20世纪90年代,前南和卢旺达国际刑庭与有关国家的司法系统之间是一种国际法庭具有优先权的并行管辖关系。根据《前南法庭规约》第9条、第10条和《卢旺达法庭规约》第8条、第9条,国际法庭和国内法院对规约规定的罪行有并行管辖权,但国际法庭具有优先权,可在诉讼的任何阶段根据《规约》及《诉讼程序和证据规则》要求国内法院服从国际法庭的管辖;如果犯有战争罪等严重罪行的人在国内法院被定性为普通罪行,或国内法院的诉讼程序不公正不独立,且目的在于包庇被告人,使其免除承担犯有国际罪行的责任,或该案没有依法进行细致的起诉,则国际法庭不受一罪不二审的限制,仍可对行为人行使管辖权。这意味着前南和卢旺达国际刑庭在与有关国家国内司法系统共享管辖权的基础上,还有对国内司法系统进行监督的权力。这种管辖关系突出了国际法庭的优先地位和监督作用,有助于促进国内司法系统认真开展追诉活动,但容易与国家主权发生冲突,而且前南和卢旺达法庭是根据安理会决议成立的,其优先权是以安理会的权威为基础的,不具有普遍性,难以作为处理两种管辖关系的一般准则。
1998年《罗马规约》在保留前南和卢旺达法庭对国内司法机构的监督权的基础上,摒弃了对国内司法系统的优先权。根据《罗马规约》,国际刑事法院对国家刑事管辖权起补充作用,但这种补充作用并非消极被动的,而是在尊重国家司法主权的前提下促使国内司法机构积极公正地对战争罪责任人进行追究,是一种较之于前南和卢旺达法庭的优先管辖权更为科学、更容易得到主权国家认可的补充性管辖原则。在这种模式下,国家司法系统和国际刑事法院以相互补充的方式实现对战争罪等严重罪行的追究:一方面要保证国家管辖权的优先地位,只要有关国家善意履行惩处有关国际犯罪的义务,国际刑事法院就不干预有关国家已经或正在处理的案件;另一方面也要避免国际刑事法院的管辖权仅处于附属于国家管辖权的地位,真正发挥国际刑事法院的补充作用,在有关国家不能或不愿惩处有关国际犯罪时,国际刑事法院能对案件行使管辖权,确保罪犯不逃脱惩罚。根据《罗马规约》第17条,为有效执行补充性原则,国际刑事法院可根据四种因素判定案件是否可以受理:有管辖权的国家是否正在对该案进行调查或起诉;有管辖权的国家是否已经对案件进行过调查并做出了不予起诉的决定;有关人员是否已就其所犯罪行受到了国内法庭的审判;该案是否缺乏足够的严重程度,因而法院缺乏采取进一步行动的充分理由。如果对上述任何一个问题的回答是肯定的,而且不存在有关国家“不愿意”或“不能够”行使管辖权的情形,国际刑事法院应判定该案不可受理。判定具有管辖权的国家是否“不愿意”行使管辖权,应酌情考虑是否存在以下三种情形:已经或正在进行的诉讼程序或作出的决定是为了包庇有关人员,使其免负规约所述法院管辖权下的犯罪的刑事责任;诉讼程序发生不当延误,这种延误不符合将有关人员绳之以法的目的;已经或正在进行的诉讼程序没有以独立或公正的方式进行,而根据实际情况,采用的方式不符合将有关人员绳之以法的目的。至于如何确定有关国家是否“不能够”行使管辖权,则应考虑该国是否由于该国司法系统完全瓦解或实际上瓦解或并不存在,因而无法拘捕被告人或取得必要的证据和证言,或在其他方面不能进行本国的诉讼程序。这意味着及时对确已发生的战争罪进行公正处理,是主权国家排除国际刑事法院管辖权的有效途径,这对健全完善与战争罪有关的国内立法、构建科学的战争罪刑事责任追究法律体系提出了现实需求。