[14]
在笔者看来，有必要从以下方面来加强法律适用的统一和促进“同案同判：
1．改善和充分发挥目前已有的法律统一适用机制的作用
正如有学者指出的，我国目前存在许多能够促进法律统一适用作用的机制，具体包括上诉、再审、合议制、审判委员会、审判管理中的案件签发、审判长联席会议制度[15]、案件请示、案件评查、司法解释、会议纪要、案例指导、法官培训、检察机关的建议、抗诉，等等。[16]凡是那些存在或多或少的问题而影响其作用发挥的，要进一步地规范和完善。例如，司法解释中针对个案所作出的“批复”，不是产生于案件的审理过程中，缺乏实证性，同时也保留了司法行政化的色彩。[17]又如，两审终审制。我国实行的是四级法院体系，实践中绝大部分案件的终审由众多的中级法院承担，显然不利于法律适用统一性要求在全国地区内的实现。为此，有必要对审级制度进行调整，其中要将那些涉及法律适用统一的案件由最高法院负责终审。[18]而那些存在大的问题的，就要放弃或者实行根本性改造，例如案件请示制度，在一定程度上剥夺了当事人的诉权，削弱了二审终审制度的价值功能。
