20世纪90年代以来，战争罪及其刑事责任的适用范围发生了急剧变化，前南国际法庭的实践和《卢旺达国际法庭规约》对这一变化的发生发挥了重要的作用。制定前南法庭规约时，由于国际社会对前南地区武装冲突的性质存在争议，而此前多数国家主张战争罪仅适用于国际性武装冲突，《前南国际法庭规约》没有明确使用战争罪一词，规约第2条采用的是“严重违反1949年各项《日内瓦公约》的情事”的表述，第3条采用的是“违反战争法规和惯例的行为”的表述。在法庭审理的第一起案件塔蒂奇案中，法庭关于第3条适用范围的解释初步确立了战争罪可以适用于非国际性武装冲突的规则。该案中，辩护人对南法庭的管辖权提出异议时主张，法庭规约第3条以1907年《海牙第四公约》及其附件《陆战法规和惯例章程》和1977年《日内瓦四公约》第一附加议定书为基础，仅适用于国际性武装冲突。初审分庭驳回了辩护人的意见，认为国际人道主义法解决来自国际性或非国际性武装冲突的人道问题，即使第3条列举的行为来自海牙公约，“战争法规和惯例”这一表述也不能仅限于国际性武装冲突，战争法规和惯例包括对在国际性或非国际性武装冲突中实施的行为的禁止，无论冲突的性质是国际性还是非国际性，被告人的行为都可以适用第3条。上诉分庭维持了初审分庭关于第3条的解释并进一步指出，罗马法上“一切法律都是为人类谋福利”的格言逐渐在国际社会中站稳了脚跟，就保护人类而言，武装冲突领域国家间战争和内战的区别已失去了意义。与前南法庭不同的是，卢旺达法庭规约没有规定“严重违反1949年各项《日内瓦公约》的情事”或“违反战争法规或惯例的行为”，而是规定“违反《日内瓦公约》共同第3条和第二附加议定书的行为”。由于《日内瓦四公约》共同第3条和第二附加议定书是专门适用于非国际性武装冲突的，《卢旺达法庭规约》第4条将违反《日内瓦公约》共同第3条和第二附加议定书的行为纳入法庭管辖范围，实际上是直接明确地宣告了战争罪的概念也适用于非国际性武装冲突。
受前南法庭司法实践和《卢旺达国际刑事法庭规约》影响，国际法学界此后占主导地位的观点转变为战争罪及其刑事责任的概念可以适用于非国际性武装冲突，一些国际法律文件也相继明确规定了非国际性武装冲突中战争罪的概念。如1996年《危害人类和平与安全治罪法草案》第20条规定了7类具体的战争罪，其中第6类明确指向非国际性武装冲突。1998年《国际刑事法院罗马规约》（以下简称《罗马规约》）第8条将战争罪分为四大类，其中后两类即非国际性武装冲突中严重违反1949年《日内瓦四公约》共同第3条的行为和严重违反国际法既定范围内适用于非国际性武装冲突的法规和惯例的其他行为，明确指向非国际性武装冲突，对于战争罪及其刑事责任的概念适用于非国际性武装冲突具有决定性意义。21世纪初建立的东帝汶、塞拉利昂和柬埔寨特别法庭等混合型法庭，都对非国际性武装冲突中的战争罪行使了管辖权，国际刑事法院也于2005年根据安理会的决议着手调查苏丹达尔富尔地区的战争罪行。可以说，战争罪适用于非国际性武装冲突已经成为不容争辩的事实，这是战争罪刑事责任领域晚近发展的重要方面，应当予以正视并作为因应相关问题的立足点。
